Single-nucleotide polymorphisms inside microRNA target sites influence tumor susceptibility

doi:10.1158/0008-5472.CAN-09-3541

.2010年4月1日；70(7):2789-98.

doi:10.1158/0008-5472.CAN-09-3541。 Epub 2010年3月23日。

microRNA靶位点内的单核苷酸多态性影响肿瘤易感性

米莱娜·尼科洛索¹, 郝孙, 里卡多·斯皮佐, 金贤秀, 普里扬卡拉·维克拉马辛格, 清水Masayoshi Shimizu, 西尔维娅·沃伊西克, 贾娜·费尔丁, Tanja Kunej先生, 肖连春, Siranoush Manoukian公司, 乔治·塞克托, 费尔南多·拉瓦尼尼, 王雪梅, 保罗字根, 卡洛·克罗斯, 拉马纳五世（Ramana V Davuluri）, 乔治·A·卡林

附属公司

PMID： 20332227
预防性维修识别码：项目经理2853025
DOI（操作界面）： 10.1158/0008-5472.CAN-09-3541

microRNA靶位点内的单核苷酸多态性影响肿瘤易感性

米莲娜·S·尼科洛索等。癌症研究. 2010.

.2010年4月1日；70(7):2789-98.

doi:10.1158/0008-5472.CAN-09-3541。 Epub 2010年3月23日。

作者

米莲娜·S·尼科洛索¹, 郝孙, 里卡多·斯皮佐, 金贤秀, 普里扬卡拉·维克拉马辛格, 清水Masayoshi Shimizu, 西尔维娅·沃伊西克, 贾娜·费尔丁, Tanja Kunej先生, 肖连春, Siranoush Manoukian人, 乔治·塞克托, 费尔南多·拉瓦尼尼, 王雪梅, 保罗字根, 卡洛·M·克罗齐, 拉马纳五世（Ramana V Davuluri）, 乔治·A·卡林

附属

¹德克萨斯大学医学博士安德森癌症中心实验治疗学系和RNA干扰和非编码RNA中心，美国德克萨斯州休斯顿。

PMID： 20332227
预防性维修识别码：项目经理2853025
DOI（操作界面）： 10.1158/0008-5472.CAN-09-3541

摘要

与多基因疾病相关的单核苷酸多态性（SNP），如乳腺癌（BC），可以产生、破坏或修饰microRNA（miRNA）结合位点；然而，单核苷酸多态性在多大程度上干扰了miRNA基因的调控，并影响了癌症的易感性，这在很大程度上尚不清楚。我们假设SNP破坏miRNA靶结合是与癌症易感性相关的广泛机制。为了验证这一点，我们分析了已知与BC风险相关的SNP在电子和体外对miRNA结合位点和miRNA基因调控进行修饰的能力，并将其称为靶SNP。我们确定rs1982073-TGFB1和rs1799782-XRCC1为目标SNP，其等位基因分别通过与miR-187和miR-138的差异相互作用调节基因表达。全基因组生物信息学分析预测，约64%的转录SNP为靶SNP，可以修改（增加/减少）假定miRNA:：mRNA双工体的结合能>90%。为了评估靶SNP是否与BC敏感性有关，我们进行了一项病例对照人群研究，观察到rs799917-BRCA1和rs334348-TGFR1的种系发生率在具有不同BC发病风险的人群中存在显著差异。在两种相互作用的miRNAs（miR-638和miR-628-5p）过度表达后，不同基因型癌症细胞系中靶SNP的荧光素酶活性、等位基因变体和蛋白质水平显示了靶基因的差异调节。因此，我们认为转录的靶SNP通过一种新的精细基因调控机制改变miRNA基因调控，进而改变蛋白质表达，从而增加癌症易感性的可能性。

PubMed免责声明

数字

**图1。miRNA的全基因组鉴定：靶SNP相互作用**
用于miRNA和SNP相互作用分析的综合生物信息学策略的示意图概述。8%MFE绝对变化对应于从MFE变化分布中获得的20%和80%阈值（补充图S2）。

**图2。BC-associated target SNPs影响miRNA基因调控**
(一)米兰达预测。#表明没有发现具有默认阈值的特异性miRNA:：SNP相互作用（MFE<-16，得分>80）。(b条)荧光素酶报告子结构的示意图，包含miRNA结合位点内的靶SNP及其对miRNA相互作用的影响。(***c（c）***)顶部，对于选定的SNP，miRNA:：mRNA相互作用显示为活动等位基因（绿色）或非活动等位蛋白（红色）突出显示。BC-associated SNP与预测的相互作用miRNA或干扰阴性对照共转染pGL3-SNP构建物的荧光素酶活性（=1）；值表示在六个重复中进行的3到5个独立实验的平均+/-标准偏差。(d日)TGFB1（左）和XRCC1（右）的WBmiR-187型和*miR-138基因*分别在携带不同rs1982073-TGFB1和rs1799782-XRCC1变体的细胞系中进行转染。基因型显示在免疫印迹的顶部；以下是报告的TGFB1和XRCC1表达水平归一化文丘里蛋白水平，并与每个细胞系的打乱阴性对照转染（=1）进行比较。

