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.2012年2月28日；9(3):215-6.
doi:10.1038/nmeth.1906。

ChromHMM：自动化染色质状态发现和表征

杰森·恩斯特, 马诺利斯·凯利斯

ChromHMM：自动化染色质状态发现和表征

杰森·恩斯特等。 Nat方法. .
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数字

图1
图1。ChromHMM的样本输出
(一)从ChromHMM生成并在UCSC基因组浏览器中可视化的状态注释轨迹示例，包括作为单个轨迹的分段的密集视图（顶部），以及作为单独轨迹显示每个状态的分段的扩展视图（底部）。(b条)ChromHMM自动生成的热图显示发射（左）和过渡（右）参数。(c)ChromHMM自动生成的状态功能丰富的热图示例。这些列表示每个状态（第一列）所代表的基因组的相对百分比和相对折叠富集：RefSeq转录起始位点（TSS）；CpG群岛；TSS周围2000个碱基对间隔；外显子；基因；转录终末位点（TES）；进化守恒；和核纹相关区域（补充说明）.a-c公司所示的示例对应于在九种细胞类型中学习的先前模型。
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