跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

政府意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https公司

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2013年5月；31(5):419-25.
doi:10.1038/nbt.2488。 Epub 2013年3月3日。

社区驱动的人类新陈代谢全球重建

伊内斯·蒂勒 1, 尼尔·斯温斯顿, 罗南·M·T·弗莱明, 安德烈亚斯·霍普, 斯瓦加提卡·萨胡, 麦克·奥里奇, Hulda Haraldsdottir公司, 莫妮卡·L·莫, 奥塔·罗尔夫森, 米兰达·D·斯托布, 斯特凡·桑雷夫森（Stefan G Thorleifsson）, 拉斯穆斯·阿格伦, 克里斯蒂安·伯林, 塞尔吉奥·博代尔, 阿尔文德·查瓦利, 保罗多布森, 沃里克·B·邓恩, 卢卡斯·恩德勒, 大卫·哈拉, 迈克尔·哈卡, 邓肯赫尔, 丹尼尔·詹姆逊, 内玛·贾姆什迪, 乔恩·约翰逊, 尼克·朱蒂, 莎拉·基廷, Intawat Nookaew公司, 尼古拉斯·勒诺维尔, 纳格利斯·马利斯, 亚历山大·马泽因, 杰森·帕宾, 内森·普莱斯, Evgeni Selkov高级, 马丁·西格德森, 埃文格洛斯·西梅尼迪斯, 尼古拉斯·索尼申恩（Nikolaus Sonnenschein）, 基兰·斯莫尔博内, 安纳托利·索罗金, Johannes H G M van Beek, 迪特尔·维查特, 伊戈尔·戈亚宁, 延斯·尼尔森, 汉斯·维斯特霍夫, 道格拉斯·B·凯尔, 柏度·文迪斯, 伯恩哈德·帕尔森
附属公司

社区驱动的人类新陈代谢全球重建

伊内斯·蒂勒等。 Nat生物技术. 2013年5月.

摘要

人类新陈代谢的多种模型已经被重建，但每一种模型都只代表了我们知识的一个子集。在这里，我们描述了Recon 2，一个社区驱动的共识“代谢重建”，它是适用于计算建模的人类代谢的最全面的表示。与前辈相比，该重构改进了拓扑和功能特征，包括反应次数增加了约2倍，独特代谢物增加了约1.7倍。使用Recon 2，我们预测49种先天性代谢错误的代谢物生物标记物变化，与实验数据相比，准确率为77%。将代谢组学数据和药物信息映射到Recon 2显示了其整合和分析不同数据类型的潜力。利用蛋白质表达数据，我们自动生成了65个细胞类型特异性模型的概要，为人工管理或研究细胞特异性代谢特性提供了基础。Recon 2将促进许多未来的生物医学研究，可在http://humanmetabolization.org/。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争性金融利益

作者声明没有竞争性的经济利益。

数字

图1
图1
社区驱动的重建方法概述，以组装侦察2。公司。分区EHMN；hs_sIEC611，小肠肠细胞重建。
图2
图2
侦察1和侦察2中的路径覆盖率。仅显示了Recon 2中添加反应内容的途径。在两个重建中具有相同反应内容的29个途径没有显示。
图3
图3
IEM的预测生物标记物。(一)比较Recon 1和Recon 2与金标准的预测精度。(b条)正确和错误的预测。IEM和生物标记物按子系统分类。亮黄色，氨基酸代谢；绿色，中枢代谢；蓝色，荷尔蒙；黄色，脂质代谢；粉红色，核苷酸代谢；丁香、维生素和辅因子代谢。蓝色和红色阴影分别对应生物标记物的预测增加和减少。蓝线和红线分别表示血浆中生物标记物的增加和减少。34dhphe，3,4-二羟基-L-苯丙氨酸；3mlda，3-甲基咪唑乙酸；5htrp，5-羟基-L-色氨酸；bhb，（R）-3-羟基丁酸酯；tetdec2crn，十四二烯酰肉碱；teddec1crn，十四碳酰肉碱。（有关IEM的完整名称，请参阅补充表5。）
图4
图4
代谢组数据与Recon 2代谢物中的细胞外代谢物的比较。(一)与癌症外代谢组的比较（见补充表3，了解Recon 2中不存在的18种癌症外代谢产物的分解，31种没有交换反应，91种可以进行摄取或释放情况比较）。(b条)与HMDB的比较（参见补充图6）。
图5
图5
65个拔模单元类型的汇总属性-特定模型。(一)反应（左）和基因（右）在模型中的分布。(b条)蛋白质表达数据几乎均匀地捕获了来自所有子系统的蛋白质。相反，由593个反应组成的核心反应集中的大多数反应属于转运子系统。重组子2中的第二大子系统脂质代谢仅代表核心反应集的一小部分。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

