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.1990年10月5日;215(3):403-10.
doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2。

基本本地对齐搜索工具

附属公司

基本本地对齐搜索工具

S F Altschul公司等。 分子生物学杂志. .

摘要

一种快速序列比较的新方法,基本局部比对搜索工具(BLAST),直接近似比对,以优化局部相似性的度量,即最大片段对(MSP)得分。最近关于MSP分数随机特性的数学结果允许分析此方法的性能以及它生成的比对的统计意义。基本算法简单、鲁棒;它可以以多种方式实现,并应用于各种环境,包括直接的DNA和蛋白质序列数据库搜索、基序搜索、基因识别搜索,以及长DNA序列中多个相似区域的分析。除了数学分析的灵活性和可操作性外,BLAST比具有可比灵敏度的现有序列比较工具快一个数量级。

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