Multidrug-resistant enterococci lack CRISPR-cas

doi:10.1128/mBio.00227-10

.2010年10月12日；1（4）：e00227-10。

doi:10.1128/mBio.00227-10。

缺乏CRISPR-ca的多药耐药肠球菌

凯利·L·帕尔默¹, 迈克尔·S·吉尔摩

附属公司

PMID： 21060735
预防性维修识别码：项目经理2975353
内政部： 10.1128/mBio.00227-10

缺乏CRISPR-ca的多药耐药肠球菌

凯利·L·帕尔默等。 mBio公司. 2010.

.2010年10月12日；1（4）：e00227-10。

doi:10.1128/mBio.00227-10。

作者

凯利·L·帕尔默¹, 迈克尔·S·吉尔摩

附属

¹美国马萨诸塞州波士顿哈佛医学院眼科。

PMID： 21060735
预防性维修识别码：项目经理2975353
内政部： 10.1128/mBio.00227-10

摘要

聚集的、规则间隔的短回文重复序列（CRISPR）为细菌和古菌提供了针对质粒和噬菌体的序列特异性、获得性防御。由于流动元件构成了多药耐药肠球菌基因组的25%，因此有必要研究CRISPR和获得性抗生素耐药性在肠球菌谱系中的共分布。根据16个粪肠球菌基因组草图序列建立数据库，以确定CRISPR基因座位置和内容的共性和多态性。利用该数据集，我们能够检测到CRISPR间隔区和来自移动元件（包括信息素应答质粒和噬菌体）的序列之间的身份，这表明CRISRP通过粪肠球菌调节这些元件的流量。基于CRISPR和CRISPR-cas基因座的保守位置，以及发现了一个新的带有相关功能基因的CRISPR3-cas基因座，我们筛选了其他粪肠球菌菌株的CRISRP含量，包括使用抗生素之前的菌株。我们发现，CRISPR-cas基因座的存在与粪肠球菌获得的抗生素耐药性之间存在高度显著的负相关，对另外八个屎肠球菌基因组的检测也得出了类似的结果。已确定粪便大肠杆菌中CRISPR-cas丢失的机制。CRISPR-cas与抗生素耐药性之间的反向关系表明，抗生素的使用无意中选择了基因组防御受损的肠球菌菌株。

PubMed免责声明

数字

图1
CRISPR基因座*粪大肠杆菌*基因组草图。菌株按隔离日期排列，从最早到最近。的同源词*粪大肠杆菌*V583基因显示为灰色箭头，并带有V583 ORF赋值。CRISPR位点特异性基因显示为白色箭头，CRISPR-间隔区用黑色钻石表示。带有移动元件标识的CRISPR垫片标有星号。请注意，CRISPR重复未显示。红色矩形表示X98、E1Sol和DS5 CRISPR1中的删除-*中国科学院*基因座。“X”表示D6 CRISPR1中的移码突变-*中国科学院*OG1RF_0022对应的区域。这个*粪大肠杆菌*V583 CRISPR2基因座和OG1RF CRISPR1-*中国科学院*和CRISPR2基因座先前已有报道（17、25）。红色条和文本表示V583中存在的新DNA序列。CRISPR分析中使用的引物集标有大写字母：A，CRISPR1-*计算机辅助系统*侧翼引物；B、 CRISPR1公司-*中科院csn1*筛选引物；C、 CRISPR2筛选引物；D、 CRISPR3公司-*中国科学院*侧翼引物；E、 CRISPR3公司-*中科院csn1*筛选引物。该图形未按比例绘制。

图2
CRISPR公司-*中国科学院*并且在一个历史收集的*粪大肠杆菌*菌株。*粪大肠杆菌*菌株按分离日期从最早到最新排列。获得性抗生素耐药性以红色显示，CRISPR-*中国科学院*存在以绿色显示。抗生素耐药性（四环素[*泰特L*和*tetM公司*]，红霉素[*欧洲中期预算*]，庆大霉素[*aac6′-aph2′′*]，氯霉素[猫]，氨苄西林[*布拉兹*]和万古霉素[*货车A*和*货车B*])之前的轮廓（红色方块）（10）。一个星号表示该菌株的庆大霉素耐药是由3′-5′′-氨基糖苷磷酸转移酶引起的；双星号表示*粪大肠杆菌*基因组草图或完整序列可用的菌株。

图3
CRISPR公司-*中国科学院*分布在*粪大肠杆菌*MLST树状图。使用*粪大肠杆菌*MLST数据库（参见材料和方法）。红色菌株具有CRISPR1-*中国科学院*蓝色的人拥有CRISPR3-*中国科学院*星表示可获得基因组草图或完整序列的菌株。ST，序列类型；CC，克隆复合体。

图4
EfmCRISPR1公司-*中国科学院*基因座*屎肠杆菌*基因组草案。的同源词*屎肠杆菌*DO基因显示为灰色箭头，并带有DO ORF赋值。EfmCRISPR1公司-*中国科学院*位置特异性基因显示为白色箭头，CRISPR间隔区用黑色钻石表示。带有移动元件标识的CRISPR垫片标有星号。请注意，未显示CRISPR重复。该图形未按比例绘制。

