BioGPS: an extensible and customizable portal for querying and organizing gene annotation resources

doi:10.1186/gb-2009-10-11-r130

.2009;10（11）：R130。

doi:10.1186/gb-2009-10-11-r130。 Epub 2009年11月17日。

BioGPS：用于查询和组织基因注释资源的可扩展和可定制门户

吴春蕾¹, 卡米洛·奥罗斯科, 詹森博耶, 马克·莱格利塞, 古德尔, 谢尔盖·巴塔洛夫, 克里斯托弗·霍奇, 詹姆斯·哈斯, 杰夫·琼斯, Jon W Huss第三, 安德鲁·苏一世

附属公司

PMID： 19919682
预防性维修识别码：项目经理3091323
内政部： 10.1186/gb-2009-10-11-r130

BioGPS：用于查询和组织基因注释资源的可扩展和可定制门户

吴春雷等。基因组生物学. 2009.

.2009;10（11）：R130。

doi:10.1186/gb-2009-10-11-r130。 Epub 2009年11月17日。

作者

吴春雷¹, 卡米洛·奥罗斯科, 詹森博耶, 马克·莱格利塞, 古德尔, 谢尔盖·巴塔洛夫, 克里斯托弗·霍奇, 詹姆斯·哈斯, 杰夫·琼斯, Jon W Huss第三, 安德鲁·苏一世

附属

¹诺华研究基金会基因组研究所，10675 John Jay Hopkins Dr，San Diego，CA 92121，USA。cwu@gnf.org

PMID： 19919682
预防性维修识别码：项目经理3091323
内政部： 10.1186/gb-2009-10-11-r130

摘要

在线基因注释资源对于基因组数据的分析是不可或缺的。然而，这些在线资源的版图高度分散，科学家经常访问几十个候选基因列表中每个基因的网站。这里，我们介绍BioGPShttp://biops.gnf.org是一个集中的基因门户，用于聚合分布式基因注释资源。此外，BioGPS包含社区智能的原则，使任何用户都可以轻松直接地为BioGPS平台做出贡献。

PubMed免责声明

数字

图1
BioGPS示意图。在步骤1中，用户在web浏览器中加载BioGPS站点并输入查询（此处为“CDK2”）。在步骤2中，web浏览器将查询传输到BioGPS服务器。在步骤3中，BioGPS将查询解析为一个基因实体，并返回插件库中插件的完整格式URL。在步骤4中，用户的web浏览器从插件提供者检索感兴趣基因的内容，并将其呈现在可定制的BioGPS布局中。

图2
BioGPS插件的部分列表。通过替换上述URL模板中的特定于基因的变量，可以形成有效的URL。例如，对于基因*CDK2型*，｛｛Symbol｝｝＝CDK2，｛｛EntrezGene｝｝＝1017（对于小鼠为12566），｛｛EnsemblGene｝｝＝ENSG00000123374，｛｛HGNC｝｝＝1771，｛｛HPRD｝＝00310，｛｛MGI｝＝104772，｛｛RGD｝＝70486。插件URL模板还可以使用Unigene ID、RefSeq转录或蛋白质ID、蛋白质数据库（PDB）ID和联机孟德尔人类遗传（OMIM）登录的变量。

图3
自定义BioGPS基因报告布局的屏幕截图*CDK2型*。注册用户可以使用插件库中的任何插件轻松创建自定义布局。每个插件都在自己的窗口中呈现，可以使用标准控件移动、调整大小和最大化。

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