Trait-associated SNPs are more likely to be eQTLs: annotation to enhance discovery from GWAS

doi:10.1371/journal.pgen.1000888

.2010年4月1日；6（4）：e1000888。

doi:10.1371/journal.pgen.1000888。

性状相关SNP更有可能是eQTL：注释以增强GWAS的发现

丹·尼古拉¹, 埃里克·加马松, 张伟（音译）, 段世伟, M Eileen Dolan先生, 南希·J·考克斯

附属公司

PMID： 20369019
预防性维修识别码：项目经理2848547
内政部： 10.1371/journal.pgen.1000888

性状相关SNPs更有可能是eQTL：注释以增强GWAS的发现

丹·尼古拉等。公共科学图书馆-基因. 2010.

.2010年4月1日；6（4）：e1000888。

doi:10.1371/journal.pgen.1000888。

作者

丹·尼古拉¹, 埃里克·加马松, 张伟（音译）, 段世伟, M Eileen Dolan先生, 南希·J·考克斯

附属

¹美国伊利诺伊州芝加哥市芝加哥大学医学系。

PMID： 20369019
预防性维修识别码：项目经理2848547
内政部： 10.1371/journal.pgen.1000888

摘要

尽管复杂性状的全基因组关联研究（GWAS）产生了比使用任何其他方法发现的更多可重复关联，但迄今为止特征基因座并不能解释这些性状的遗传力，而且，一般来说，尚未导致对复杂表型的生物学基础的理解得到改善。我们开发了一个网站，用于提供来自HapMap样本的淋巴母细胞系中表达定量性状位点（eQTL）的研究结果(网址：http://www.scanb.org)，我们发现单核苷酸多态性（SNPs）与复杂性状（来自http://www.genome.gov/gwastudies网站/)与从高通量GWAS平台中选择的小等位基因频率匹配SNP相比，eQTL的可能性更大。这些发现在建立eQTL的一系列阈值（p值为10（-4）-10（-8））和人类复杂性状的广泛范围内是可靠的。对Wellcome Trust研究中GWAS数据的分析证实，用分数标注SNP，以反映SNP是eQTL证据的强度，可以提高发现真实关联的能力，并澄清驱动关联的机制的性质。我们的结果表明，trait-associated SNPs更可能是eQTL，并且应用该信息可以促进对复杂表型的trait-assiociateds SNPs的发现，这增加了我们可以利用该信息来增加可识别遗传因子解释的遗传力和获得更好的遗传效率的可能性对复杂性状背后生物学的理解。

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数字

**图1。性状相关SNP更可能是eQTL。**
eQTL数量的分布（定义为p<10⁻⁴左侧面板，p<10⁻⁶中间面板，p<10⁻⁸条形图中显示了从匹配次要等位基因频率的箱子到从NHGRI目录下载的1598个SNP（箱子包括Illumina 1M和Affymetrix 6.0产品中的所有SNP）的1598条SNP的1000个抽查结果，NHGRI目录中1598个SNP中观察到的实际eQTL数量显示为实心圆。

**图2。eQTL功能评分最高的SNP在WTCCC-Crohn易感性位点中得到了丰富。**
SNP根据其eQTL功能评分从最显著到最不显著进行排序，并分为10000组。只显示了来自前13组的数据（作为沿X轴的13个索引仓），因为少于130K个SNPs的表达得分大于零。图中的每个点对应于eQTL函数得分箱，y轴显示每个箱中WTCCC Crohn的GWAS p值小于0.01的SNP数量。水平线说明了基于在整个GWAS中观察到的SNP数量的期望值，这些SNP的p值小于0.01。p小于0.01的其余SNP的比例为0.014。虚线表示通过模拟获得的估计95%置信带。

**图3。具有最强证据表明与WTCCC克罗恩病相关的单核苷酸多态性更有可能具有大于3的eQTL功能评分。**
SNP根据WTCCC克罗恩关联p值从最显著到最不显著进行排序，并分为10000组。对于每一组10000个拖尾相关SNP，计算表达得分大于3的SNP数量，结果显示在散点图中。水平线说明了基于WTCCC-Crohn数据集中所有SNP中观察到的eQTL功能得分的期望值。虚线表示通过模拟获得的估计95%置信带。

**图4。eQTL功能评分最高的SNP在WTCCC T1D和RA易感性位点中得到了丰富。**
该图显示了从具有最高表达分数的SNPs开始的剩余Wellcome Trust表型的eQTL富集分析结果（类似于图2中总结的克罗恩病分析）。SNP根据其表达得分从最显著到最不显著进行排序，并分为10000组。仅显示前13组的数据。这六个图对应于最初WTCCC GWAS中调查的其他六种疾病。虚线表示通过模拟获得的估计95%置信带。

**图5。具有最强证据表明与WTCCC T1D、RA、高血压和双相情感障碍相关的SNP更可能具有eQTL功能评分>3。**
该图显示了从与疾病最密切相关的SNP开始的其余Wellcome Trust表型的eQTL富集分析结果（类似于图3中总结的克罗恩病分析）。对于每种疾病，SNP都根据其相关性p值从最显著到最不显著进行排序，并分为10000组。对于每个组，计算表达得分大于3的SNP数量，结果显示在散点图中。水平线说明了基于相关WTCCC数据集中所有SNP中观察到的分数的期望值。虚线表示通过模拟获得的估计95%置信带。

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