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.2011年11月；12(6):723-35.
doi:10.1093/bib/bbr002。 Epub 2011年2月17日。

基因本体论的内容、位置、方式和原因——生物信息学家的入门

路易斯·杜普莱西斯 1, 尼夫·斯卡纳, 克里斯托夫·德斯莫斯
附属公司

基因本体论的内容、位置、方式和原因——生物信息学家的入门

路易斯·杜普莱西斯等。 生物信息简介. 2011年11月.

摘要

随着高通量技术提供大量数据，提供系统、高质量的注释变得更加重要。基因本体（GO）项目是编目基因功能的最大资源。尽管如此，它的使用还不是无处不在，而且仍然充满了陷阱。在这篇综述中，我们为生物信息学家提供了GO的简短引物。我们总结了本体结构的重要方面，描述了功能注释的来源和类型，调查了GO注释相似性的度量，回顾了GO的典型用法，并讨论了与GO在生物信息学应用中的使用相关的其他重要考虑因素。

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数字

图1：
图1：
2002年9月至2010年9月期间，各生物体可用的实验验证GO术语分配数量增加。GO联盟最初关注的是真核生物，GO数据库中可用注释的分布和增加反映了这一事实。例如，对比实验验证的注释的稳定增长拟南芥,酿酒酵母或小M实验验证的注释数量急剧增加大肠杆菌：从2002年的33人增至2010年的1852人。
图2：
图2：
GO:0060491项到其根项的一些路径说明了GO的结构。请注意，一个术语可能有多个父项。
图3：
图3：
GO证据代码及其缩写。证据代码NR（未记录）用于在使用证据代码之前分配的注释，不分配给新注释。
图4：
图4：
用于决定使用哪个证据代码的决策树。图改编自http://www.geneontology.org/GO.evidence.tree.shtml.
图5：
图5：
2010年4月1日，GO注释中的证据代码分布。
图6：
图6：
自2008年9月起，估算计算推断GO项（IEA）的正确性和覆盖范围。该估计基于四种注释良好的真核生物的数据：拟南芥,秀丽线虫,黑腹果蝇和酿酒酵母确认的预测是那些2008年IEA注释，这些注释在2010年9月的注释文件中“升级”为实验证据代码之一（EXP、IMP、IGI、IPI、IDA、IEP）。被拒绝的预测是国际能源署2008年的注释，后来被删除。这个X（X）-轴是完整性的度量（“重述”）。它代表了在2008年至2010年期间添加的经过实验验证注释的基因的一部分，这些注释在2008年IEA注释文件中得到了正确预测。这个Y（Y）-轴是正确性（“精度”）的度量。它代表了2008年具有IEA注释的基因的比例，后来通过实验验证的注释进行了确认（在2008-2010年期间）。每个气泡的大小反映了使用实验证据代码分配的注释中各个GO项的频率，是该项普遍性的替代：气泡越大，GO实验注释中使用的术语越丰富。为了最大限度地减少估算误差，图中包含的术语至少有五个经确认的2008年IEA注释和五个被拒绝的IEA注释，因此产生了72个BP术语、85个MF术语和37个CC术语。包含注释的文件从GOA数据库中下载[14]。
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    1. Bodenreider O，Stevens R.生物进化论：当前趋势和未来方向。简要生物信息。2006;7(3):256–74.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. IUBMB。酶命名法。1992年，圣地亚哥学术出版社。
    1. Ashburner M、Ball CA、Blake JA等。基因本体：生物学统一的工具。基因本体联盟。自然遗传学。2000;25(1):25–9.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Smith B、Ashburner M、Rosse C等人，《海外建筑运营管理局铸造：本体论的协调进化以支持生物医学数据集成》。国家生物技术。2007;25(11):1251.-项目管理咨询公司-公共医学
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