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摘要

前列腺癌是美国男性癌症死亡的第二大常见原因。然而，前列腺癌基因组变化的全部特征尚不完全。在这里，我们展示了七种原发性前列腺癌及其配对正常前列腺癌的完整序列。一些肿瘤包含发生在已知癌症基因内部或附近的平衡（即“复制-中性”）重排的复杂链。在ETS基因融合TMPRSS2-ERG的背景下，重排断点在开放染色质、雄激素受体和ERG DNA结合位点附近富集，但与缺乏ETS融合的肿瘤中的这些区域呈负相关。这一观察表明染色质或转录调控与基因组畸变的发生之间存在联系。三个肿瘤包含破坏CADM2的重排，四个包含破坏PTEN（不平衡事件）（前列腺肿瘤抑制因子）或MAGI2（平衡事件）的事件，MAGI2是一种PTEN相互作用蛋白，以前与前列腺肿瘤发生无关。因此，基因组重排可能由转录或染色质异常引起，并与前列腺肿瘤发生机制有关。

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图1
图1
7种前列腺癌基因组的图形表示。每个Circos图描绘了外环中的基因组位置和内环中的染色体拷贝数（红色=拷贝增加；蓝色=拷贝丢失）。染色体间易位和染色体内重排分别以紫色和绿色显示。基因组是根据存在（顶行）或不存在（底行）TMPRSS2型-ERG公司基因融合。
图2
图2
前列腺癌的复杂结构重排。（a）染色体断裂和重新连接的“闭合链”模式示意图。在一组基因座（左）中诱导断裂，然后在不丢失染色体材料的情况下交换自由端（中），导致观察到的平衡（拷贝中性）易位模式涉及一组闭合的断裂点（右）。（b）前列腺PR-1701的复杂重排。TMPRSS2型-ERG公司由1号染色体和21号染色体上的4个基因座组成的平衡重排的闭合四重奏产生。顶部：每个重排都由肿瘤基因组中不一致的读对支持，而不是正常基因组（用蓝线连接的彩条）。细条表示序列读取；方向性表示参考基因组上的映射方向。数据基于综合基因组查看器(http://www.broadinstitute.org/igv).底部：断点和平衡易位示意图。阴影线表示在融合连接处衍生染色体中重复的序列。（c）前列腺PR-2832的复杂重排涉及9个不同基因组位点的断点和融合。阴影线表示在融合连接处衍生染色体中重复或删除的序列。对于基因间区域的断点，显示了每个方向上最近的基因。除了涉及的区域数量之多外，这种复杂的重排还因癌症相关基因中或附近的断点丰富而引人注目，例如TBK1型,MAP2K4（地图2K4）,TP53型、和ABL1公司.
图3
图3
前列腺癌中重排断点与全基因组转录/组蛋白标记之间的关系。ChIP-Seq结合峰是之前为TMPRSS2型-ERG公司阳性（ERG+）前列腺癌细胞株VCaP。对于每个基因组，相对于覆盖率匹配的模拟背景，确定每组结合峰50 kb内的断点富集（参见方法）。ERG+前列腺肿瘤呈黑色；ETS阴性前列腺肿瘤呈白色。富集显示为观察到的断点率与每个指示的ChIP-Seq峰组附近的背景率之比。ETS阴性肿瘤中的重排在活性转录标记（AR、ERG、H3K4me3、H3K36me3、Pol II和H3ace）附近缺失，在封闭染色质标记（H3K27me3）附近富集。根据二项分布计算P值，并显示在补充图S5和补充表6中。通过5%假发现率临界值的重要关联用星号标记。
图4
图4
中断CADM2公司和PTEN公司通过重排途径。（a）基因内断点的位置镉2.（b） CADM2公司FISH在一个独立的前列腺肿瘤中显示的break-part。（c）基因内断点的位置PTEN公司（顶部）和MAGI2公司（底部）。（d） MAGI2公司FISH在一个独立前列腺肿瘤中使用侧翼探针显示倒置MAGI2公司（红色和绿色）和外参考探针也位于染色体7q（绿色）上。FISH检测新重排的探针和策略如补充图S8所示。
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    1. Tomlins SA等。前列腺癌中TMPRSS2和ETS转录因子基因的反复融合。科学。2005年；310:644–648.-公共医学
    1. Tomlins SA等。不同类别的染色体重排在前列腺癌中产生致癌ETS基因融合。自然。2007;448:595–599.-公共医学
    1. Helgeson BE等。前列腺癌中TMPRSS2:ETV5和SLC45A3:ETV5基因融合的特征。癌症研究2008；68:73–80.-公共医学
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