跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

网站是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2013年3月；14(2):178-92.
doi:10.1093/bib/bbs017。 Epub 2012年4月19日。

集成基因组查看器（IGV）：高性能基因组数据可视化和探索

赫尔加·托瓦尔兹多蒂尔 1, 詹姆斯·T·罗宾逊, 吉尔·P·梅西洛夫
附属公司

集成基因组查看器（IGV）：高性能基因组数据可视化和探索

Helga Thorvaldsdóttir公司等。 生物信息简介. 2013年3月.

摘要

数据可视化是基因组数据分析的重要组成部分。然而，当今的排序和基于阵列的分析方法产生的数据集的大小和多样性给可视化工具带来了重大挑战。Integrative Genomics Viewer（IGV）是一款高性能查看器，可以有效地处理大型异构数据集，同时在所有级别的基因组分辨率上提供流畅直观的用户体验。IGV的一个关键特征是它注重基因组研究的综合性，支持基于阵列和下一代测序数据，以及临床和表型数据的综合。虽然IGV通常用于查看公共来源的基因组数据，但其主要重点是支持希望可视化和探索自己或同事的数据集的研究人员。为此，IGV支持本地和远程数据集的灵活加载，并经过优化以在标准桌面系统上提供高性能数据可视化和探索。IGV可从免费下载http://www.broadinstitute.org/igv，根据GNU LGPL开源许可证。

PubMed免责声明

数字

图1：
图1：
IGV类图，说明IGV软件结构。
图2：
图2：
IGV应用程序窗口。
图3：
图3：
属性面板显示表型和临床数据的彩色编码矩阵。单击列标题将按相应属性对轨迹进行排序。
图4：
图4：
以20 kb和基极对分辨率读取对齐视图。IGV根据缩放级别显示不同级别的数据详细信息，并使用颜色和透明度突出显示数据中有趣的事件。(A类)读数汇总为覆盖图。与参考值有大量不匹配的位置用颜色条高亮显示，指示不匹配的存在和等位基因频率。(B类)显示单个基础不匹配时，alpha透明度与质量成正比。在本例中，读取已按串进行排序和着色。
图5：
图5：
IGV亚硫酸氢盐序列视图。(A类)IGF2/H19印迹控制区（ICR）的两个视图，说明CTCF结合位点的等位基因特异甲基化。俯视图显示了ENCODE正常上皮组织（HMEC）细胞系中ChIP-seq组蛋白标记的13-kb区域。第二个视图显示了正常结肠粘膜的WGBS读数比对[19]，放大到75bp。CpG二核苷酸显示为蓝色（未甲基化）和红色（甲基化）正方形。杂合子C/T SNP也很明显，T等位基因与甲基化CpG（来自父系染色体）的读码密切相关。(B类)从正常上皮细胞系（HMEC）中显示出特征性增强子组蛋白标记的ENCODE轨迹可以明显看出B3GNTL1基因外显子2和3周围的增强子区域。读取比对的亚硫酸氢盐序列视图显示，该增强子在正常结肠粘膜中甲基化（红色-较浅），但在匹配的结肠肿瘤样本中几乎完全甲基化（蓝色-较深）[19]。该增强子的癌症特异性去甲基化与肿瘤中B3GNTL1转录物的上调一致。
图6：
图6：
心脏和肝脏组织样本RNA-seq数据的可视化。每个面板包括总覆盖率、交叉覆盖率、预测成绩单和阅读路线的轨迹。跨接处的读数用蓝色细线连接。在连接轨道中，每个弧的高度与跨越连接的总读数成比例。有明显证据表明两种组织之间存在选择性剪接。
图7：
图7：
TCGA项目202个胶质母细胞瘤样本的拷贝数、突变和临床数据的基因列表视图。IGV窗口被分成与来自p53信号通路的四个基因相对应的面板。拷贝号用颜色表示，蓝色表示删除，红色表示放大。突变被覆盖为黑色小矩形。样品已按CDKN2A的拷贝号排序。从这个观点来看，CDKN2A的缺失和TP53的突变显然是相互排斥的。
图8：
图8：
从一个多形性胶质母细胞瘤样本和匹配的正常样本中读取比对的分屏视图，显示了染色体1和6的区域。在本例中，配偶对映射到意外位置的比对由配偶的染色体进行彩色编码；其他路线以浅灰色显示。左侧面板上的棕色排列和右侧面板上的紫色排列是配对，表明这些基因座之间的融合。在匹配的正常人中没有这种重排的证据。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

查看所有类似文章

引用人

查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. Robinson JT、Thorvaldsdottir H、Winckler W等。综合基因组学查看器。国家生物技术。2011;29:24–6.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Milne I、Bayer M、Cardle L等。片剂-下一代序列组装可视化。生物信息学。2010;26:401–2.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Carver T、Bohme U、Otto TD等。BamView：在参考序列的上下文中查看映射读取对齐数据。生物信息学。2010;26:676–7.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Fiume M、Williams V、Brook A等。Savant:高通量测序数据的基因组浏览器。生物信息学。2010;26:1938–44.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Rutherford K、Parkhill J、Crook J等。阿耳特弥斯：序列可视化和注释。生物信息学。2000;16:944–5.-公共医学

出版物类型