Quantitative optical trapping on single organelles in cell extract

doi:10.1038/nmeth.2287

比较研究

.2013年1月；10(1):68-70.

doi:10.1038/nmeth.2287。 Epub 2012年12月16日。

细胞提取物中单个细胞器的定量光学捕获

普拉迪普·巴拉克¹, 阿希姆·雷, Priyanka Rai公司, 鲁普·马利克

附属公司

PMID： 23241632
预防性维修识别码：项目经理3605797
内政部： 10.1038/nmeth.2287

比较研究

细胞提取物中单个细胞器的定量光学捕获

普拉迪普·巴拉克等。 Nat方法. 2013年1月.

.2013年1月；10(1):68-70.

doi:10.1038/nmeth.2287。 Epub 2012年12月16日。

作者

普拉迪普·巴拉克¹, 阿希姆·雷, Priyanka Rai公司, 鲁普·马利克

附属

¹印度孟买塔塔基础研究所生物科学系。

PMID： 23241632
预防性维修识别码：项目经理3605797
内政部： 10.1038/nmeth.2287

摘要

我们开发了一种光学捕获方法来精确测量运动蛋白在细胞提取物中未知大小的单个细胞器上产生的力。这种被称为VMatch的方法允许对原生运动复合体进行功能性询问。我们应用VMatch测量了驱动蛋白-1对正常喂养和食物缺乏大鼠肝脏分离的运动脂滴的作用力、数量和活性。

PubMed免责声明

数字

**图1。细胞器定量光学捕获的视频匹配（VMatch）方法**
**(一)左上**位移(*X（X）*)图中所示为电动货物与光阱（红色聚焦光束）的相对位置。陷阱就像弹簧一样工作，其刚度(*K_捕集器*)必须确定以测量*如果_电动机*图中显示了用QPD和摄像机同时采集的脉冲移动脂滴的失速力记录。然后将这两个数据集进行匹配，以找到QPD的校准因子(=*S公司_{质量策划（QPD）}*). 此值为*S公司_{质量策划（QPD）}*用于计算位置的差异(<*X（X）²*>)陷阱中热波动的货物。*K_捕集器*和*如果_电动机*随后根据<*X（X）²*>.(b条)QPD校准系数的变化(*S公司_{质量策划（QPD）}*)用于不同平均直径和LD的珠子。*S公司_{质量策划（QPD）}*通过使用压电级移动粘在盖玻片上的珠子来确定珠子。*S公司_{质量策划（QPD）}*使用VMatch方法确定单个LD。**(*c（c）*)**采用功率谱（PS）VMatch（VM）方法测量了涂敷在0.5微米和1微米直径珠上的驱动蛋白-1的失速力。我们记录了40粒500纳米珠的59个档位，82粒1微米珠的119个档位。0.5微米珠子上的失速力为5.67±1.1（VMatch）和5.51±1.0（PS）。1微米珠的失速力为5.74±0.9（VMatch）和5.68±1.1（PS）。所有值均为平均值±sd。单因素方差分析在0.05水平上无显著差异[如果(3,353) = 0.84;第页=0.47]之间。**(d日)**用PS和VMatch方法在20个不同珠子（平均直径0.5微米）的单分子极限下测量驱动蛋白-1的失速力。

**图2。从大鼠肝脏提取的脂滴的动力和力的测量**
**(一)**在1mM ATP的体外运动试验中，运动LD的代表性视频轨迹。所有LD均移至MT plus-end。插入大鼠肝脏分离出的脂滴（不可折射球体）的DIC图像。比例尺=3微米。插入使用肝细胞液（HSS）和从纯化LD（LD）中提取的蛋白质，用驱动蛋白-1抗体进行蛋白质的Western blot。在116kDa处检测到驱动蛋白-1的特定带。**(b条)**的分布*K_捕集器*用于LD（通过VMatch获得）和1微米珠子（通过PS方法）。生成特定值的LD图像*K_捕集器*还显示了（箭头）。**(*c（c）*)**使用*K_捕集器*通过VMatch方法为每个LD单独确定。粗黑线是两个无约束高斯函数的和（缩减χ²= 2.42).插入显示了对应于1的LD的代表性失速^标准和2^第峰值。**(d日)**禁食16小时的大鼠肝脏中提取的加移动LD的失速力直方图。粗黑线符合高斯分布。峰值位置（6.2±1.7 pN；平均值±SD）可能代表单个驱动蛋白-1力。**(*e（电子）*)**正常（N）和禁食（F）大鼠在MT上移动的LD的分数。禁食时运动能力显著降低(第页<0.001).(*（f）*)正常（N）大鼠和禁食（F）大鼠LD的正跑步长度。禁食后跑步长度显著缩短(第页<0.0001).(克)正常（N）和禁食（F）大鼠的LDs速度。禁食时速度没有变化(第页=0.52)

