EMT is the dominant program in human colon cancer

doi:10.1186/1755-8794-4-9

比较研究

.2011年1月20:4:9。

doi:10.1186/1755-8794-4-9。

EMT是人类结肠癌的主要治疗方案

安德烈·洛波达¹, 迈克尔·V·内伯金, 詹姆斯·沃特斯, 卡罗琳·A·巴斯尔, 彼得·马丁·肖, 珍珠·S·黄, 劳拉·范特维尔, Rob A E M Tollenaar公司, 大卫·B·杰克逊, 迪帕克·阿格拉瓦尔, 戴鸿岳, 蒂莫西·叶特曼

附属公司

PMID： 21251323
预防性维修识别码：项目经理3032646
内政部： 10.1186/1755-8794-4-9

比较研究

EMT是人类结肠癌的主要治疗方案

安德烈·洛波达等。 BMC医学基因组学. 2011.

.2011年1月20:4:9。

doi:10.1186/1755-8794-4-9。

作者

附属

¹默克、夏普和多姆，西点军校，宾夕法尼亚州19486，美国。

PMID： 21251323
预防性维修识别码：项目经理3032646
内政部： 10.1186/1755-8794-4-9

摘要

背景：结肠癌的临床病理特征已被经典地描述为只有在手术切除和分期后才能预测结果。

方法：我们对326例结肠癌的微阵列数据进行了无监督分析，以确定最可变基因集的第一主成分（PC1）。PC1破译了两种预测疾病进展和复发的结肠癌的主要内在分子亚型。

结果：在这里，我们报告了结肠癌（PC1）固有基因表达的最主要模式与EMT特征紧密相关（Pearson R=0.92，P<10（-135）），无论是在基因身份还是方向性方面。在全球micro-RNA筛选中，我们进一步确定了PC1最具抗相关性的microRNA为MiR200，已知其可调节EMT。

结论：这些数据表明，通过综合转录组分析，阐明了支持人类结肠癌天然分子分类的生物学基础——以前被认为是高度异质的。

PubMed免责声明

数字

图1
**人类结直肠癌的内在分子分层**.无监督通过对来自结直肠癌病例的全球基因表达数据进行分析和层次聚类，确定了两个主要的“固有”亚类（青色和品红色），这两个亚类由最可变基因的第一主成分（PC1）区分。这两个关键的本地亚型在（a）莫菲特癌症中心（MCC）数据集（n=326）和（b）EXPO数据集（n=269）中都得到了明确的识别。后来发现PC1与来源于细胞系的EMT信号密切相关，为两个数据集中这两个内在类别的生物学基础提供了解释。PC1明确区分了两个亚类，随后被确定为上皮和间叶。在面板（a）和（b）上，均显示了以平均值为中心的探针强度，并使用基于皮尔逊相关的距离和沃德链接对探针进行聚类。此外，行表示样本，列表示数组探测。面板（c）显示了莫菲特癌症中心数据集上EMT特征得分和PC1（第一主成分得分）的散点图。面板（D）显示了93个肺癌细胞系中波形蛋白（VIM）和E-cadherin探针的探针强度之间的散点图。显示上皮样表型的细胞系以绿色显示；那些表现出间充质样表型的显示为红色。

图2
**通过文本挖掘方法评估的前100个基因的层次聚类分析与EMT程序密切相关，如PC1分类的326个MCC结肠肿瘤所示**100个基因集包含单个基因（CDH1、CLDN9、FGFR1、FN1、TWIST 1&2、AXL、VIM）以及基因特征（PC1、EMT、TGFbeta、增殖、MYC和RAS），这些基因在间叶肿瘤中上调（以洋红色显示），在上皮肿瘤中上调。相关基因签名的名称以黑色显示。样本（行）按PC1排序。利用皮尔逊相关和沃德连锁对基因（列）进行聚类。热图显示以平均值为中心的探针强度。

图3
**49例结直肠癌的microRNA分析（~700）与PC1/EMT的相关性表明MiR200家族与PC1/EMT呈强负相关（上部图）**。Mir 200家族与抑制EMT（促进上皮表型）通过抑制已知的CDH1转录抑制因子Zeb 1和2。瀑布图显示，MiR 200过度表达与上皮性肿瘤多于间叶性肿瘤相关，MiR 200表达不足与上皮性癌少于间叶性癌相关（图较低）。

图4
**协方差矩阵显示PC1与疾病复发的相关性**（a）尽管PC1是通过非监督方法开发的，但似乎与EMT、疾病复发、疾病进展和分化状态密切相关，但与腺瘤与癌、MSI状态或粘液性与非粘液性癌相关的基因特征无关。此外，PC1与RAS、MYC、增殖和结肠侧化呈反相关。PC1在MCC数据集（b）以及两个独立测试集中区分预后良好和较差的患者：（c）荷兰癌症研究所（NKI，#13）（L.V.V.）和（d）Lin等人数据集[21]。

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