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人类乳腺癌基因组中体细胞重排的复杂景观

菲利普·斯蒂芬斯等。 自然. .

摘要

癌症基因组中经常发现多重体细胞重排;然而,重排的潜在过程及其对癌症发展的贡献却缺乏特征。在这里,我们使用配对测序策略来识别乳腺癌基因组中的体细胞重排。一些乳腺癌中的基因重排比以前估计的要多。基因足迹上的重排更为频繁,大多数是染色体内的。虽然存在多重重排结构,但串联重复在某些癌症中特别常见,这可能反映了DNA维护的特定缺陷。大多数重排连接处的短重叠序列表明,这些都是由非同源末端连接DNA修复介导的,尽管不同的序列模式表明这种类型的多个过程是有效的。已鉴定出几个表达的框架内融合基因,但没有一个是重复的。这项研究为癌症基因组提供了一个新的视角,突出了体细胞重排的多样性及其对癌症发展的潜在贡献。

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数字

图1
图1
24例乳腺癌筛查样本中有6例出现体细胞重排。(a) 体细胞重排的全基因组圆圈图。正常核型的特征图显示在外环。拷贝数图由染色体特征图内部的蓝线表示。在内环中,每条绿线表示染色体内重排,每条紫色线表示染色体间重排。(b) 单个癌症中重排结构的流行:缺失(深蓝色)、串联重复(红色)、反向取向(绿色)、染色体间重排(浅蓝色)、扩增区域内重排(橙色)。(c) 重排断点处重叠微同源性的程度。微同源性的碱基对数量绘制在水平轴上。
图2
图2
ETV6-ITPR2型,由原发性乳腺癌PD3668a中15Mb反转产生的一个表达的框架内融合基因。(a) 交叉重组PCR以确认存在体细胞重排。(b) RNA的RT-PCRETV6发动机外显子2和ITPR公司第35外显子确认嵌合表达转录本的存在;(c) 融合在预测中的蛋白质结构域示意图ETV6/ITPR2型融合蛋白。(d) (b)中所示的RT-PCR产物的序列确认ETV6发动机外显子2融合到ITPR2公司第35外显子。
图3
图3
不同结构类别重排连接处重叠微同源性的程度。微同源性的碱基对数量绘制在水平轴上。
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引用人

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