  • 重组2.2：从重建到人类新陈代谢模型。
    斯温斯顿N、斯莫尔博恩K、赫夫齐H、多布森PD、布鲁尔J、汉斯科M、齐林斯基DC、安格斯KS、加德纳NJ、古铁雷斯JM、基里亚科普洛斯S、拉克希曼M、李S、刘JK、马丁内斯VS、加利福尼亚州奥雷拉纳、魁克LE、托马斯A、赞格利尼J、博思N、李DY、尼尔森LK、凯尔DB、刘易斯NE、门德斯P。 Swainston N等人。 代谢组学。2016;12:109. doi:10.1007/s11306-016-1051-4。Epub 2016年6月7日。 代谢组学。2016 PMID：27358602 免费PMC文章。
  • 利用组学数据重建基因组尺度的人类代谢模型。
    柳智英、金虎、李SY。 Ryu JY等人。 集成生物（Camb）。2015年8月；7(8):859-68. doi:10.1039/c5ib00002e。 集成生物（Camb）。2015 PMID：25730289 审查。
  • 头部损伤的转化代谢组学：利用基于体内核磁共振波谱的代谢产物定量研究功能失调的脑代谢。
    Wolahan SM、Hirt D、Glenn TC。 Wolahan SM等人。 作者：Kobeissy FH，编辑。脑神经创伤：分子、神经心理学和康复方面。博卡拉顿（佛罗里达州）：CRC Press/Taylor&Francis；2015年，第25章。 作者：Kobeissy FH，编辑。脑神经创伤：分子、神经心理学和康复方面。博卡拉顿（佛罗里达州）：CRC Press/Taylor&Francis；2015年，第25章。 PMID：26269925 免费书籍和文件。 审查。
  • 使用INIT重建69种人类细胞类型和16种癌症类型的基因组级活性代谢网络。
    Agren R、Bordel S、Mardinoglu A、Pornputtapong N、Nookaew I、Nielsen J。 Agren R等人。 公共科学图书馆计算生物学。2012;8（5）：e1002518。doi:10.1371/journal.pcbi.1002518。Epub 2012年5月17日。 公共科学图书馆计算生物学。2012 PMID：22615553 免费PMC文章。
  • 人类基因组尺度代谢知识库中的膜转运蛋白及其对疾病的影响。
    Sahoo S、Aurich MK、Jonsson JJ、Thiele I。 Sahoo S等人。 前生理学。2014年3月11日；5:91. doi:10.3389/fphys.2014.00091。2014年电子收集。 前生理学。2014 PMID：24653705 免费PMC文章。 审查。
查看所有类似文章

引用人

查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. Palsson B.系统生物学：重建网络的特性。剑桥大学出版社；2006
    1. Thiele I，Palsson BO.生成高质量基因组尺度代谢重建的协议。国家协议。2010;5:93–121.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Oberhardt MA、Palsson BO、Papin JA。基因组尺度代谢重建的应用。分子系统生物学。2009;5:320.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Orth JD、Thiele I、Palsson BO。什么是流量平衡分析？国家生物技术。2010;28:245–248.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Schellenberger J等人。基于约束模型的细胞代谢定量预测：COBRA工具箱v2.0。国家协议。2011;6:1290–1307.-项目管理咨询公司-公共医学

出版物类型