Comprehensive polyadenylation site maps in yeast and human reveal pervasive alternative polyadenylation

doi:10.1016/j.cell.2010.11.020

.2010年12月10日；143(6):1018-29.

doi:10.1016/j.cell.2010.11.020。

酵母和人类中的综合多聚腺苷酸化位点图揭示了普遍存在的替代性多聚腺苷酸化

法提赫·奥兹索拉克¹, 菲利普·卡普兰诺夫, 西尔万·福萨克, Sang Woo Kim先生, Elane Fishilevich公司, 保拉·莫纳根, 比诺·约翰, 帕特里斯·米洛斯

附属公司

PMID： 21145465
预防性维修识别码： PMC3022516
内政部： 2016年10月10日/j.cell.2010.11.020

酵母和人类中全面的多聚腺苷酸化位点图揭示了普遍存在的替代多聚腺苷酸化

法提赫·奥兹索拉克等。单元格. 2010.

.2010年12月10日；143(6):1018-29.

doi:10.1016/j.cell.2010.11.020。

作者

法提赫·奥兹索拉克¹, 菲利普·卡普兰诺夫, 西尔万·福萨克, Sang Woo Kim先生, Elane Fishilevich公司, Paula Monaghan女士, 比诺·约翰, 帕特里斯·米洛斯

附属

¹美国马萨诸塞州剑桥市Helicos生物科学公司，邮编：02139。fatihozsolak@gmail.com

PMID： 21145465
预防性维修识别码： PMC3022516
内政部： 2016年10月10日/j.cell.2010.11.020

摘要

关于多聚腺苷酸化和疾病状态之间联系的新发现强调了全面描述全基因组多聚腺苷酸化状态的必要性。在这里，我们报告了利用直接RNA测序技术的改进在人类和酵母中生成的全球多聚腺苷化事件的综合图。这种直接方法以股特异性的方式提供了全基因组多聚腺苷酸化状态的定量视图，并且只需要等摩尔RNA数量。多聚腺苷酸化谱显示了大量未标记的多聚腺苷酸化位点、替代性多聚腺甙化模式和调控元件相关的多（A）（+）RNA。我们观察到围绕人类多聚腺苷酸化典型位点和非典型位点的序列组成差异，提示人类中新的非编码RNA特异性多聚腺苷酸化机制。此外，我们观察到正、反义转录物之间的相关性水平取决于基因表达水平，支持来自相反链的重叠转录可能发挥调节作用的观点。我们的数据提供了多聚腺苷酸化状态和重叠转录的综合观点。

PubMed免责声明

数字

**图1。酵母（A，B）和人（C，D）中多聚腺苷酸化位点的检测**
**（A）**蓝色和黑色面板分别显示从+和−方向的抄本中发出的DRS读数。蓝色面板中的主峰对应于之前使用3′RACE-PCR确定的HIS3（Mahadevan等人，1997）位置722690、722692、722695、722710、722716、722718、722723、722726、722746、722750、722752、722775和722777处的13个聚腺苷化位点。**（B）**面板A视图中的缩放。Y轴的比例从0-300减小到0-50。X轴的刻度从722500–722900减小到722660–722–740。Nagalakshmi识别的所有“结束标签”等。在该区域中也显示（这些标签的y轴的刻度为0-5）。箭头标记Mahadevan确定的地点等。在所示的区域中。**（C、D）**概述（B）和读物的放大视图（C）映射到UGT2B4 3′注释端。面板C中有多个潜在的多聚腺苷化位点（另请参见图S2和表S1）。

**图2。酵母和人多聚腺苷酸化位点的特征**
面板A和B中的Y轴表示DRS读数相对于酵母ORF注释的3′端以x距离对齐的分数（以10 bps为单位）**（A）**和人类UCSC基因的注释3′端**（B）**.添加2（C）和BBOX1（D）人类肝脏和大脑中的多腺苷酸化位点。这两个基因的多聚腺苷酸化位点（显示为A1、A2和A3）与之前的研究结果吻合良好（Costessi等人，2006年；Rigault等人，2007年）（另请参见图S3和表S3）。

**图3。聚腺苷酸基序分析**
面板A类,C类,E类和**G公司**表明识别出的人类主题元素。TTTTTTTT（B），AWTAA公司**（D），**CCAGSCTGG公司**（F）**和RGYRYRGTGG（H）距离分布显示在各个面板中。人类类别被定义为位于已知人类基因义向注释3′端5个核苷酸内的位点（类别1），位于人类已知基因义向解释3′端的最后外显子和下游1kb内的位点，位于转录本中除第1类和第2类（第3类）、反义基因（第4类）和基因间区域（第5类）外的任何位置。在距离图中，y轴表示每个类别中x距离处相对于聚腺苷酸化位置（基位置101）的基序分数（百分比）。计算用DRS识别的多聚腺苷化位置与基序元素前第一个碱基之间的X距离。在面板B、F和H中，只显示了代表基因和基因间位点的类别3、4和5，因为这些基序中不到10%（250–350）属于类别1和2，并且数量不足，无法在图表中绘制。图S6A–C提供了所有五类人类中后三种面板的图案计数绝对数（另请参见图S4和表S5）。