**图3。目标SNP预测的验证**
(一)顶部，对于两个SNP，miRNA:：mRNA相互作用显示为活动等位基因（绿色）或非活动等位蛋白（红色）突出显示。与预测的相互作用miRNA共同转染的pGL3-SNP等位基因对的荧光素酶报告分析，rs799917-BRCA1：：*miR-638型*（左面板）和rs334348-TGFBR1:：*miR-628-5p*（右侧面板）。荧光素酶活性相对于加扰阴性对照表达（=1）；值表示在六个重复中进行的至少三个独立实验的平均+/-标准偏差。根据miRanda预测，还显示了miRNA:：mRNA的相互作用，活动等位基因（绿色）或非活动等位蛋白（红色）突出显示。(b条)BRCA1（左侧面板）和TGFBR1（右侧面板）的WBmiR-638型和*miR-628-5p*分别在携带不同rs799917-BRCA1或rs334348-TGFBR1变体的细胞系中进行转染。基因型显示在免疫印迹的顶部；以下是报告的BRCA1和TGFBR1表达水平的标准化文丘里蛋白水平，并与每个细胞系的打乱阴性对照转染（=1）进行比较。(**c（c）**)miRNA转染后分析的所有细胞中BRCA1和TGFBR1蛋白减少的平均值（分别为左面板和右面板），与每个基因型的打乱自然对照（=1）相比。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

BRCA2中miRNA结合位点的rs15869与乳腺癌易感性相关。
曹J、罗C、闫R、彭R、王K、王P、叶赫、宋C。曹杰等。医学Oncol。2016年12月；33(12):135. doi:10.1007/s12032-016-0849-2。Epub 2016年11月2日。医学Oncol。2016 PMID：27807724
单核苷酸多态性rs1836724（C3388T）的致癌功能改变了乳腺癌中ErbB4的3'非翻译区的多个潜在的合法microRNA结合位点。
Bagheri F、Mesrian Tanha H、Mojtabavi Naeini M、Ghaedi K、Azadeh M。 Bagheri F等人。《分子医学报告》2016年5月；13(5):4494-8. doi:10.3892/mmr.2016.5078。Epub 2016年3月31日。 2016年《分子医学报告》。 PMID：27035115
在一项针对非裔美国妇女的病例对照、人群研究中，一项微小RNA单核苷酸多态性调查确定了新的乳腺癌易感基因座。
Bensen JT、Graff M、Young KL、Sethupathy P、Parker J、Pecot CV、Currin K、Haddad SA、Ruiz-Narváez EA、Haiman CA、Hong CC、Sucheston-Campbell LE、Zhu Q、Liu S、Yao S、Bandera EV、Rosenberg L、Lunetta KL、Ambrosone CB、Palmer JR、Troester MA、Olshan AF。 Bensen JT等人。 2018年6月5日乳腺癌研究；20(1):45. doi:10.1186/s13058-018-0964-4。 2018年乳腺癌研究。 PMID：29871690 免费PMC文章。
microRNA单核苷酸多态性在宫颈癌中的相关性和作用。
李毅，李C，刘S，杨杰，石磊，姚毅。李毅等。国际医学科学杂志。2021年4月7日；18(11):2347-2354. doi:10.7150/ijms.57990。eCollection 2021年。国际医学科学杂志。2021 PMID：33967611 免费PMC文章。审查。
遗传多态性和microRNA：实体癌分子流行病学的新方向。
Slaby O、Bienertova-Vasku J、Svoboda M、Vyzula R。 Slaby O等人。《细胞分子医学杂志》，2012年1月；16(1):8-21. doi:10.1111/j.1582-4934.2011.01359.x。《细胞分子医学杂志》，2012年。 PMID：21692980 免费PMC文章。审查。

