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.2011年11月4日;10(11):5264-71.
doi:10.1021/pr2007736。 Epub 2011年10月3日。

档案子宫内膜癌组织蛋白质组学样品制备和分析工作流程的标准化

附属公司

存档子宫内膜癌组织蛋白质组学样品制备和分析工作流程的标准化

Addie Alkhas公司等。 蛋白组学研究杂志. .

摘要

本研究的目的是建立基于质谱(MS)的激光显微切割(LMD)福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)子宫组织蛋白质组分析的标准操作程序。对乳腺癌1型易感蛋白免疫染色的大型子宫内膜癌组织微阵列进行高分辨率生物图像分析,可以精确计数细胞,以确定子宫内膜癌的平均细胞数为600个/nL。我们试图描述LMD收集的不同体积组织中的肽回收率,并使用本方法进行处理/消化。我们观察到,随着解剖组织体积的增加,肽回收量几乎呈线性增加。基质和恶性上皮的肽回收率几乎没有明显差异,日常回收率也没有明显差异。该方法可重复产生每nL子宫内膜组织100 ng消化肽,或约25 pg肽/子宫内膜癌细胞。液相色谱(LC)-MS/MS实验评估了色谱柱上总肽负载量对用本方法制备的FFPE组织消化液中识别的肽和蛋白质总数的影响,结果表明,识别的肽总数明显增加,高达1000 ng,超过该阈值,观察到收益递减。此外,我们从低容量LMD样品的等效肽量分析中未观察到对肽识别率的影响。这些结果表明,这种单管采集-注射蛋白质组学(CTIP)工作流程代表了一种简单、可扩展且高度可靠的样品制备方法,能够对活检或手术组织进行高通量LMD-MS分析。

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