Biases in Illumina transcriptome sequencing caused by random hexamer priming

doi:10.1093/nar/gkq224

.2010年7月；38（12）：e131。

doi:10.1093/nar/gkq224。 Epub 2010年4月14日。

随机六聚体启动引起的Illumina转录组测序偏差

卡斯珀·D·汉森¹, 史蒂文·布伦纳, 桑德琳·杜多特

附属公司

PMID： 20395217
预防性维修识别码：项目经理2896536
DOI（操作界面）： 10.1093/nar/gkq224

随机六聚体启动引起的Illumina转录组测序偏差

卡斯珀·德汉森等。核酸研究. 2010年7月.

.2010年7月；38（12）：e131。

doi:10.1093/nar/gkq224。 Epub 2010年4月14日。

作者

卡斯珀·德汉森¹, 史蒂文·布伦纳, 桑德琳·杜多特

附属

¹加州大学伯克利分校公共卫生学院生物统计学系，地址：101 Haviland Hall，Berkeley，CA 94720-7358，USA。khansen@stat.berkeley.edu

PMID： 20395217
预防性维修识别码：项目经理2896536
DOI（操作界面）： 10.1093/nar/gkq224

摘要

在Illumina基因组分析仪的转录组测序开始时，使用随机六聚体启动产生cDNA会导致核苷酸组成的偏差。偏差独立于生物体和实验室，并影响转录组读取的一致性。我们基于读取的核苷酸频率提供了一个读取计数重加权方案，以减轻偏见的影响。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
严格映射读数的核苷酸频率与位置。对于每个实验，将映射读取扩展到5′-起始位置的上游，以便实际读取的第一个位置是1，位置0到−20是从基因组中获得的。阅读的第一个六聚体是阴影。密钥中显示了简要的实验方案。**（a）**RNA-Seq实验使用随机六聚体启动，有或没有RNA片段。**（b）**DNA重测序和ChIP-Seq实验。**（c）**RNA-Seq实验采用替代的文库制备方案，包括先用随机六聚体引发，然后用DNase I进行片段化，再用寡核苷酸（dT）引发，最后用DNA酶I、雾化或超声进行片段化。

**图2。**
六聚体频率。(一)所有（4096）个观察到的六聚体频率的对数（以2为基数），使用中实验的对齐读数的位置1-6计算得出智人（8）与*酿酒酵母*(9). 这两种分布的相关性为. (b条)如（a）所示，但六聚体对应于对齐读取的位置25–30，关联度为.

公式图像 — **图2。**
六聚体频率。(一)所有（4096）个观察到的六聚体频率的对数（以2为基数），使用中实验的对齐读数的位置1-6计算得出智人（8）与*酿酒酵母*(9). 这两种分布的相关性为. (b条)如（a）所示，但六聚体对应于对齐读取的位置25–30，关联度为.

**图3。**
核苷酸频率与A核苷酸的严格映射绞合读取的位置。(一和b条)如图1a所示，但根据读取映射到正链还是反链进行拆分。(**c（c）**)（a和b）中频率之间的差异。

**图4。**
评估权重调整方案。(一和b条)WT实验中的读取未经调整和重新加权的基准计数映射到中1-kb编码区域的感测链*酿酒酵母*（YOL086C）。格雷酒吧附近x个-axis表示不可匹配的基因组位置。(**c（c）**)基于552个高表达恒定表达区域的未经调整和重加权计数的良好度统计。(d日)简化直方图在五个不同的实验中评估了使用重加权方案时的有效性。大于零的值表示重加权方案提高了读取分布的一致性。

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