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.2010年10月25日：11:530。
doi:10.1186/1471-2105-11-530。

形式化基于分类的约束以检测注释和本体开发中的不一致性

詹妮弗·迪根·奈·克拉克 1, 艾米丽·迪默, 克里斯托弗·蒙格尔
附属公司

基于分类单元的约束的形式化，以检测注释和本体开发中的不一致

詹妮弗·迪根·奈·克拉克等。 BMC生物信息学. .

摘要

背景：基因本体项目支持根据基因产品的作用位置、它们所执行的分子功能以及它们所涉及的过程对其进行分类。尽管本体是有意开发为分类单元中立的，并涵盖所有物种，在某些分支中存在固有的分类单元特异性。例如，“泌乳”过程是哺乳动物特有的，“线粒体”位置是真核生物特有的。这些约束缺乏明确的形式化可能导致自动和手动注释中的错误和不一致。

结果：我们已经形式化了一些GO类中隐含的分类约束，并在本体中的不同级别上指定了这些约束。我们还开发了一个推理系统，可以用来检查注释中是否违反了这些约束。将约束与推理系统结合使用，我们检测并删除了注释中的错误，并改进了本体的结构。

结论：检测分类单元特异性的不一致性可以逐步改进本体、注释和形式化约束。这正在逐步提高我们数据的质量。完整的系统可供下载，新的约束或对约束的建议更改可以在线提交，网址为https://sourceforge.net/tracker/？atid=605890&group_id=36855。

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数字

图1
图1
哺乳期GO类“泌乳”仅限于用于分类学分组哺乳动物的基因产品。该类继承了超类“乳腺发育”的这一限制。在这个图中，GO类以蓝色显示，分类类以黄色显示。关系类型在图表中进行了标记。
图2
图2
C4光合作用。GO类“C4光合作用”仅限于用于分类群Viridiplanate物种的基因产物。这是一个比GO超类“光合作用”限制的分类群更窄的分类群。GO类的“光合作用”仅限于与任何亚类的维氏植物、真核生物、古生菌或细菌的基因产物一起使用只有_在里面_分类单元从“光合作用”到联合术语“Viridiplanate或Euglenozoa或Archaea或细菌”，以及该联合术语与四个单独分类群之间的关系。后一种关系如下所示联盟_属于关系（标记为“un”）。在该图中，GO类以蓝色显示，分类类以黄色显示。关系类型在图表中进行了标记。
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