Sex-specific and lineage-specific alternative splicing in primates

doi:10.1101/gr.099226.109

比较研究

.2010年2月；20(2):180-9.

doi:10.1101/gr.099226.109。 Epub 2009年12月15日。

灵长类的性别特异性和谱系特异性选择性剪接

兰·布莱克曼¹, 约翰·马里奥尼, 保罗·津博, 马修·斯蒂芬, 尤夫·吉拉德

附属公司

PMID： 20009012
预防性维修识别码：项目经理2813474
内政部： 10.1101/gr.099226.109

比较研究

灵长类的性别特异性和谱系特异性选择性剪接

兰·布莱克曼等人。基因组研究. 2010年2月.

.2010年2月；20(2):180-9.

doi:10.1101/gr.099226.109。 Epub 2009年12月15日。

作者

兰·布莱克曼¹, 约翰·马里奥尼, 保罗·津博, 马修·斯蒂芬, 尤夫·吉拉德

附属

¹美国伊利诺伊州芝加哥市芝加哥大学人类遗传学系，邮编：60637。blekhman@uchicago.edu

PMID： 20009012
预防性维修识别码：项目经理2813474
内政部： 10.1101/gr.099226.109

摘要

基因调控的比较研究表明，自然选择在物种内和物种间形成基因表达模式方面发挥着重要作用。然而，这些研究中的大多数都是使用微阵列探针来估计基因表达水平的，这些探针设计用于仅对每个基因的一小部分进行杂交。在这里，我们使用了最近开发的RNA测序协议来评估基因调控过程中的种内和种间变异，比以前更详细。具体来说，我们使用RNA-seq研究人类、黑猩猩和恒河猴的转录水平，使用每个物种三只雄性和三只雌性的肝脏RNA样本。我们的方法使我们能够识别大量基因，这些基因的表达水平可能在灵长类动物的自然选择下进化。这些基因包括三个物种中具有保守性二型表达模式的基因子集，我们发现这些基因丰富了参与脂质代谢的基因。我们的数据还表明，虽然选择性剪接在物种内部和物种之间受到严格调控，但不同剪接形式的表达也经常发生性别特异性和谱系特异性变化。有趣的是，在外显子使用变化仅发生在人类谱系中的基因中，我们发现了与解剖结构和形态发生有关的基因的丰富性，这增加了选择性剪接调控差异成为人类进化中重要力量的可能性。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
与自然选择对基因调节作用一致的基因表达模式示例。绘制了三个物种的基因表达谱，以确定其调控可能在稳定状态下进化的基因(A类)或方向选择(B类)在人类血统中。在所有面板中，平均（±SEM）标准化表达水平(年-轴）(x个-轴）。

**图2。**
保守的性二型基因表达模式示例。在所有面板中，平均（±SEM）标准化表达水平(年-轴）(x个-轴）分别为雄性（蓝色）和雌性（绿色）绘制。

**图3。**
外显子用法中的人类特定变化示例。平均（±SEM）外显子相对表达水平(年-轴）分别为每个物种绘制；（红色）人类；（蓝色）黑猩猩；（黑色）恒河猴。基因结构出现*在上面*这个x个-轴，表示基因组坐标。每个物种的拼接连接显示为连接外显子对的三角形、连续外显子之间的实线以及交替拼接外显子间的虚线。圈出了人类和非人类灵长类动物外显子用法的典型差异，这也得到了连接阅读的支持。

**图4。**
三个物种中保守外显子使用和选择性剪接的例子。平均（±SEM）外显子相对表达水平(年-轴）分别为每个物种绘制；（红色）人类；（蓝色）黑猩猩；（黑色）恒河猴。基因结构出现*在上面*这个x个-轴，表示基因组坐标。每个物种的拼接连接显示为连接外显子对的三角形、连续外显子之间的实线以及交替拼接外显子间的虚线。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

3D-Evo空间：基因表达的进化和选择性剪接调控。
Mantica F、Irimia M。 Mantica F等人。年度版次Genet。2022年11月30日；56:315-337。doi:10.1146/annurev-genet-071719-020653。Epub 2022年9月2日。年度版次Genet。2022 PMID：36055647 审查。
人类、黑猩猩和猕猴前额叶皮层发育期间剪接的保护、进化和调节。
Mazin PV、Jiang X、Fu N、Han D、Guo M、Gelfand MS、Khaitovich P。 Mazin PV等人。 RNA。2018年4月；24(4):585-596. doi:10.1261/rna.064931.117。Epub 2018年1月23日。 RNA。2018 PMID：29363555 免费PMC文章。
灵长类脑转录体中选择性剪接的进化。
Lin L，Shen S，Jiang P，Sato S，Davidson BL，Xing Y。 Lin L等人。人类分子遗传学。2010年8月1日；19(15):2958-73. doi:10.1093/hmg/ddq201。Epub 2010年5月11日。人类分子遗传学。2010 PMID：20460271 免费PMC文章。
人类和黑猩猩之间选择性剪接差异的全球分析。
卡拉科JA、Xing Y、Cáceres M、卡拉科JP、Xiao X、Pan Q、Lee C、Preuss TM、Blencowe BJ。 Calarco JA等人。基因开发，2007年11月15日；21(22):2963-75. doi:10.1101/gad.1606907。Epub 2007年10月31日。基因开发，2007年。 PMID：17978102 免费PMC文章。
组织特异性糖皮质激素受体表达，替代第一外显子的作用？
Turner JD、Schote AB、Macedo JA、Pelascini LP、Muller CP。 Turner JD等人。生物化学药理学。2006年11月30日；72(11):1529-37. doi:10.1016/j.bcp.2006.07.005。Epub 2006年8月22日。生物化学药理学。2006 PMID：16930562 审查。