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

[生物和医学中的光镊子]。
Coirault C、Pourny JC、Lambert F、Lecarpentier Y。 Coirault C等人。医学科学（巴黎）。2003年3月；19(3):364-7. doi:10.1051/medsci/2003193364。医学科学（巴黎）。2003 PMID：12836420 审查。法国人。
重建孤立细胞内货物的运动性。
Hendricks AG、Goldman YE、Holzbaur EL。 Hendricks AG等人。方法酶制剂。2014;540:249-62. doi:10.1016/B978-0-12-397924-7.00014-5。方法酶制剂。2014 PMID：24630111
通过单Kinesin-1电机的三维力-夹具跟踪测量微管超扭和缺陷。
Bugiel M、Mitra A、Girardo S、Diez S、Schäffer E。 Bugiel M等人。纳米通讯。2018年2月14日；18(2):1290-1295. doi:10.1021/acs.nanolett.7b04971。Epub 2018年2月5日。纳米通讯。2018 PMID：29380607
微管依赖性细胞器运输的重建。
Barak P、Rai A、Dubey AK、Rai P、Mallik R。 Barak P等人。方法酶制剂。2014;540:231-48。doi:10.1016/B978-0-12-397924-7.0013-3。方法酶制剂。2014 PMID：24630110
光镊的教训：量化细胞器相互作用、动力学和亚细胞事件建模。
火花I。火花I。当前操作植物生物。2018年12月；46:55-61. doi:10.1016/j.pbi.2018.07.010。Epub 2018年8月3日。当前操作植物生物。2018 PMID：30081386 审查。

查看所有类似文章

引用人

脂滴在衰老中的Janus-Faced作用：从细胞角度的见解。
Bresgen N、Kovacs M、Lahnsteiner A、Felder TK、Rinnerthaler M。 Bresgen N等人。生物分子。2023年5月30日；13(6):912. doi:10.3390/biom13060912。生物分子。2023 PMID：37371492 免费PMC文章。审查。
微管马达驱动的脂滴相互作用：特异性和机会。
Singh J、Sanghavi P、Mallik R。 Singh J等人。前细胞发育生物学。2022年9月19日；10:893375。doi:10.3389/fcell.2022.893375。eCollection 2022年。前细胞发育生物学。2022 PMID：36200039 免费PMC文章。审查。
两种药用獐牙菜的完整叶绿体基因组：龙胆科獐牙菜属的比较进化分析。
杜Q，李杰，王磊，陈H，蒋M，陈Z，蒋C，高H，王B，刘C。杜强等。普兰塔。2022年9月9日；256(4):73. doi:10.1007/s00425-022-03987-z。普兰塔。2022 PMID：36083348
脂滴和内质网之间的代谢和免疫敏感接触在体外重建。
Kamerkar S、Singh J、Tripathy S、Bhonsel H、Kumar M、Mallik R。 Kamerkar S等人。美国国家科学院院刊2022年6月14日；119（24）：e2200513119。doi:10.1073/pnas.2200513119。Epub 2022年6月8日。美国国家科学院院刊，2022年。 PMID：35675423 免费PMC文章。
触摸和移动：脂滴和其他器官之间的膜接触部位。
廖PC、Yang EJ、Borgman T、Boldogh IR、Sing CN、Swayne TC、Pon LA。廖佩科等。前细胞发育生物学。2022年2月24日；10:852021. doi:10.3389/fcell.2022.852021。eCollection 2022年。前细胞发育生物学。2022 PMID：35281095 免费PMC文章。审查。

查看所有“引用者”文章

工具书类

1. Vale RD.小区。2003;112:467.-公共医学
1. 纽曼KC，Block SM.Rev Sci Instrum。2004;75(9):2787.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Rice SE、Purcell TJ、Spudich JA。方法酶制剂。2003;361:112.-公共医学
1. Welte MA、Gross SP、Postner M等人，细胞。1998;92:547.-公共医学
1. Shubeita GT、Tran SL、Xu J等。Cell。2008;135(6):1098.-项目管理咨询公司-公共医学

在线方法中的参考

1. 苏皮纳五世，Rai Arpan。，Mallik R.生物技术。2009;46:297.-公共医学
1. Carter BC、Shubeita GT、Gross SP、物理生物学。2005;2:60.-公共医学
1. Mallik R、Carter BC、Lex SA等，《自然》。2004;427:649.-公共医学
1. Mallik R、Petrov D、Lex SA等，《当代生物学》。2005;15:2075.-公共医学
1. Brasaemle DL，Wolins NE，第3章。电流原细胞生物。2006年：15。第三单元。-公共医学

出版物类型

行动
行动

物质

行动
行动

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源
其他文献来源
- scite智能引文

[1] Vale RD.小区。2003;112:467.-公共医学

[2] Vale RD.小区。2003;112:467.-公共医学

[3] 纽曼KC，Block SM.Rev Sci Instrum。2004;75(9):2787.-项目管理咨询公司-公共医学

[4] 纽曼KC，Block SM.Rev Sci Instrum。2004;75(9):2787.-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Rice SE、Purcell TJ、Spudich JA。方法酶制剂。2003;361:112.-公共医学

[6] Rice SE、Purcell TJ、Spudich JA。方法酶制剂。2003;361:112.-公共医学

[7] Welte MA、Gross SP、Postner M等人，细胞。1998;92:547.-公共医学

[8] Welte MA、Gross SP、Postner M等人，细胞。1998;92:547.-公共医学

[9] Shubeita GT、Tran SL、Xu J等。Cell。2008;135(6):1098.-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Shubeita GT、Tran SL、Xu J等。Cell。2008;135(6):1098.-项目管理咨询公司-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

细胞提取物中单个细胞器的定量光学捕获

附属

细胞提取物中单个细胞器的定量光学捕获

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

在线方法中的参考

出版物类型

MeSH术语

物质

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

在线方法中的参考

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源