**图4。人类多聚腺苷酸裂解位点周围的核苷酸组成**
图3提供了类别描述。Y轴表示x位置相对于切割位置的核苷酸组成（百分比）（在碱基位置101）。深蓝色（菱形）、蓝色（矩形）、绿色（三角形）和红色（十字）线分别表示T、G、C和A核苷酸。C3-5中的聚腺苷酸化位置与C1-2中的不同，并且在聚腺苷酸化裂解位置上游40-50 nts处的T和A含量升高（另请参见图S5和表S6）。

**图5。酵母EE（TAYRTA）基序在人类类别中的距离分布**
Y轴表示每个类别中x距离处相对于解理位置（基位置101）的基序分数（百分比）。计算用DRS识别的解理位置与基序元素前的第一个碱基之间的X距离。图3图例中提供了人类类别描述。人类类别3、4和5（而非类别1和2）中紧邻卵裂位点上游的EE基序的富集与图4所示的上游人类T富集模式平行（另见图S6）。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

E2F在增殖过程中介导增强的选择性聚腺苷酸化。
Elkon R、Drost J、van Haaften G、Jenal M、Schrier M、Oude Vrielink JA、Agami R。 Elkon R等人。基因组生物学。2012年7月2日；13（7）：R59。doi:10.1186/gb-2012-13-7-r59。基因组生物学。2012. PMID：22747694 免费PMC文章。
PAT-Seq：一种同时定量酵母转录体中基因表达、Poly（A）位点选择和Poly（A）长度分布的方法。
Swaminathan A、Harrison PF、Preiss T、Beilharz TH。 Swaminathan A等人。方法摩尔生物学。2019;2049:141-164. doi:10.1007/978-1-4939-9736-79。方法摩尔生物学。2019 PMID：31602610
一种有效的全基因组多聚腺苷化位点定位和RNA定量方法。
Wilkening S、Pelechano V、Järvelin AI、Tekkedil MM、Anders S、Benes V、Steinmetz LM。 Wilkening S等人。《核酸研究》，2013年3月1日；41（5）：e65。doi:10.1093/nar/gks1249。Epub 2013年1月7日。 2013年核酸研究。 PMID：23295673 免费PMC文章。
[经典和非经典RNA聚腺苷酸化]。
Ustyantsev IG、Golubchikova JS、Borodulina OR、Kramerov DA。 Ustyantsev IG等人。分子生物学（莫斯科）。2017年3月至4月；51(2):262-273. doi:10.7868/S0026898417010189。分子生物学（莫斯科）。2017 PMID：28537233 审查。俄语。
RNA测序：从基于标签的分析到解析完整的转录物结构。
de Klerk E，den Dunnen JT，t Hoen PA。 de Klerk E等人。细胞分子生命科学。2014年9月；71(18):3537-51. doi:10.1007/s00018-014-1637-9。Epub 2014年5月15日。细胞分子生命科学。2014 PMID：24827995 免费PMC文章。审查。

查看所有类似文章

引用人

使用深度学习描述酵母裂解和多聚腺苷化信号。
斯特罗普·EK，季Z。 Stroup EK等人。基因组研究，2024年8月20日；34(7):1066-1080. doi:10.1101/gr.278606.123。基因组研究2024。 PMID：38914436
染色质通过RNA聚合酶II延伸率调节选择性聚腺苷化。
Geisberg合资公司，Moqtaderi Z，Struhl K。 Geisberg JV等。美国国家科学院院刊2024年5月21日；121（21）：e2405827121。doi:10.1073/pnas.2405827121。Epub 2024年5月15日。美国国家科学院院刊，2024年。 PMID：38748572
Paf1C在伸长、剪接和组蛋白翻译后修饰中的多种直接和间接作用。
Francette AM，Arndt KM公司。 Francette AM等人。 bioRxiv[预印本]。2024年4月25日：2024.04.25.591159。doi:10.1101/2024.04.25.591159。生物Rxiv。2024 更新位置： Cell Rep.2024年9月7日；43(9):114730. doi:10.1016/j.celrep.2024.114730。 PMID：38712269 免费PMC文章。已更新。预打印。
天然反义转录物作为基因表达的多功能调节器。
沃纳（Werner）A、卡内尔（Kanhere）A、沃勒斯特特（Wahlestedt）C、马蒂克（Mattick）JS。沃纳A等人。 Nat Rev基因。2024年10月；25(10):730-744. doi:10.1038/s41576-024-00723-z。电子出版2024年4月17日。 Nat Rev基因。2024 PMID：38632496 审查。
抗癌化合物JTE-607揭示了mRNA 3'处理机制的隐藏序列特异性。
Liu L、Yu AM、Wang X、Soles LV、Teng X、Chen Y、Yoon Y、Sarkan KSK、Valdez MC、Linder J、England W、Spitale R、Yu Z、Marazzi I、Qiao F、Li W、Seelig G、Shi Y。刘磊等。自然结构分子生物学。2023年12月；30(12):1947-1957. doi:10.1038/s41594-023-01161-x.Epub 2023 12月12日。自然结构分子生物学。2023. PMID：38087090

