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。2011年4月；7（4）：e1001378。
doi:10.1371/journal.pgen.1001378。 Epub 2011年4月21日。

滤泡性淋巴瘤的GWAS显示6p21.32的等位基因异质性，并提示与弥漫性大B细胞淋巴瘤有共同的遗传易感性

卡琳·E·斯梅德比 1, 贾妮芙, 克里斯汀·夫·斯基博拉, 哈特夫·达拉比, 露西娅·康德, 亨利克·哈格利姆, 维克兰·库马尔, 艾伦·T·张, 纳撒尼尔·罗斯曼, 詹姆斯·塞尔汗, 安吉拉·布鲁克斯·威尔逊, 埃米尔·伦伯格, 伊沙克·D·伊尔万, 拉尔斯·P·莱德, 彼得·布朗, 佩奇·M·布拉奇, 卢斯·阿加纳, 雅克·里比, 温迪·科赞, 斯科特·戴维斯, 帕特里夏·哈奇, 林赛·莫顿, 理查德·克塞弗森, 索菲亚·S·王, 苏珊·L·斯莱格, 扎卡里·弗雷德里克森, 安妮·J·诺瓦克, 尼尔·E·凯, 托马斯·哈伯曼, 布鲁斯·阿姆斯特朗, 安妮·克里克, 萨姆·米利肯, Mark P普渡, 克莱尔·M·瓦迪奇, 彼得·博伊尔, 青兰, Shelia H Zahm女士, 张亚伟, 童章正, 斯蒂芬·利奇, 约翰·J·斯皮内利, 马丁·史密斯, 斯蒂芬·查诺克, 列奥尼德·帕德尤科夫, 拉尔斯·阿尔弗雷德森, 拉尔斯·克拉雷斯科, 本特·格利米利乌斯, 麦德斯·梅尔拜, 爱迪生·T·刘, 汉斯·奥洛夫·阿达米, 基思·汉弗莱斯, 刘建军
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滤泡性淋巴瘤的GWAS显示6p21.32的等位基因异质性，并提示与弥漫性大B细胞淋巴瘤有共同的遗传易感性

卡琳·E·斯梅德比等。 公共科学图书馆-基因。 2011年4月。

摘要

非霍奇金淋巴瘤（NHL）是一组血液系统恶性肿瘤，其中滤泡性淋巴瘤（FL）是一种常见的亚型。此前的一项全基因组关联研究在6p21.32的人类白细胞抗原（HLA）II类区域建立了一个标记rs10484561，该标记与FL风险增加相关。这里，在一项三阶段全基因组关联研究中，从379例FL病例和791例对照组的全基因组扫描开始，然后在1049例和5790例对照组中进行验证，我们在6p21.32上确定了第二个独立的FL相关基因座，rs2647012（OR（组合）=0.64，P（组合）=2×10（-21）），位于rs10484561（r（2）962 bp处<0.1（在对照组中）。在相互调整后，这两个SNP的相关性在全基因组范围内保持显著（rs2647012:OR（调整）=0.70，P（调整）=4×10（-12）；rs10484561:OR（调整后）=1.64，P（调整后）=5×10（-15））。单倍型和结合分析表明，rs2647012产生于一个进化上不同于rs10484561的单倍型，并标记了一个新的等位基因，该等位基因对FL风险具有相反（保护）作用。此外，在对4449例其他NHL亚型患者中前6位FL相关SNP的随访分析中，rs10484561与弥漫性大B细胞淋巴瘤的风险相关（OR（组合）=1.36，P（组合）=1.4×10（-7））。我们的研究结果揭示了HLA II类区域内存在的影响FL易感性的等位基因异质性，并表明弥漫性大B细胞淋巴瘤可能存在共同的遗传病因。这些发现表明HLAⅡ类区域在NHL中起着复杂但重要的作用。

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数字

图1
图1。三阶段研究设计的示意图。
贡献研究总结和每个病例/对照的样本数量状态。缩写：FL：滤泡性淋巴瘤，NHL：非霍奇金淋巴瘤，DLBCL：弥漫性大B细胞淋巴瘤，CLL/SLL：慢性淋巴细胞性白血病/小淋巴细胞淋巴瘤，SNP：单核苷酸多态性，GWAS：全基因组关联研究，SCALE：斯堪的纳维亚淋巴瘤病因，旧金山：不列颠哥伦比亚省，NCI-SEER：国家癌症新南威尔士州机构监测、流行病学和最终结果，耶鲁：耶鲁大学，梅奥：梅奥诊所。数量的完整列表每项研究中的其他NHL亚型详见表第1章。
图2
图2。重组图显示第1阶段6p21.32中的关联。
图显示了第一阶段的关联模式，重组率（构建36，HapMap CEU）和位于该区域的基因。两个SNP显示标记独立关联及其各自的P值（蓝色：rs2647012，绿色：rs10484561）；其他SNP根据其颜色编码带有rs2647012的LD（红色r2>0.8，橙色0.5–0.8，灰色0.2–0.5，白色<0.2）。
图3
图3。与FL风险相关的主要森林地块。
显示各研究中相关性的森林图（OR和P值）rs2647012调整前（P异质性=0.32）和rs2647012（P异质性 = 0.67）和rs10484561（P异质性 = 0.54）相互后调整。平方表示优势比，大小与荟萃分析中研究的权重。缩写：CI：信心间隔，SCALE：斯堪的纳维亚淋巴瘤病因，SF：旧金山，BC：不列颠哥伦比亚省NCI：国家癌症研究所-监测，流行病学和最终结果，新南威尔士州：新南威尔士州，耶鲁大学：耶鲁大学，马约：梅奥诊所。
图4
图4。rs2647012和rs10484561的聚合分析。
使用七个SNP构建的单倍型中间连接网络（表S9）。圆圈代表单倍型，其面积与其面积成正比频率。SNP显示在链接上（黑线）。单核苷酸多态性和单倍型与FL风险增加或降低相关的标记为红色或蓝色，分别是。输入SNP rs9378212（C/T）的等位基因百分比每个单倍型上的阶段以粗体显示。
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