查看所有类似文章

引用人

通过调节microRNA-介导的调节，TGF-β1和TGF-αR1变异体与吸烟相关头颈癌患者的临床预后相关。
Niu Z、Sun P、Zafereo ME、Liu H、Wei P、Wu J、Gross ND、Shete S、Wei Q、Zheng G、Sikora AG、Calin GA、Li G。 Niu Z等人。癌症免疫疗法。2024年3月30日；73(5):85. doi:10.1007/s00262-024-03672-y。癌症免疫疗法。2024 PMID：38554185 免费PMC文章。
非小细胞肺癌患者对铂类化疗反应相关的遗传变异：一项现场综述和荟萃分析。
Sito H、Sharzehan MAK、Islam MA、Tan SC。 Sito H等人。英国生物医学杂志。2024年2月21日；81:11835. doi:10.3389/bjbs.2024.11835。eCollection 2024年。英国生物医学杂志。2024 PMID：38450253 免费PMC文章。
基因多态性作为非小细胞肺癌铂类化疗潜在的药物遗传学生物标记物。
Sito H，Tan SC。 Sito H等人。《分子生物学报告》2024年1月13日；51（1）:102。doi:10.1007/s11033-023-08915-2。分子生物学报告2024。 PMID：38217759 审查。
DNA双链断裂反应和修复基因多态性可能影响头颈癌患者的治疗结果和预后。
Butkiewicz D、Krze shi niak M、Gdowicz-Kłosok A、Sk \322»adowski K、Rutkowski T。 Butkiewicz D等人。癌症（巴塞尔）。2023年10月13日；15(20):4972. doi:10.3390/cancers15204972。癌症（巴塞尔）。2023 PMID：37894339 免费PMC文章。
miR-195-5p调控的ATG9A可以促进宫颈癌细胞的恶性进展。
刘X，刘Z，刘Y，王恩。刘X等。表观遗传学。2023年12月；18(1):2257538. doi:10.1080/15592294.2023.2257538。Epub 2023年10月2日。表观遗传学。2023 PMID：37782756 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Filipowicz W，Bhattacharyya SN，Sonenberg N.微RNA转录后调控机制：答案在眼前吗？自然资源部Genet。2008;9:102–14.-公共医学
1. Miranda KC，Huynh T，Tay Y，et al.一种基于模式的方法，用于识别微RNA结合位点及其相应的异源双链。单元格22。2006;126:1203–17.-公共医学
1. Tay Y、Zhang J、Thomson AM、Lim B、Rigoutsos I.Nanog、Oct4和Sox2编码区的微RNA调节胚胎干细胞分化。自然。2008;455:1124–8.-公共医学
1. Spizzo R、Nicoloso MS、Croce CM、Calin GA。快照：癌症中的微RNA。单元格。2009;137:586e1。-公共医学
1. 法老PD，Dunning AM，Ponder BA，Easton DF。发现易感癌基因变异的关联研究。Nat Rev癌症。2004年；4:850–60.-公共医学

出版物类型

行动
行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动
行动
行动
行动

赠款和资金

LinkOut-更多资源

[1] Filipowicz W，Bhattacharyya SN，Sonenberg N.微RNA转录后调控机制：答案在眼前吗？自然资源部Genet。2008;9:102–14.-公共医学

[2] Filipowicz W，Bhattacharyya SN，Sonenberg N.微RNA转录后调控机制：答案在眼前吗？自然资源部Genet。2008;9:102–14.-公共医学

[3] Miranda KC，Huynh T，Tay Y，et al.一种基于模式的方法，用于识别微RNA结合位点及其相应的异源双链。单元格22。2006;126:1203–17.-公共医学

[4] Miranda KC，Huynh T，Tay Y，et al.一种基于模式的方法，用于识别微RNA结合位点及其相应的异源双链。单元格22。2006;126:1203–17.-公共医学

[5] Tay Y、Zhang J、Thomson AM、Lim B、Rigoutsos I.Nanog、Oct4和Sox2编码区的微RNA调节胚胎干细胞分化。自然。2008;455:1124–8.-公共医学

[6] Tay Y、Zhang J、Thomson AM、Lim B、Rigoutsos I.Nanog、Oct4和Sox2编码区的微RNA调节胚胎干细胞分化。自然。2008;455:1124–8.-公共医学

[7] Spizzo R、Nicoloso MS、Croce CM、Calin GA。快照：癌症中的微RNA。单元格。2009;137:586e1。-公共医学

[8] Spizzo R、Nicoloso MS、Croce CM、Calin GA。快照：癌症中的微RNA。单元格。2009;137:586e1。-公共医学

[9] 法老PD，Dunning AM，Ponder BA，Easton DF。发现易感癌基因变异的关联研究。Nat Rev癌症。2004年；4:850–60.-公共医学

[10] 法老PD，Dunning AM，Ponder BA，Easton DF。发现易感癌基因变异的关联研究。Nat Rev癌症。2004年；4:850–60.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

你的RSS订阅源

microRNA靶位点内的单核苷酸多态性影响肿瘤易感性

附属

microRNA靶位点内的单核苷酸多态性影响肿瘤易感性

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

医学

其他

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

医学

其他