查看所有类似文章

引用人

马蹄蝠耳蜗转录组的性别差异。
吴杰，段C，兰L，陈伟，毛X。吴杰等。动物（巴塞尔）。2024年4月14日；14(8):1177. doi:10.3390/ani14081177。动物（巴塞尔）。2024 PMID：38672325 免费PMC文章。
探索性别差异：深入了解基因表达、神经解剖学、神经化学、认知和病理学。
Lafta MS、Mwinyi J、Affatato O、Rukh G、Dang J、Andersson G、Schiöth HB。 Lafta MS等人。前神经科学。2024年2月21日；18:1340108. doi:10.3389/fnins.2024.1340108。eCollection 2024年。前神经科学。2024 PMID：38449735 免费PMC文章。审查。
灵长类动物大脑中基因表达进化的速度和模式。
Rickelton K、Zintel TM、Pizzollo J、Miller E、Ely JJ、Raghanti MA、Hopkins WD、Hof PR、Sherwood CC、Bauernfeind AL、Babbitt CC。 Rickelton K等人。埃利夫。2024年1月26日；13:e70276。doi:10.7554/eLife.70276。埃利夫。2024 PMID：38275218 免费PMC文章。
顺式和反式调控变化与人类和黑猩猩基因表达进化之间的关系。
Barr KA，Rhodes KL，Gilad Y。 Barr KA等人。基因组生物学。2023年9月11日；24(1):207. doi:10.1186/s13059-023-03019-3。基因组生物学。2023 PMID：37697401 免费PMC文章。
染色体性别对心脏代谢健康和疾病的影响。
Wiese CB、Avetisyan R、Reue K。 Wiese CB等人。内分泌代谢趋势。2023年10月；34(10):652-665. doi:10.1016/j.tem.2023.07.003。Epub 2023年8月17日。内分泌代谢趋势。2023 PMID：37598068 免费PMC文章。审查。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Abzhanov A、Protas M、Grant BR、Grant PR、Tabin CJ。Bmp4与达尔文雀喙的形态变异。科学。2004;305:1462–1465.-公共医学
1. Balashova VA，Abdulkadyrov KM。人类胎儿肝脏和脾脏造血组织的细胞组成。Arkh Anat Gistol Embriol公司。1984年；86:80–83.-公共医学
1. Blekhman R、Oshlack A、Chabot AE、Smyth GK、Gilad Y。灵长类动物的基因调控在组织特异性选择压力下进化。公共科学图书馆-遗传学。2008;4:e1000271。doi:10.1371/journal.pgen.1000271。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学
1. Britten RJ，Davidson EH。重复和非重复DNA序列以及对进化新颖性起源的推测。Q生物评论。1971;46:111–138.-公共医学
1. Calarco JA，Xing Y，Caceres M，Calarco JP，Xiao X，Pan Q，Lee C，Preuss TM，Blencowe BJ。人类和黑猩猩选择性剪接差异的全球分析。基因与发育2007；21:2963–2975。-项目管理咨询公司-公共医学

出版物类型

行动
行动
行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源
其他文献来源
- H1连接

[1] Abzhanov A、Protas M、Grant BR、Grant PR、Tabin CJ。Bmp4与达尔文雀喙的形态变异。科学。2004;305:1462–1465.-公共医学

[2] Abzhanov A、Protas M、Grant BR、Grant PR、Tabin CJ。Bmp4与达尔文雀喙的形态变异。科学。2004;305:1462–1465.-公共医学

[3] Balashova VA，Abdulkadyrov KM。人类胎儿肝脏和脾脏造血组织的细胞组成。Arkh Anat Gistol Embriol公司。1984年；86:80–83.-公共医学

[4] Balashova VA，Abdulkadyrov KM。人类胎儿肝脏和脾脏造血组织的细胞组成。Arkh Anat Gistol Embriol公司。1984年；86:80–83.-公共医学

[5] Blekhman R、Oshlack A、Chabot AE、Smyth GK、Gilad Y。灵长类动物的基因调控在组织特异性选择压力下进化。公共科学图书馆-遗传学。2008;4:e1000271。doi:10.1371/journal.pgen.1000271。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Blekhman R、Oshlack A、Chabot AE、Smyth GK、Gilad Y。灵长类动物的基因调控在组织特异性选择压力下进化。公共科学图书馆-遗传学。2008;4:e1000271。doi:10.1371/journal.pgen.1000271。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Britten RJ，Davidson EH。重复和非重复DNA序列以及对进化新颖性起源的推测。Q生物评论。1971;46:111–138.-公共医学

[8] Britten RJ，Davidson EH。重复和非重复DNA序列以及对进化新颖性起源的推测。Q生物评论。1971;46:111–138.-公共医学

[9] Calarco JA，Xing Y，Caceres M，Calarco JP，Xiao X，Pan Q，Lee C，Preuss TM，Blencowe BJ。人类和黑猩猩选择性剪接差异的全球分析。基因与发育2007；21:2963–2975。-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Calarco JA，Xing Y，Caceres M，Calarco JP，Xiao X，Pan Q，Lee C，Preuss TM，Blencowe BJ。人类和黑猩猩选择性剪接差异的全球分析。基因与发育2007；21:2963–2975。-项目管理咨询公司-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

灵长类的性别特异性和谱系特异性选择性剪接

附属

灵长类的性别特异性和谱系特异性选择性剪接

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源