Chromatin profiling by directly sequencing small quantities of immunoprecipitated DNA

doi:10.1038/nmeth.1404

.2010年1月；7(1):47-9.

doi:10.1038/nmeth.1404。 Epub 2009年11月29日。

通过直接测序少量免疫沉淀DNA进行染色质分析

阿隆·戈伦¹, 法提赫·奥兹索拉克, 诺姆·肖雷什, Manching Ku公司, 马扎尔·阿德利, 克里斯哈特, 梅丽莎·金姆雷克, 或者Zuk, 阿维夫·雷格夫, 帕特里斯·米洛斯, 布拉德利·E·伯恩斯坦

附属公司

采购管理信息： 19946276
预防性维修识别码：项目经理2862482
DOI（操作界面）： 1038/nmeth.1404年10月10日

通过直接测序少量免疫沉淀DNA进行染色质分析

阿隆·戈伦等。 Nat方法. 2010年1月.

.2010年1月；7（1）：47-9。

doi:10.1038/nmeth.1404。 Epub 2009年11月29日。

作者

阿隆·戈伦¹, 法提赫·奥兹索拉克, 诺姆·肖雷什, Manching Ku公司, 马扎尔·阿德利, 克里斯哈特, 梅丽莎·金姆雷克, 或者祖克, 阿维夫·雷格夫, 帕特里斯·米洛斯, 布拉德利·E·伯恩斯坦

附属

¹哈佛大学博大学院和美国马萨诸塞州剑桥市麻省理工学院。

采购管理信息： 19946276
预防性维修识别码：项目经理2862482
DOI（操作界面）： 1038/nmeth.1404年10月10日

摘要

染色质结构和转录因子定位可以通过对由蛋白质占有率或其他属性分馏的基因组DNA进行测序来分析全基因组，但当前的技术涉及多个步骤，会带来偏见和效率低下。在这里，我们应用单分子方法，以最小的样本操作直接对染色质免疫沉淀DNA进行序列测定。这种方法只适用于50 pg的DNA，因此有助于绘制有限细胞群的染色质图谱。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争性金融利益清单

存在潜在的竞争利益-

F.O.C.H.和P.M.M.是Helicos生物科学公司的员工。

数字

**图1。Illumina或Helicos测序获得的ChIP-Seq数据的比较**
(一)基因组轨迹显示ChIP-seq数据（I，Illumina；H，Helicos）。所示为小鼠ES细胞300kb区域CTCF（黑色）、H3K4me3（绿色）、H3G27me3（红色）和H3K36me3（蓝色）的富集曲线。UCSC已知基因轨迹显示在剖面图下方。(b条)Illumina或Helicos测序的ChIP数据组蛋白修饰的定量比较。散点图显示了基因组中H3K4me3（1kb箱子）、H3K27me3（5kb箱子。每个图上显示的是皮尔逊相关系数ρ。(**c（c）**)CTCF ChIP-Seq数据的定量比较。维恩图显示了由Illumina（红色）或Helicos（蓝色）确定的CTCF结合的前20000个基因组位置之间的重叠。这些比较证实了在各自平台上收集的数据具有很强的一致性。

**图2。与SGST程序相关的实验偏差**
通过Illumina（蓝色）或Helicos（黑色）分析的未富集对照“全细胞提取物”（WCE）样品获得的标准化读取密度绘制为100bp窗口GC百分比的函数。通过计算模拟获得的理论“预期”分布显示为红色（随机）。Illumina数据适度高估了GC含量约为40–65%的地区的读数，而Helicos数据显示，GC含量在20–80%之间的分布相对均匀。

**图3。少量样本的ChIP-Seq数据比较**
(一)基因组视图显示使用Illumina（I）、标准Helicos（H）或小样本Helicos方法（H 150pg和H 50pg）获得的H3K4me3 ChIP-seq数据。显示了小鼠ES细胞中440kb区域的富集信号。UCSC已知基因轨迹显示在剖面图下方。(**b–c类**)ChIP-Seq数据来自50微克样品，与来自3纳克或150微克样品的数据进行比较。散点图显示基因组中1kb箱子的H3K4me3信号。每次比较均显示皮尔逊相关系数ρ。(d日)基因组视图显示通过Illumina（I）、标准Helicos（H）或小样本Helicos方法（H 200pg）获得的小鼠ES细胞300kb区域的ChIP-seq数据。这些数据集没有被截断，因此具有不同的读取数。(**e（电子）**)通过Helicos对200微克或3毫微克ChIP DNA进行测序得出的CTCF ChIP-Seq数据的定量比较。维恩图显示了每个数据集中前20000个富集基因组位置之间的重叠。

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