UniChem: a unified chemical structure cross-referencing and identifier tracking system

doi:10.1186/1758-2946-5-3

。2013年1月14日；5(1):3.

doi:10.1186/1758-2946-5-3。

UniChem：统一的化学结构交叉引用和标识符跟踪系统

乔恩·钱伯斯¹, 马克·戴维斯, 安娜·高尔顿, 安妮·赫西, 萨米尔·维兰卡, 罗伯特·彼得里扎克, 詹娜·黑斯廷斯, 路易莎·贝利斯, 肖恩·麦克林奇, 约翰·P·奥弗林顿

附属公司

PMID： 23317286
预防性维修识别码： PMC3616875型
内政部： 10.1186/1758-2946-5-3

UniChem：统一的化学结构交叉引用和标识符跟踪系统

乔恩·钱伯斯等。化学杂志。 2013。

。2013年1月14日；5(1):3.

doi:10.1186/1758-2946-5-3。

作者

乔恩·钱伯斯¹, 马克·戴维斯, 安娜·高顿, 安妮·赫西, 萨米尔·维兰卡, 罗伯特·彼得里扎克, 詹娜·黑斯廷斯, 路易莎·贝利斯, 肖恩·麦克林奇, 约翰·奥弗林顿

附属

¹英国剑桥CB10 1SD Hinxton ChEMBL。chambers@ebi.ac.uk。

PMID： 23317286
预防性维修识别码： PMC3616875型
内政部： 10.1186/1758-2946-5-3

摘要

UniChem是互联网上免费提供的化合物标识符映射服务，旨在优化化学资源之间建立和维护基于结构的超链接的效率。过去，在EMBL-EBI建立和维护此类链接需要每个独立团队的独立努力，EMBL-EBI有多种基于化学的资源。这些工作因不同的数据模型、发布时间表以及组织中存在的复合规范化和标识符命名的不同业务规则而变得复杂。UniChem是一个大规模的非冗余标准InChI数据库，在这些结构和来自所有单独化学资源的化学标识符之间有指针，它是一种有效共享创建这些链接的维护开销的方法。因此，对于UniChem中表示的每个源，自动计算所有其他源的所有链接，并立即供所有人使用。从源加载新数据发布后，更新的映射立即可用。UniChem中的Web服务为用户提供了一个简单的自动机制，用于维护从其资源到UniChem表示的所有其他源的所有链接。此外，跟踪标识符使用变化的功能允许用户监视哪些标识符是最新的，哪些是过时的。最后，UniChem经过精心设计，能够以最小的努力包含额外的资源。事实上，最近纳入EMBL-EBI外部数据源为用户提供了一种简单的方法，可以为用户提供更广泛的链接资源选择，而无需额外费用，同时为外部资源链接到所有EMBL-EBI化学资源提供了一个简单的机制。

PubMed免责声明

数字

图1
**UniChem有效管理含小分子资源之间基于结构的“链接”的创建和维护。**从历史上看，EMBL-EBI小分子资源之间的“联系”维护采用了一种模式(A类)其中每个资源必须单独管理其与所有其他资源的链接。UniChem解决方案使用一个模型(B类)集中维护映射，从而显著降低总体维护成本，并允许在将来简单地包含额外资源。

图2
**UniChem模式。**UniChem模式由四个主表组成。结构存储在UC_Structures表中，源存储在UC-sources表中。UC_XREF表包含UCI分配的所有src_compound_id的列表，以及指示这些分配是当前分配还是过时分配的字段。UC_RELEASE表跟踪所有源的数据发布信息。为了清楚起见，并非所有字段都显示出来。主键/外键约束由实心箭头表示。PK=主键，FK=外键。

图3
**使用UniChem web界面的查询示例。**在UniChem web界面上，使用单个src_compound_id进行查询将检索所有分配（当前和过时）的列表，这些分配共享查询src_com pound_id当前分配到的同一标准InChI。如下表中的示例所示，其中显示使用地西泮的ChEMBL标识符“CHEMBL12”查询时检索到的数据。文本中解释了显示的数据列。

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