A map of human microRNA variation uncovers unexpectedly high levels of variability

doi:10.1186/gm363

.2012年8月24日；4(8):62.

doi:10.1186/gm363。 eCollection 2012。

人类microRNA变异图揭示了出乎意料的高度变异性

附属公司

¹计算基因组学研究所，普伦西佩·费利佩研究中心（CIPF），C/Eduardo Primo Yufera 3，瓦伦西亚，46012，西班牙。
²医学基因组项目，安达卢西亚人类基因组测序中心，c/Albert Einstein s/n.Plta。西班牙塞维利亚巴哈，41092。
^三生殖医学联合会。塞维利亚生物医学研究所（IBIS），弗吉尼亚大学医院/CSIC/塞维利亚大学，阿夫达。Manuel Siurot s/n，塞维利亚，41013，西班牙；Avda生物研究中心（CIBERER）。Manuel Siurot s/n，西班牙塞维利亚，41013。
⁴医学基因组项目，安达卢西亚人类基因组测序中心，c/Albert Einstein s/n.Plta。西班牙塞维利亚巴哈，41092；Avda生物研究中心（CIBERER）。Manuel Siurot s/n，塞维利亚，41013，西班牙。
⁵计算基因组学研究所，普伦西佩·费利佩研究中心（CIPF），C/Eduardo Primo Yufera 3，巴伦西亚，46012，西班牙；西班牙巴伦西亚爱德华多·普里莫·尤费拉3号CIPF生物研究中心。
⁶医学基因组项目，安达卢西亚人类基因组测序中心，c/Albert Einstein s/n.Plta。西班牙塞维利亚巴哈，41092；安达卢西亚分子生物学和再生医学中心（CABIMER），Avda。西班牙塞维利亚Americo Vespucio s/n，邮编：41092。
⁷医学基因组项目，安达卢西亚人类基因组测序中心，c/Albert Einstein s/n.Plta。西班牙塞维利亚巴哈，41092；生殖医学联合会。塞维利亚生物医学研究所（IBIS），罗西奥大学Virgen del Rocío医院/CSIC/阿维达塞维利亚大学。Manuel Siurot s/n，塞维利亚，41013，西班牙；Avda生物研究中心（CIBERER）。Manuel Siurot s/n，西班牙塞维利亚，41013。
⁸计算基因组学研究所，普伦西佩·费利佩研究中心（CIPF），C/Eduardo Primo Yufera 3，巴伦西亚，46012，西班牙；医学基因组项目，安达卢西亚人类基因组测序中心，c/Albert Einstein s/n.Plta。西班牙塞维利亚巴哈，41092；西班牙巴伦西亚爱德华多·普里莫·尤费拉3号CIPF生物研究中心；功能基因组节点（INB），CIPF，C/Eduardo Primo Yufera 3，Valencia，46012，西班牙。

PMID： 22906193
预防性维修识别码：项目经理4064319
内政部： 10.1186/gm363

人类microRNA变异图揭示了出乎意料的高度变异性

何塞·卡博内尔等。基因组医学. 2012.

.2012年8月24日；4(8):62.

doi:10.1186/gm363。 eCollection 2012。

附属公司

¹计算基因组学研究所，普伦西佩·费利佩研究中心（CIPF），C/Eduardo Primo Yufera 3，瓦伦西亚，46012，西班牙。
²医学基因组项目，安达卢西亚人类基因组测序中心，c/Albert Einstein s/n.Plta。西班牙塞维利亚巴哈，41092。
^三生殖医学联合会。塞维利亚生物医学研究所（IBIS），罗西奥大学Virgen del Rocío医院/CSIC/阿维达塞维利亚大学。Manuel Siurot s/n，塞维利亚，41013，西班牙；Avda生物研究中心（CIBERER）。Manuel Siurot s/n，西班牙塞维利亚，41013。
⁴医学基因组项目，安达卢西亚人类基因组测序中心，c/Albert Einstein s/n.Plta。西班牙塞维利亚巴哈，41092；Avda生物研究中心（CIBERER）。Manuel Siurot s/n，西班牙塞维利亚，41013。
⁵计算基因组学研究所，普伦西佩·费利佩研究中心（CIPF），C/Eduardo Primo Yufera 3，巴伦西亚，46012，西班牙；西班牙巴伦西亚爱德华多·普里莫·尤费拉3号CIPF生物研究中心。
⁶医学基因组项目，安达卢西亚人类基因组测序中心，c/Albert Einstein s/n.Plta。西班牙塞维利亚巴哈，41092；安达卢西亚分子生物学和再生医学中心（CABIMER），Avda。西班牙塞维利亚Americo Vespucio s/n，邮编：41092。
⁷医学基因组项目，安达卢西亚人类基因组测序中心，c/Albert Einstein s/n.Plta。塞维利亚巴哈，41092，西班牙；生殖医学联合会。塞维利亚生物医学研究所（IBIS），罗西奥大学Virgen del Rocío医院/CSIC/阿维达塞维利亚大学。Manuel Siurot s/n，塞维利亚，41013，西班牙；Avda生物研究中心（CIBERER）。Manuel Siurot s/n，西班牙塞维利亚，41013。
⁸计算基因组学研究所，普伦西佩·费利佩研究中心（CIPF），C/Eduardo Primo Yufera 3，巴伦西亚，46012，西班牙；医学基因组计划，安达卢西亚人类基因组测序中心，c/Albert Einstein s/n.Plta。西班牙塞维利亚巴哈，41092；西班牙巴伦西亚爱德华多·普里莫·尤费拉3号CIPF生物研究中心；功能基因组节点（INB），CIPF，C/Eduardo Primo Yufera 3，Valencia，46012，西班牙。

