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.2010年4月；18(4):407-13.
doi:10.1038/ejhg.2009.190。 Epub 2009年11月4日。

基于SNP纯合子谱的巴勒斯坦家庭遗传性耳聋的五个新基因座

哈希姆·沙欣 1, 汤姆·沃尔什, 阿马尔·阿布·雷扬, 明·K·李, 杰克·希金斯, 黛安·迪克尔, 克里斯滕·刘易斯, 汤普森, 卡尔·贝克, 亚历克斯·S·诺德, 星期日流浪, 大卫·古维茨, 凯伦·阿夫拉罕（Karen B Avraham）, 玛丽·克莱尔·金, 莫伊恩·卡南
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基于SNP纯合子谱的巴勒斯坦家庭遗传性耳聋的五个新基因座

哈希姆·沙欣等人。 欧洲人类遗传学杂志. 2010年4月.

摘要

在血缘关系高且隐性表型流行率高的社区中，利用SNP阵列进行纯合子定位是一种有效的基因发现方法。在20个患有语言前非综合征性听力损失的巴勒斯坦家族中，我们生成了反映与表型关联的纯合子谱。家庭规模从有两个受累孩子的核心小家庭，一个未受影响的兄弟姐妹，以及父母到有12个受影响亲属的多代亲属。通过将未受影响的父母和兄弟姐妹包括在内，并对250K SNP阵列进行筛查，即使是小核心家庭也能获得丰富的信息。在14个家族中，我们通过筛选最长纯合区的单个候选基因，确定了导致听力损失的等位基因。新的等位基因包括CDH23、MYO7A、MYO15A、OTOF、PJVK、Pendrin/SLC26A4、TECTA、TMHS和TMPRSS3的错义、无义和剪接位点突变，以及Otoancorin（OTOA）的大基因组缺失。所有点突变在巴勒斯坦人群中都很罕见（288名无关对照组中为零携带者）；OTOA基因缺失的携带频率为1%。在六个家系中，我们在染色体1p13.3（DFNB82）、9p23-p21.2/p13.3-q21.13（DFNB83）、12q14.3-q21.2（DFNB84；两个家系）、14q23.1-q31.1和17p12-q11.2（DFNB85）上确定了可能含有人类听力损失新基因的五个基因组区域。

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数字

图1
图1
巴勒斯坦家庭中的遗传性语前听力损失。受影响个体的听力损失（填充符号）是语言前障碍，阈值>90 dB。父母之间的双杠表示同一婚姻钩突或氏族。只显示登记的个人及其父母。根据完整的系谱信息，听力损失的分离与每个家族的隐性遗传是一致的。
图2
图2
纯合子基因组区域与听力损失相关。每个彩色条代表一个基因组区域，在一个家族中所有聋人的同一单倍型中为纯合子，在同一家族中未受影响的父母或兄弟姐妹中为杂合或纯合子的交替等位基因。染色体臂显示在X轴上；纯合区的长度以Mb为单位显示在Y轴上。绿色条表示已知耳聋基因中具有有害突变的纯合子区域，如表1所示。如表2所示，红色条表示可能含有新耳聋基因的纯合子区域。蓝色条表示纯合子的其他区域。
图3
图3
基因组缺失奥托安科林(OTOA公司). (一)一个独特STS的DO家系和PCR扩增OTOA公司第17内含子位于chr16:21 645 309。STS存在于未受影响的母亲和兄弟姐妹中，而在所有受影响的兄弟姐妹中都不存在。(b条)内部和侧面存在（+）或不存在（−）多个STS耳部来自未受影响的母亲DO1和失聪儿童DO5的基因组DNA。(c)来自巴勒斯坦对照个体HGDP4921和HGDP5043以及来自DO未受影响的母亲DO1和聋子DO5的基因组DNA中16p12.2（chr16:21 200 000–22 000 000）的高分辨率序列CGH。对数零点偏差2探测强度的比率用垂直线表示，与红色和绿色的平均比率相比，比率>1.5个标准偏差，分别表示相对损耗和增益。相似度增加的分段重复（90-98、98-99和>99%）分别用灰色、黄色和橙色条表示。的大小OTOA公司基因座（黑条）为82kb；缺失的大小为320–550kb。在巴勒斯坦听力正常人群中，缺失的载波频率为1%（3/288对照）。
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