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.1990年4月;6(2):81-92.
doi:10.1093/bioinformatics/6.2.81。

识别已知功能相关的未对齐DNA序列中的一致模式

附属公司

识别已知功能相关的未对齐DNA序列中的一致模式

G Z赫兹等。 计算应用程序Biosci. 1990年4月.

摘要

我们开发了一种方法,用于识别一组未对齐的DNA序列中的一致模式,已知这些DNA序列结合一种常见蛋白质或具有其他一些常见的生化功能。该方法基于结合位点模式的矩阵表示。矩阵的每一行代表四个可能的碱基中的一个,每一列代表结合位点的一个位置,每个元素由指示的碱基在指示位置出现的频率决定。该方法的目标是从相关序列集可以形成的所有矩阵中找出最重要的矩阵,即偶然发生概率最低的矩阵。该方法的可靠性随序列数增加而提高,而所需时间仅随序列数线性增加。为了测试这种方法,我们分析了11个包含由大肠杆菌LexA蛋白调节的启动子的DNA序列。我们发现的矩阵与已知的一致序列一致,可以将公认的LexA结合位点与其他DNA序列区分开来。

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