PMID： 22906193
预防性维修识别码：项目经理4064319
内政部： 10.1186/gm363

摘要

背景：微RNA（miRNAs）是许多物种基因调控网络的关键组成部分。在过去几年中，这些调节因素被证明与越来越多的疾病有关。因此，编制健康人群自然变异性的综合图似乎是未来研究miRNA相关病理学的一个明显要求。

方法：分析了1000基因组项目中14个种群的数据，以及从西班牙南部一个种群的60个健康个体外显子中提取的新数据，这些外显子在医学基因组项目的背景下进行了测序，以得出miRNA变异性的准确图。

结果：尽管人们普遍认为miRNA是高度保守的元件，但对1152个个体的序列分析表明，观察到的变异水平是预期的两倍。共发现527个变体。其中，45个变体影响了相应miRNA的识别区域，在43个不同的miRNA中发现，其中26个已知涉及57种疾病。miRNA成熟结构的不同部分受到变体的不同程度影响，这表明存在与变化的相对功能影响相关的选择压力。此外，41个变异体显示出与Hardy-Weinberg平衡的显著偏差，这支持对某些等位基因存在选择性过程。miRNAs中每个个体的平均变异数为28。

结论：尽管预期miRNAs将是高度保守的基因组元件，但我们的研究报告的变异程度与编码基因的变异程度相当。

PubMed免责声明

数字

图1
**miRNA前体的结构**顶部：在分析前miRNA不同亚结构的所有种群中观察到的所有变体的分布。底部：理论前miRNA。成熟miRNA由种子miR 5'和剩余的miR 5''组成（其他成熟miRNA与3'相同）。

图2
**基于1000基因组项目14个群体和西班牙测序群体变异性的主成分分析**距离基于总共198个不同的变异位置，其中西班牙测序人群呈现出合理的覆盖范围（>10×），并且个体中至少存在一个变异。颜色如下：欧洲人口为黄色；蓝色的亚洲人口；非洲种群为紫色，美洲种群为棕色。PC，主要部件。

图3
**根据所分析的人群得出的不同地理来源中每个个体的变异数分布**不同地理来源的人口为：EUR（欧洲），包括TSI、FIN、GBR、CEU、IBS和and；ASI（亚洲），包括CHB、CHS和JPT）；AMR（美国）（包括MXL、PUR和CLM）；和AFR（非洲），包括YRI、LWK和ASW。

图4
**具有不同等位基因频率的变异位置数量**根据SNV的相对等位基因频率分布SNV。

图5
**miRNAs及其参与的疾病和人群之间的关系**使用具有欧几里德距离的凝聚聚类算法生成热图。**（a）**根据miRNA前体各位置的共享变异体绘制群体间相似性的热图。颜色代码表示种群对之间常见变体的数量。**（b）**当比较中只考虑miRNAs种子区域中的位置映射时，种群之间的相似性热图。颜色代码表示种群对之间的常见变体数量，分析仅限于种子区域中的变体映射。**（c）**疾病在人群中分布的热图。色码表示与每个疾病类别相关的每个人群的变异数。**（d）**蜂巢图显示了miRNAs、人群和疾病之间的关系，将疾病归纳为一般类别。

图6
**miRNAs、途径类别和人群之间的关系**.（a）路径类别在人群中分布的热图。色码表示任何类别中可能发生改变的路径的百分比。如果一条通路中的一个基因被种子区中具有变体的任何miRNA靶向，则认为该通路受到影响。**（d）**蜂巢图显示了miRNAs、种群和通路类别之间的关系。

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