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Andreassi C，Riccio A.定位或不定位：mRNA命运在3′UTR末端。趋势细胞生物学。2009;19:465–474.-公共医学
1. Bailey TL、Williams N、Misley C、Li WW。MEME：发现和分析DNA和蛋白质序列基序。2006年《核酸研究》；34页：W369–373。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Bennett CL、Brunkow ME、Ramsdell F、O'Briant KC、Zhu Q、Fuleihan RL、Shigeoka AO、Ochs HD、Chance PF。FOXP3基因（AAUAAA-->AAUGAA）的罕见多腺苷酸化信号突变导致IPEX综合征。免疫遗传学。2001;53:435–439.-公共医学
1. Bhat BM，Wold WS。一个远离剪接或多聚腺苷化位点的小缺失显著改变了腺病毒E3区的前mRNA处理。J维罗尔。1987;61:3938–3945.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Brais B、Bouchard JP、Xie YG、Rochefort DL、Chretien N、Tome FM、Lafreniere RG、Rommens JM、Uyama E、Nohira O等。PABP2基因中的短GCG扩增导致眼咽肌营养不良。自然遗传学。1998;18:164–167.-公共医学

出版物类型

行动
行动

物质

行动

赠款和资金

LinkOut-更多资源

[1] Andreassi C，Riccio A.定位或不定位：mRNA命运在3′UTR末端。趋势细胞生物学。2009;19:465–474.-公共医学

[2] Andreassi C，Riccio A.定位或不定位：mRNA命运在3′UTR末端。趋势细胞生物学。2009;19:465–474.-公共医学

[3] Bailey TL、Williams N、Misley C、Li WW。MEME：发现和分析DNA和蛋白质序列基序。2006年《核酸研究》；34页：W369–373。-项目管理咨询公司-公共医学

[4] Bailey TL、Williams N、Misley C、Li WW。MEME：发现和分析DNA和蛋白质序列基序。2006年《核酸研究》；34页：W369–373。-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Bennett CL、Brunkow ME、Ramsdell F、O'Briant KC、Zhu Q、Fuleihan RL、Shigeoka AO、Ochs HD、Chance PF。FOXP3基因（AAUAAA-->AAUGAA）的罕见多腺苷酸化信号突变导致IPEX综合征。免疫遗传学。2001;53:435–439.-公共医学

[6] Bennett CL、Brunkow ME、Ramsdell F、O'Briant KC、Zhu Q、Fuleihan RL、Shigeoka AO、Ochs HD、Chance PF。FOXP3基因（AAUAAA-->AAUGAA）的罕见多腺苷酸化信号突变导致IPEX综合征。免疫遗传学。2001;53:435–439.-公共医学

[7] Bhat BM，Wold WS。一个远离剪接或多聚腺苷化位点的小缺失显著改变了腺病毒E3区的前mRNA处理。J维罗尔。1987;61:3938–3945.-项目管理咨询公司-公共医学

[8] Bhat BM，Wold WS。一个远离剪接或多聚腺苷化位点的小缺失显著改变了腺病毒E3区的前mRNA处理。J维罗尔。1987;61:3938–3945.-项目管理咨询公司-公共医学

[9] Brais B、Bouchard JP、Xie YG、Rochefort DL、Chretien N、Tome FM、Lafreniere RG、Rommens JM、Uyama E、Nohira O等。PABP2基因中的短GCG扩增导致眼咽肌营养不良。自然遗传学。1998;18:164–167.-公共医学

[10] Brais B、Bouchard JP、Xie YG、Rochefort DL、Chretien N、Tome FM、Lafreniere RG、Rommens JM、Uyama E、Nohira O等。PABP2基因中的短GCG扩增导致眼咽肌营养不良。自然遗传学。1998;18:164–167.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

酵母和人类中的综合多聚腺苷酸化位点图揭示了普遍存在的替代性多聚腺苷酸化

附属

酵母和人类中全面的多聚腺苷酸化位点图揭示了普遍存在的替代多聚腺苷酸化

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

分子生物学数据库

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

分子生物学数据库