DNA methylation detection: bisulfite genomic sequencing analysis

doi:10.1007/978-1-61779-316-5_2

.2011:791:11-21.

doi:10.1007/978-1-61779-316-52。

DNA甲基化检测：亚硫酸氢盐基因组测序分析

李媛媛¹, Trygve O Tollefsbol公司

附属公司

PMID： 21913068
预防性维修识别码： PMC3233226型
内政部： 10.1007/978-1-61779-316-5_2

DNA甲基化检测：亚硫酸氢盐基因组测序分析

李媛媛等。摩尔生物法. 2011.

.2011:791:11-21.

doi:10.1007/978-1-61779-316-5_2。

作者

李媛媛¹, Trygve O Tollefsbol公司

附属

¹美国亚拉巴马州伯明翰阿拉巴马大学生物系。

PMID： 21913068
预防性维修识别码： PMC3233226型
内政部： 10.1007/978-1-61779-316-5_2

摘要

DNA甲基化通常发生在CpG二核苷酸内胞嘧啶的C5位置，在基因表达、胚胎发育、细胞增殖、分化和染色体稳定性等许多生物学过程中起着关键作用。异常的DNA甲基化通常与DNA稳态的丧失和基因组不稳定有关，从而导致人类疾病的发展，如癌症。DNA甲基化的重要性迫切需要高灵敏度和可靠性的有效方法来探索创新的诊断和治疗策略。Frommer及其同事开发的亚硫酸氢钠基因组测序被认为是基于亚硫酸氢钠转化基因组DNA的DNA甲基化分析的一场革命。除了亚硫酸氢盐基因组测序方法的各种优点（如高度定性和定量）外，它还是许多衍生方法的基本原理，以更好地解释DNA甲基化的奥秘。在这里，我们介绍了一个目前在我们实验室中经常使用的协议，该协议已被证明能够产生最佳结果。我们还讨论了该领域中各种应用程序的潜在技术问题和故障排除说明。

PubMed免责声明

数字

图1
亚硫酸氢盐基因组测序甲基化分析原理。用亚硫酸氢钠处理后，未甲基化的胞嘧啶残基转化为尿嘧啶，而5-甲基胞嘧啶（5mC）未受影响。PCR扩增后，尿嘧啶残基转化为胸腺嘧啶。DNA甲基化状态可以通过直接PCR测序或克隆测序来确定。

图2
甲基化测序结果的解释。亚硫酸氢盐处理后，所有非甲基化胞嘧啶（C）都转化为胸腺嘧啶（T），C峰的存在表明基因组中存在5mC。单个残基的总甲基化或完全转化显示出一个单峰。C峰和T峰的存在表明部分甲基化或潜在的亚硫酸氢转化不完全。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

利用甲基化特异性和亚硫酸氢盐测序聚合酶链反应研究基因组甲基化状态。
马萨诸塞州Carless。马萨诸塞州Carless。方法分子生物学。2015;1288:193-212. doi:10.1007/978-1-4939-2474-5_11。方法分子生物学。2015 PMID：25827881
通过亚硫酸氢盐基因组测序分析DNA甲基化：问题和解决方案。
Liu L、Wylie RC、Hansen NJ、Andrews LG、Tollefsbol TO。刘磊等。方法分子生物学。2004;287:169-79. doi:10.1385/1-59259-828-5:169。方法分子生物学。2004 PMID：15273411
利用甲基化特异性和亚硫酸氢盐测序聚合酶链反应研究基因组甲基化状态。
Carless M。 Carless M。方法分子生物学。2009;523:217-34. doi:10.1007/978-1-59745-190-115。方法分子生物学。2009. PMID：19381936
通过靶向亚硫酸氢盐测序分析癌症甲基组。
Lee EJ、Luo J、Wilson JM、Shi H。 Lee EJ等人。癌症快报。2013年11月1日；340(2):171-8. doi:10.1016/j.canlet.2012.10.040。Epub 2012年11月28日。癌症快报。2013 PMID：23200671 免费PMC文章。审查。
通过二硫化物转化进行CpG甲基化阵列分析的方法。
Leti F、Llaci L、Malenica I、DiStefano JK。 Leti F等人。方法分子生物学。2018;1706:233-254. doi:10.1007/978-1-4939-7471-913。方法分子生物学。2018 PMID：29423802 免费PMC文章。审查。

