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.2010年1月；38（数据库问题）：D227-33。
doi:10.1093/nar/gkp971。 Epub 2009年11月5日。

MEROPS：肽酶数据库

尼尔·D·罗林斯 1, 阿兰·巴雷特, 亚历克斯·贝特曼
附属公司

MEROPS：肽酶数据库

尼尔·D·罗林斯等。 核酸研究. 2010年1月.

摘要

肽酶及其底物和抑制剂与生物学、医学和生物技术有着密切的关系。MEROPS数据库(http://merops.sanger.ac.uk)旨在满足对这些信息的综合来源的需求。该数据库有一个层次分类，其中肽酶和蛋白质抑制剂的同源组被归类为蛋白质物种，这些蛋白质物种被归类为家族，而家族又被归类为氏族。分类框架用于在每个级别附加信息。该数据库的一个重要重点是通过识别肽酶在哪里切割底物以及与哪些抑制剂相互作用方面的特异性来区分一种肽酶和另一种肽酶。我们在蛋白质、肽和合成底物中收集了39000多个已知的切割位点。这使我们能够显示肽酶的特异性和蛋白质底物的排列，以指示切割位点的保存情况，从而显示其可能的生理相关性。虽然新肽酶家族和家族的数量增长缓慢，但完整基因组的数量却大幅增加。这使我们能够在相关物种页面上添加分析工具，以显示肽酶基因相对于相关物种的显著增减。

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图1。
图1。
太古宙全序列基因组中肽酶同源物的分析Cenarchium共生。该图摘自MEROPS公司网站。肽酶同系物列表按字母顺序排列MEROPS公司标识符显示在顶部面板中，基因组分析显示在页面底部。蛋白质组的肽酶部分C.共生体（12） 已与Thermoprotei类17种其他物种进行了比较。肽酶家族C26、C44、M38、M48、S9和U62的成员的意外缺失，以及肽酶家族M3的同源物的意外存在。在比较的物种中，C.共生体肽酶家族M20同源物数量最少，但肽酶家族S8同源物数量最多。大量缺失肽酶家族可能表明该内共生体基因组退化。
图2。
图2。
肽酶亚家族M12B全型的结构域。该图摘自肽酶亚家族M12B（adamalysins）的域结构页MEROPS公司网站。显示了选择的完整型蛋白质的区域和结构域的排列。结构从页面顶部按以下顺序排列MEROPS公司标识符。肽酶的名称在左边。所有结构均按相同比例绘制。序列长度由淡蓝色线表示。由确定的区域和域MEROPS公司UniProt数据库（7）中的Pfam数据库和Swiss-Prot条目在此栏上显示为彩色矩形。在中分类的域MEROPS公司数据库显示为稍大的方框，绿色表示肽酶单元，灰色表示抑制剂单元（未显示）。这个MEROPS公司标识符以黑色文本显示在中间。来自Pfam数据库（13）的域显示为较小的深红色矩形，域名为白色文本。点击框后，用户将进入相关Pfam条目。Swiss-Prot的区域包括信号肽和跨膜区域（黑色显示为更小的方框）和前肽（深灰色）。活性部位残留物（红色“棒棒糖”）和金属配体（蓝色“棒棒糖糖”）显示在底部边缘。碳水化合物结合残基（橙色“棒棒糖”）和二硫键（连接半胱氨酸的黑线）显示在顶部边缘。在所有情况下，鼠标悬停在文本上可显示功能的详细信息。
图3。
图3。
底物蛋白质序列比对的示例。该图取自MEROPS公司网站和显示了人类C–X–C基序趋化因子11及其密切同源物的蛋白质序列比对，显示了基质金属肽酶8（MMP8，M10.002）裂解位点84（14）附近的保守性。发现卵裂的蛋白质序列以绿色突出显示。残留物按此顺序编号。这个MEROPS公司左边的残基数下面显示了已知能裂解这种底物的肽酶的标识符。每个旁边的箭头MEROPS公司标识符显示了实验中使用的肽片段的残基范围，在大多数情况下是没有信号肽的成熟蛋白（显示了残基22处的信号肽酶切割）。问号而不是尖括号表示终点尚未确定。剪式债券符号(公式图像)显示解理发生的位置。可以单击每个符号，并突出显示对齐，以显示解理位置周围的保护。突出显示了每个裂解位点（P4–P4′）（6）两侧的四个残基。完全保守的残基以橙色突出显示。尽管在本例中未显示，以粉红色突出显示的残基不会被保存，但在另一MMP8底物中的相同位置可以观察到氨基酸。欧洲雪貂序列中的Ile84(臭鼬)标记为UniProt A8DBL7的，显示为黑色背景，因为任何MMP8底物在此位置都不知道异亮氨酸。最后一行显示了二级结构：α螺旋线显示为一系列以红色突出显示的“a”，而链显示为以绿色突出显示的一系列“b”。该示例表明，MMP8能够在α螺旋内裂解该蛋白底物。
图4。
图4。
肽酶特异性的比较。该图显示了来自MEROPS公司网站。显示了肽酶对氨基酸脯氨酸的偏好。这个MEROPS公司左边显示了肽酶的标识符和名称，以及MEROPS公司收藏。当脯氨酸出现在40%或更多底物的相同位置时，细胞以绿色突出显示，并且显示了在该位置具有脯氨酸的底物的百分比。只有当已知10个或更多肽酶底物时，细胞才会突出显示。如果没有结合囊来容纳底物残基，例如氨肽酶的位置P4、P3和P2或羧肽酶的P2′、P3′和P4′，则这些细胞以灰色突出显示。
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