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.2010年10月18日10时105分。
doi:10.1186/1471-213X-10-105。

zTrap：斑马鱼基因陷阱和增强子陷阱数据库

川上光一 1, 杰姆布·阿贝, 浅田德子, 浅川一藏, 福田良治, 伊藤昭一, 普拉迪普·拉尔, 直子·莫里, 阿基拉·穆托, Maximilliano L Suster公司, 高久保仁美, 浦崎秋弘, Hironori Wada公司, 吉田美雄
附属公司

zTrap：斑马鱼基因陷阱和增强子陷阱数据库

川上光一等人。 BMC开发生物. .

摘要

背景：我们利用Tol2转座因子开发了斑马鱼的遗传方法；即转基因、基因捕获、增强子捕获和Gal4FF-UAS系统。基因陷阱结构包含剪接受体和GFP或Gal4FF（酵母Gal4转录激活物的改良版本）基因，增强子陷阱结构包含斑马鱼hsp70l启动子和GFP或者Gal4FF基因。通过使用这些构建体进行基因筛选，我们产生了在特定细胞、组织和器官中表达GFP和Gal4FF的转基因斑马鱼。通过创建携带Gal4FF转基因和位于Gal4-识别序列（UAS）下游的GFP报告基因的双转基因鱼，可以观察到Gal4FF的表达。此外，Gal4FF表达细胞可以通过与UAS效应器鱼类交配来操纵。例如，当特定神经元中表达Gal4FF的鱼类与UAS杂交时：携带UAS下游破伤风神经毒素基因的TeTxLC鱼类，双转基因鱼类的神经元活性受到抑制。因此，这些转基因鱼类有助于研究发育生物学和神经生物学。

描述：为了提高转基因鱼类资源的有用性，我们开发了一个名为zTrap的网络数据库http://kawakami.lab.nig.ac.jp/ztrap/。zTrap数据库包含GFP和Gal4FF表达模式的图像，以及围绕基因陷阱和增强子陷阱构建物整合位点的基因组DNA序列。整合位点通过内部Blat分析映射到Ensembl斑马鱼基因组上，可以在zTrap和Ensemb基因组浏览器上查看。此外，zTrap还具有搜索这些数据以查找感兴趣的表达模式和基因组位点的功能。zTrap包含有关转基因鱼类的信息，包括UAS报告鱼和效应鱼。

结论：zTrap是一种有用的资源，可用于寻找以所需模式表达GFP和Gal4FF的基因陷阱和增强子陷阱鱼类品系，以及找到位于感兴趣基因内或附近的基因陷阱或增强子阱结构的插入物。这些转基因鱼可用于观察胚胎发生过程中的特定细胞类型，操纵其功能，并发现新的基因和顺调控元件。因此，zTrap应促进利用转基因斑马鱼资源进行基因组学、发育生物学和神经生物学研究。

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数字

图1
图1
Tol2（公差2）转座子构建物用于构建转基因斑马鱼（A）T2KSAG基因陷阱构造[4]。（B） T2KSAGFF（LF）基因陷阱构造[10]。括号中的LF表示嵌入到构造中的一个loxP和一个FRT站点。（C） T2KXIG构造[4]。（D） T2KHG增强子陷阱构造[9]。（E） T2KhspGFF增强子陷阱构造[10]。（F） T2KhspGFF增强子陷阱构造[10]。红色：收费2序列。绿色：EGFP。橙色：促进剂。紫色：剪接受体、poly A信号和内含子。品红：Gal4FF和GFP-Gal4FF融合。
图2
图2
zTrap数据库方案。图像、插入、cDNA和鱼类状态数据通过与插入名称相同的线名称连接。线名称（插入名称）由构件名称、数字和字母组成。转座子构造数据通过构造名称连接。“N-1”和“1-1”分别表示多对一和一对一关系。N-1关系的一个例子是，两张图像与图4A中的SAG2A鱼线（插入）相连。
图3
图3
的内容z（z）陷阱数据库（A）HG21C转基因鱼的图像数据表[9]作为示例显示。描述了1 dpf的GFP荧光图像和显示GFP表达的区域（前脑、眼睛和鳍褶）。图像数据具有到插入数据和转座子构造数据的链接。（B） HG21C转基因鱼的插入数据表。图中显示了围绕定位在21号染色体上的整合位点的504-bp DNA序列。整合后重复的8 bp序列以蓝色突出显示。这些数据与转座子构建数据和cDNA数据以及z！和e！基因组浏览器。（C） 的cDNA数据形式tcf7型与HG21C插入数据有链接的转录本。（D） 转座子构成pT2KSAG的数据形式。数据包含序列和映射。（E） SAGFF（LF）27A的鱼类状态数据表。鱼缸和试管图标分别表示这条线是活的，也是冷冻精子。
图4
图4
搜索鱼类和插件的功能（A）“Find image”是一个主页，用于查找具有所需模式的基因陷阱和增强子陷阱鱼类。在左侧的“by region”、“by construct”和“by number”列中选择表达式模式和/或构造名称时，将显示鱼线图像的缩略图。这里，选择了“按区域”中的ALL、“按构造”中的SAG和“按数量”中的所有ALL，右侧显示了所有“SAG”转基因鱼。通过单击“显示图像列表”或“显示线条列表”，也可以将其视为列表样式。线名称旁边的图标链接到鱼类状态数据、插入数据和z！和e！基因组浏览器。（B） “Find UAS”允许用户在Gal4识别序列下游找到携带报告基因或效应基因的转基因鱼。这里显示了携带hspGGFF1B插入和UASGFP或UASRFP的双转基因鱼。线名称旁边的图标链接到鱼类状态数据、插入数据和z！和e！基因组浏览器。（C） “查找插入”允许用户通过填充空格来搜索插入数据。这里，在“插入名称”中键入“HG”，选中“exon”复选框，可以看到使用T2KHG构造创建并位于外显子内的所有插入。（D） “基因插入搜索”允许用户查找位于感兴趣基因附近的插入物。在这里，输入“fox”，所有插入都位于距离狐狸基因被提取出来。
图5
图5
基因组浏览器上插入的可视化.（A）z（z）陷阱基因组浏览器，显示HG21C插入周围的视图。HG21C插入物（粉色条）位于tcf7型基因[9]由正向和反向基因组序列（中间的两条蓝线）下面的多个轨迹表示，例如斑马鱼cDNA，合奏转录本和EST转录本。请注意，基因组序列上方的转录本从左到右，其下方的转录本则相反。（B） 合奏显示HGn8H插入的基因组浏览器[9]。一首曲目z（z）陷阱插入可以连接到合奏基因组浏览器如下；（1） 在“region in detail”显示页面中，选择侧栏上的“configure this page”，（2）在顶部栏上选择“custom data”，“Attach DAS”，（4）在“Filter sources”框中键入“ztrap”并单击“Next”，（5）选中“ztrap”复选框，单击“Next”，关闭弹出窗口。
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