查看所有类似文章

引用人

血液DNA甲基化检测用于结直肠癌早期检测的进展：一项系统更新综述。
Khabbazpour M、Tat M、Karbasi A、Abyazi MA、Khodadoustan G、Heidary Z、Zaki-Dazaji M。 Khabbazpour M等人。胃肠肝病床。2024;17(3):225-240. doi:10.22037/ghfbb.v17i3.2978。胃肠肝病床。2024 PMID：39308542 免费PMC文章。审查。
G-四倍体的第一个胚胎景观与肌发生有关。
郭磊、黄伟、文Q、张S、Bordbar F、肖Z、聂Q。郭磊等。 BMC生物。2024年9月11日；22(1):194. doi:10.1186/s12915-024-01993-z。 BMC生物。2024 PMID：39256800 免费PMC文章。
DeepBAM：用于牛津纳米孔测序的高精度单分子CpG甲基化检测工具。
白X，姚HC，吴B，刘LR，丁YY，肖CL。 Bai X等人。简要生物信息。2024年7月25日；25（5）：bbae413。doi:10.1093/bib/bbae413。简要生物信息。2024 PMID：39177264 免费PMC文章。
Omics方法在哮喘研究中的应用：挑战与机遇。
Yue M、Tao S、Gaietto K、Chen W。 Yue M等人。 Chin Med J Pulm Crit Care Med.2024年3月2日；2(1):1-9. doi:10.1016/j.pccm.2024.02.002。电子收款2024年3月。 Chin Med J Pulmo Crit Care Med.2024年。 PMID：39170962 免费PMC文章。审查。
流感疫苗接种的反应与DNA甲基化驱动的T细胞天然抗病毒途径的调节有关。
Fu H、Pickering H、Rubbi L、Ross TM、Zhou W、Reed EF、Pellegrini M。 Fu H等。临床表观遗传学。2024年8月21日；16(1):114. doi:10.1186/s13148-024-01730-x。临床表观遗传学。2024 PMID：39169387 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. 伯德A.对表观遗传学的认识。自然。2007;447:396–398.-公共医学
1. Li E.哺乳动物发育中的染色质修饰和表观遗传学重编程。《遗传学自然评论》。2002;3:662–673.-公共医学
1. Robertson KD，Wolffe AP。健康和疾病中的DNA甲基化。《遗传学自然评论》。2000;1:11–19.-公共医学
1. 鸟AP。富含CpG的岛屿和DNA甲基化的功能。自然。1986;321:209–213.-公共医学
1. Jones PA，Baylin SB。表观遗传事件在癌症中的基本作用。《遗传学自然评论》。2002;3:415–428.-公共医学

出版物类型

行动
行动

物质

行动
行动
行动

赠款和资金

LinkOut-更多资源

[1] 伯德A.对表观遗传学的认识。自然。2007;447:396–398.-公共医学

[2] 伯德A.对表观遗传学的认识。自然。2007;447:396–398.-公共医学

[3] Li E.哺乳动物发育中的染色质修饰和表观遗传学重编程。《遗传学自然评论》。2002;3:662–673.-公共医学

[4] Li E.哺乳动物发育中的染色质修饰和表观遗传学重编程。《遗传学自然评论》。2002;3:662–673.-公共医学

[5] Robertson KD，Wolffe AP。健康和疾病中的DNA甲基化。《遗传学自然评论》。2000;1:11–19.-公共医学

[6] Robertson KD，Wolffe AP。健康和疾病中的DNA甲基化。《遗传学自然评论》。2000;1:11–19.-公共医学

[7] 鸟AP。富含CpG的岛屿和DNA甲基化的功能。自然。1986;321:209–213.-公共医学

[8] 鸟AP。富含CpG的岛屿和DNA甲基化的功能。自然。1986;321:209–213.-公共医学

[9] Jones PA，Baylin SB。表观遗传事件在癌症中的基本作用。《遗传学自然评论》。2002;3:415–428.-公共医学

[10] Jones PA，Baylin SB。表观遗传事件在癌症中的基本作用。《遗传学自然评论》。2002;3:415–428.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

DNA甲基化检测：亚硫酸氢盐基因组测序分析

附属

DNA甲基化检测：亚硫酸氢盐基因组测序分析

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

其他

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

其他