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.2011年6月1日;27(11):1571-2.
doi:10.1093/bioinformatics/btr167。 Epub 2011年4月14日。

Bismark:一种适用于亚硫酸氢盐-Seq应用的灵活对准器和甲基化调用者

附属公司

Bismark:一种适用于亚硫酸氢盐-Seq应用的灵活对准器和甲基化调用者

费利克斯·克鲁格等。 生物信息学. .

摘要

总结:DNA亚硫酸氢钠处理和高通量测序(BS-Seq)的结合可以通过以单碱基分辨率显示全基因组胞嘧啶甲基化来捕捉细胞表观基因组状态的快照。Bismark是一种灵活的工具,用于对BS-Seq数据进行高效的时间分析,它可以在一个方便的步骤中执行读取映射和甲基化调用。它的输出区分CpG、CHG和CHH上下文中的胞嘧啶,并使实验室科学家能够在测序完成后很快可视化和解释其甲基化数据。

可用性和实施:Bismark是根据GNU GPLv3+许可证发布的。源代码可从www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/bismark/免费获得。

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数字

图1。
图1。
Bismark的亚硫酸氢盐映射和甲基化调用方法。(A类)BS-Seq实验的读数被转换为C-to-T和G-to-a版本,然后与等效转换版本的参考基因组进行比对。然后,通过四个平行对准过程确定唯一的最佳对准[在本例中,最佳对准没有失配,来自螺纹(1)]。(B类)通过将读取的序列与相应的基因组序列进行比较来确定涉及胞嘧啶的位置的甲基化状态。根据链的不同,与此对应的读取映射可能涉及到查找C-to-T(如图所示)或G-to-a替换。

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引用人

工具书类

    1. Chen P.Y.等。BS Seeker:亚硫酸氢盐测序的精确映射。BMC生物信息学。2010;11:203.-项目管理咨询公司-公共医学
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