图5
MLST、EfmCRISPR1-*计算机辅助系统*，并在*屎肠杆菌*基因组草案。获得性抗生素耐药性以红色显示，CRISPR-*中国科学院*存在以绿色显示。抗生素耐药性（四环素[*tetM公司*]，红霉素[*ermB公司*]，庆大霉素[*aac6′-aph2′′*]和万古霉素[*货车A*])、EfmCRISPR1-*中国科学院*，通过基因组分析生成ST图谱。

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1. Top J.、Willems R.、Bonten M.，2008年。CC17屎肠球菌的出现：从共生菌到医院适应菌。FEMS免疫。医学微生物学。52:297–308-公共医学
1. Werner G.、Coque T.M.、Hammerum A.M.、Hope R.、Hryniewicz W.、Johnson A.、Klare I.、Kristinsson K.G.、Leclercq R.、Lester C.H.、Lillie M.、Novais C.、Olsson Liljequist B.、Peixe L.V.、Sadowy E.、Simonsen G.S.、Top J.、Vuopio Varkila J.、Willems R.J.、Witte W.、Woodford N.2008。欧洲肠球菌中万古霉素耐药性的出现和传播。欧元。监督。13（47）：p ii=19046-公共医学
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1. Kak V.，Chow J.W.，2002年。肠球菌的获得性抗生素耐药性，第355-383页，Gilmore M.S.，肠球菌：发病机制、分子生物学和抗生素耐药性。ASM出版社，华盛顿特区
1. Weigel L.M.、Clewell D.B.、Gill S.R.、Clark N.C.、McDougal L.K.、Flannagan S.E.、Kolonay J.F.、Shetty J.、Killgore G.E.、Tenover F.C.，2003年。一株高度耐万古霉素金黄色葡萄球菌的遗传分析。科学302:1569–1571-公共医学

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[1] Top J.、Willems R.、Bonten M.，2008年。CC17屎肠球菌的出现：从共生菌到医院适应菌。FEMS免疫。医学微生物学。52:297–308-公共医学

[2] Top J.、Willems R.、Bonten M.，2008年。CC17屎肠球菌的出现：从共生菌到医院适应菌。FEMS免疫。医学微生物学。52:297–308-公共医学

[3] Werner G.、Coque T.M.、Hammerum A.M.、Hope R.、Hryniewicz W.、Johnson A.、Klare I.、Kristinsson K.G.、Leclercq R.、Lester C.H.、Lillie M.、Novais C.、Olsson Liljequist B.、Peixe L.V.、Sadowy E.、Simonsen G.S.、Top J.、Vuopio Varkila J.、Willems R.J.、Witte W.、Woodford N.2008。欧洲肠球菌中万古霉素耐药性的出现和传播。欧元。监督。13（47）：p ii=19046-公共医学

[4] Werner G.、Coque T.M.、Hammerum A.M.、Hope R.、Hryniewicz W.、Johnson A.、Klare I.、Kristinsson K.G.、Leclercq R.、Lester C.H.、Lillie M.、Novais C.、Olsson Liljequist B.、Peixe L.V.、Sadowy E.、Simonsen G.S.、Top J.、Vuopio Varkila J.、Willems R.J.、Witte W.、Woodford N.2008。欧洲肠球菌中万古霉素耐药性的出现和传播。欧元。监督。13（47）：p ii=19046-公共医学

[5] Hidron A.I.、Edwards J.R.、Patel J.、Horan T.C.、Sievert D.M.、Pollock D.A.、Fridkin S.K.，2008年。NHSN年度更新：与卫生保健相关感染相关的抗微生物病原体：2006-2007年向疾病控制和预防中心国家卫生保健安全网报告的年度数据摘要。感染。控制医院流行病。29:996–1011-公共医学

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[7] Kak V.，Chow J.W.，2002年。肠球菌的获得性抗生素耐药性，第355-383页，Gilmore M.S.，肠球菌：发病机制、分子生物学和抗生素耐药性。ASM出版社，华盛顿特区

[8] Kak V.，Chow J.W.，2002年。肠球菌的获得性抗生素耐药性，第355-383页，Gilmore M.S.，肠球菌：发病机制、分子生物学和抗生素耐药性。ASM出版社，华盛顿特区

[9] Weigel L.M.、Clewell D.B.、Gill S.R.、Clark N.C.、McDougal L.K.、Flannagan S.E.、Kolonay J.F.、Shetty J.、Killgore G.E.、Tenover F.C.，2003年。一株高度耐万古霉素金黄色葡萄球菌的遗传分析。科学302:1569–1571-公共医学

[10] Weigel L.M.、Clewell D.B.、Gill S.R.、Clark N.C.、McDougal L.K.、Flannagan S.E.、Kolonay J.F.、Shetty J.、Killgore G.E.、Tenover F.C.，2003年。一株高度耐万古霉素金黄色葡萄球菌的遗传分析。科学302:1569–1571-公共医学

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