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.2012;7（8）：e42377。
doi:10.1371/journal.pone.0042377。 Epub 2012年8月6日。

微阵列显示肾透明细胞癌LncRNAs表达特征

甘雨 1, 姚伟民, Ji Wang（音译）, 新马, 魏晓, Heng Li（李恒）, 丁霞, 杨扬, 邓康利, 肖海兵（Haibing Xiao）, 王伯翰（Bohan Wang）, 郭晓林, 魏冠, 胡志泉, 白银奇, 华旭, 刘继红, 徐章, 张群叶
附属公司

微阵列显示肾透明细胞癌LncRNAs表达特征

甘雨等。 公共科学图书馆综合版. 2012.

摘要

背景：长非编码RNA（lncRNAs）是一类重要的普适基因，参与多种生物功能。它们在多种癌症中异常表达。在本研究中，我们通过微阵列描述了6对人肾透明细胞癌（RCCC）和相应的邻近非肿瘤组织（NT）的lncRNA谱。

方法/主要发现：在我们的微阵列中，有33045个lncRNA的丰富多样的探针，可以检测到在一定水平上表达的lncRNA的数量为17157个。从数据中我们发现，与NT和916个lncRNAs相比，在RCCC组织中有数千个lncRNA差异表达（≥2倍变化），在六个RCCC样本中有五个或更多的样本中差异表达。与NT相比，RCCC中许多lncRNA显著上调或下调。我们的数据表明，下调的lncRNA比上调的lncRNAs更常见。用qPCR方法对63对RCCC和NT样品中的ENST00000456816、X91348、BC029135、NR_024418进行了评价。与匹配的组织学正常肾组织相比，这四种lncRNA在RCCC中异常表达。

结论/意义：我们的研究是第一个通过微阵列确定RCCC中全基因组lncRNA表达模式的研究。结果显示，与NT样本相比，RCCC中lncRNAs簇的表达异常，这表明lncRNA在肿瘤组织和正常组织中的差异表达可能在肿瘤的发生发展中发挥部分或关键作用。综上所述，本研究可能为RCCC的未来治疗提供潜在靶点，并为癌症生物学提供新的见解。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争利益：提交人声明，不存在相互竞争的利益。

数字

图1
图1。上调和下调lncRNA的计数。
微阵列检测发现，与6例患者的NT样本相比，RCCC样本中的许多lncRNA显著上调或下调。上调和下调lncRNA的计数在六名患者中各不相同。在六分之四的RCCC患者中，下调lncRNA比上调lncRNA更常见。两名患者下调lncRNA的频率低于上调lncRNA。
图2
图2。微阵列数据与qPCR结果的比较。
用基因芯片技术检测了6例患者RCCC样本与NT样本中差异表达的ENST00000456816、X91348、BC029135和NR_024418，并用qPCR进行了验证。图表中各列的高度表示四种lncRNAs中每一种在六名患者中表达的对数转换中位折叠变化（T/N）；条形图表示标准误差。四种lncRNA的验证结果表明，微阵列数据与qPCR结果具有良好的相关性。
图3
图3。lncRNAs表达水平的分布。
通过qPCR在63对RCCC和NT样本中验证了最显著的差异表达。
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赠款和资金

本研究得到了国家自然科学基金（310722383117244181170650）的资助。资助者在研究设计、数据收集和分析、决定出版或编写手稿方面没有任何作用。