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.2010年2月;7(2):133-6.
doi:10.1038/nmeth.1414。 Epub 2010年1月10日。

单核苷酸分辨率下临床样本的基因组DNA甲基化绘图

附属公司

单核苷酸分辨率下临床样本的基因组DNA甲基化绘图

顾洪苍等。 Nat方法. 2010年2月.

摘要

亚硫酸氢盐测序以单核苷酸分辨率测量DNA甲基化的绝对水平,为分子诊断提供了一个强大的平台。我们优化了亚硫酸氢盐测序以用于临床样本的基因组规模分析:在这里,我们概述了限制性消化如何将亚硫酸氢酯测序靶向表观遗传调控的热点,并描述了评估DNA甲基化模式改变的重要性的统计方法。30毫微克的DNA足以进行基因组规模的分析,我们的方案在福尔马林固定、石蜡包埋的样品上运行良好。

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利益冲突声明

竞争性利益

作者声明没有竞争性的经济利益。

数字

图1
图1。优化亚硫酸氢盐测序用于人类疾病样本的基因组规模分析
(a)基因启动子的典型RRBS覆盖范围(以RefSeq标记的转录起始位点为中心的2千碱基区域)、CpG岛(用严格版本的Gardiner-Garden标准注释,要求最小长度为700个碱基对)和假定的调控元件(由DNA酶超敏反应绘制)。所有数据均为结肠肿瘤的数据,在表1中排名第1。这些值是指区域中通过质量控制的单个CpG测量值的数量。之间的相关性(b)RRBS对30 ng和100 ng来自小鼠ES细胞的输入DNA和(c)由RRBS和Infinium在1027个高置信度CpG下对结肠肿瘤进行DNA甲基化测量(RRBS:测序覆盖率≥20,Infinium:检测p值<0.05)。(d)基因启动子区DNA甲基化的分布SOX17标准(结肠肿瘤中的高甲基化)和HNF4A型(低甲基化)。非甲基化读数以红色显示,部分甲基化读数显示为灰色,甲基化读数为蓝色。

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引用人

工具书类

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