edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data

doi:10.1093/bioinformatics/btp616

.2010年1月1日；26(1):139-40.

doi:10.1093/bioinformatics/btp616。 Epub 2009年11月11日。

edgeR：一种用于数字基因表达数据差异表达分析的生物导体软件包

马克·D·罗宾逊¹, 戴维斯·麦卡锡, 戈登·K·史密斯

附属公司

采购管理信息： 19910308
预防性维修识别码：项目经理2796818
DOI（操作界面）： 10.1093/生物信息学/btp616

edgeR：用于数字基因表达数据差异表达分析的Bioconductor软件包

马克·D·罗宾逊等。生物信息学. 2010.

.2010年1月1日；26(1):139-40.

doi:10.1093/bioinformatics/btp616。 Epub 2009年11月11日。

作者

马克·D·罗宾逊¹, 戴维斯·麦卡锡, 戈登·史密斯

附属

¹澳大利亚新南威尔士州达林赫斯特维多利亚街384号加文医学研究所癌症项目，2010年。mrobinson@wehi.edu.au

采购管理信息： 19910308
预防性维修识别码：项目经理2796818
DOI（操作界面）： 10.1093/生物信息学/btp616

摘要

总结：预计在不久的将来，新兴的数字基因表达（DGE）技术将在许多功能基因组学应用中取代微阵列技术。基本数据分析任务之一，尤其是基因表达研究，涉及确定是否有证据表明转录本或外显子的计数在不同实验条件下存在显著差异。edgeR是一个生物导体软件包，用于检查复制计数数据的差异表达。过度分散的泊松模型用于解释生物和技术变异性。经验贝叶斯方法用于调节转录本之间的过度分散程度，提高推断的可靠性。只要复制至少一种表型或实验条件，即使复制水平最低，也可以使用该方法。除测序数据外，该软件还可能具有其他应用，如蛋白质组肽计数数据。

可用性：该软件包在LGPL许可下可从Bioconductor网站免费获得(http://bioconductor.org).

PubMed免责声明

数字

**图1。**
DGE数据可以可视化为“MA”图（对数比与丰度），就像微阵列数据一样，每个点代表一个基因。该图显示了DHT刺激与对照LNCaP细胞的RNA-seq基因表达，如Li等。(2008). 左侧点的涂片表示仅在一组重复样本中观察到基因，标记为“×”的点表示前500个差异表达基因。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

Codelink：用于分析GE医疗保健基因表达生物阵列的R包。
Diez D、Alvarez R、Dopazo A。 Diez D等人。生物信息学。2007年5月1日；23(9):1168-9. doi:10.1093/bioinformatics/btm072。Epub 2007年3月7日。生物信息学。2007 采购管理信息：17344240
oneChannelGUI：生物导体工具的图形界面，专为不熟悉R语言的生命科学家设计。
Sanges R、Cordero F、Calogero RA。 Sanges R等人。生物信息学。2007年12月15日；23(24):3406-8. doi:10.1093/bioinformatics/btm469。Epub 2007年9月17日。生物信息学。2007 采购管理信息：17875544
SScore：用于检测差异基因表达的R包，无需基因表达摘要。
Kennedy RE、Kerns RT、Kong X、Archer KJ、Miles MF。 Kennedy RE等人。生物信息学。2006年5月15日；22(10):1272-4. doi:10.1093/bioinformatics/btl108。Epub 2006年3月30日。生物信息学。2006 采购管理信息：16574698
微阵列数据的预处理和差异表达分析。
杜林克S。杜林克S。方法分子生物学。2008;452:89-110. doi:10.1007/978-1-60327-159-2_4。方法分子生物学。2008 采购管理信息：18563370 审查。
微阵列数据分析的开源软件。
Dudoit S、RC绅士、Quackenbush J。 Dudoit S等人。生物技术。2003年3月；补充：45-51。生物技术。2003 采购管理信息：12664684 审查。

