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.2013年4月3日;105(7):452-8.
doi:10.1093/jnci/djt007。 Epub 2013年2月21日。

肿瘤细胞系的临床相关性

附属公司

肿瘤细胞系的临床相关性

Jean-Pierre吉列等。 美国国家癌症研究所. .

摘要

尽管过去十年中基因组学的进展为转化研究开辟了新的途径,并允许直接评估临床样本,但仍需要可靠的临床前模型来测试治疗策略。人类癌症衍生细胞系是研究癌症生物学和检验假说以提高癌症治疗效果的最广泛使用的模型。自第一个癌细胞系开发以来,这些模型的临床相关性一直受到质疑。基于最近引发争论的研究,我们回顾了体外模型开发过程中的主要事件以及新技术的出现,这些新技术揭示了人类癌症细胞系作为模型的重要问题和局限性。并非所有的癌细胞株都具有与肿瘤模型同等的价值。有些成功了,而另一些失败了。然而,成功的故事不应掩盖越来越多的数据,这些数据促使我们开发新的体外临床前模型,这将大大提高新的体外评估癌症治疗的成功率。

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数字

图1。
图1。
来自三个不同平台的基因表达数据的相关性。的表达式配置文件澳大利亚广播公司1对所有60个细胞系的SYBR Green和微阵列进行比较(一个); TaqMan低密度阵列(TLDA)和微阵列(B类); SYBR Green和TLDA(C类); SYBR Green和微阵列(D类); TLDA和微阵列(E类); SYBR Green和TLDA(F类). 数据表明,TLDA提供了更高的灵敏度,产生了更大的动态测量范围。给出了每次比较的相关系数。qRT-PCR=定量反转录-聚合酶链反应。[经许可,转载自(30)。]
图2。
图2。
使用平均链接算法和1−Pearson相关性作为卵巢癌样本分析的距离度量的层次聚类。一个)卵巢癌模型(体外和体内)的380个多药耐药相关基因表达谱(使用TaqMan低密度阵列测量)与80例未经治疗的卵巢原发性浆液性癌标本以及32例原发性卵巢浆液性肿瘤的渗出液标本明显不同。X轴显示样本簇。红色=原发性卵巢浆液性癌;洋红=原发性卵巢浆液性癌的渗出液样本;绿色=正常卵巢组织;蓝色=卵巢癌的体外模型,包括卵巢癌的异种移植模型、国家癌症研究所60(NCI-60)小组的卵巢癌细胞系和顺铂耐药细胞系。Y轴显示基因聚集。B类)当将NCI-60面板的另外八种癌症类型添加到面板A中的热图中时,可以得出惊人的观察结果,即所有在体外或体内生长的细胞系,无论来源是什么组织,都比它们应该建模的临床样本更相似。沿X轴:红色=原发性卵巢浆液性癌;洋红=原发性卵巢浆液性癌的积液样本;绿色=正常卵巢组织;蓝色=卵巢癌体外模型;黑色=NCI-60小组八种其他癌症类型的癌细胞系。Y轴显示基因聚集。[转载自(38)。]
图3。
图3。
六种不同组织类型(CNS=中枢神经系统)的细胞系和原发性肿瘤中mRNA表达谱的比较。我们在所有样本(原发肿瘤和细胞系)中选择了255个表达方差最大的基因(方差>1)。然后,我们分别计算原发性肿瘤和细胞系中每个组织的倍数差,作为该组织的样本与所有其他组织的随机样本集(每个组织n=5)之间的平均倍数差。使用原发肿瘤的平均折叠变化和细胞系的平均折叠改变计算相关性。对于每种肿瘤类型,计算该肿瘤类型与所有其他肿瘤类型之间5000个最可变基因的对数倍变化。原发性肿瘤和细胞系的肿瘤类型折叠变化之间的皮尔逊相关性如热图所示。

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引用人

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