查看所有类似文章

引用人

IFI16通过IL6/PI3K/AKT轴促进肾透明细胞癌的进展。
Lu K、Zhao Y、Li Y、Fu Z、Chen Y、Kong Y和Li G。 Lu K等人。翻译医学杂志，2024年6月3日；22(1):533. doi:10.1186/s12967-024-05354-w。《运输医学杂志》，2024年。采购管理信息：38831470
多场景下单细胞和空间解析转录组学数据模拟的实用指南系统评估。
多赫、李毅、兰毅、陶杰、杨Q、肖毅、孙杰、李莉、聂X、张X、梁G、刘M、郝毅、李波。 Duo H等人。基因组生物学。2024年6月3日；25(1):145. doi:10.1186/s13059-024-03290-y。基因组生物学。2024 采购管理信息：38831386
被僵尸蠕虫钩住了？日本血吸虫（环节动物门）鬃毛形成的遗传蓝图。
Tilic E、Miyamoto N、Herranz M、Worsaae K。 Tilic E等人。埃沃德沃。2024年6月4日；15(1):7. doi:10.1186/s13227-024-00227-1。埃沃德沃。2024 采购管理信息：38831357
营养水平控制植物根系对高温的生长反应。
Lee S、Showalter J、Zhang L、Cassin-Ross G、Rouached H、Busch W。 Lee S等人。国家公社。2024年6月1日；15(1):4689. doi:10.1038/s41467-024-49180-6。国家公社。2024 采购管理信息：38824148 免费PMC文章。
轴丝内含子剪接程序维持疟原虫雄性的发育。
关J、吴平、莫X、张X、梁伟、张X，蒋L、李J、崔H、袁J。 Guan J等。国家公社。2024年6月1日；15(1):4697. doi:10.1038/s41467-024-49002-9。国家公社。2024 采购管理信息：38824128 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Andersson AF等人。通过条形码焦磷酸测序对人类肠道微生物群进行比较分析。《公共科学图书馆·综合》。2008;3:e2836。-项目管理咨询公司-公共医学
1. 《生物导体：计算生物学和生物信息学的开放软件开发》。基因组生物学。2004;5:R80。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Li H，等。数字转录组分析所需标签密度的测定：应用于雄激素敏感性前列腺癌模型。程序。美国国家科学院。科学。美国2008年；105:20179–20184.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Marioni JC等人。RNA-seq：技术再现性评估和与基因表达阵列的比较。基因组研究2008；18:1509–1517.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Robinson医学博士、Smyth GK。用于评估标记丰度差异的适度统计测试。生物信息学。2007;23:2881–2887.-公共医学

出版物类型

行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动

LinkOut-更多资源

全文源
其他文献来源
- 镜片-专利引文

[1] Andersson AF等人。通过条形码焦磷酸测序对人类肠道微生物群进行比较分析。《公共科学图书馆·综合》。2008;3:e2836。-项目管理咨询公司-公共医学

[2] Andersson AF等人。通过条形码焦磷酸测序对人类肠道微生物群进行比较分析。《公共科学图书馆·综合》。2008;3:e2836。-项目管理咨询公司-公共医学

[3] 《生物导体：计算生物学和生物信息学的开放软件开发》。基因组生物学。2004;5:R80。-项目管理咨询公司-公共医学

[4] 《生物导体：计算生物学和生物信息学的开放软件开发》。基因组生物学。2004;5:R80。-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Li H，等。数字转录组分析所需标签密度的测定：应用于雄激素敏感性前列腺癌模型。程序。美国国家科学院。科学。美国2008年；105:20179–20184.-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Li H，等。数字转录组分析所需标签密度的测定：应用于雄激素敏感性前列腺癌模型。程序。美国国家科学院。科学。美国2008年；105:20179–20184.-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Marioni JC等人。RNA-seq：技术再现性评估和与基因表达阵列的比较。基因组研究2008；18:1509–1517.-项目管理咨询公司-公共医学

[8] Marioni JC等人。RNA-seq：技术再现性评估和与基因表达阵列的比较。基因组研究2008；18:1509–1517.-项目管理咨询公司-公共医学

[9] Robinson医学博士、Smyth GK。用于评估标记丰度差异的适度统计测试。生物信息学。2007;23:2881–2887.-公共医学

[10] Robinson医学博士、Smyth GK。用于评估标记丰度差异的适度统计测试。生物信息学。2007;23:2881–2887.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

edgeR：一种用于数字基因表达数据差异表达分析的生物导体软件包

附属

edgeR：用于数字基因表达数据差异表达分析的Bioconductor软件包

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

相关信息

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源