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。2009年9月1日；106(35):14849-54.
doi:10.1073/pnas.0907522106。 Epub 2009年8月14日。

基于Get3结构的真核生物尾锚定蛋白结合模型

克里斯蒂安·J·M·苏洛韦 1, 贾斯汀·查特伦, 马扬·扎斯拉弗, 威廉·M·克莱蒙斯
附属公司

基于Get3结构的真核生物尾锚定蛋白结合模型

克里斯蒂安·J·M·苏洛韦等。 美国国家科学院程序。 。

摘要

Get3 ATP酶将尾锚定（TA）蛋白导向内质网（ER）。TA-蛋白的特点是在其末端C末端有一个跨膜螺旋（TM），包括许多基本蛋白质，如SNARE、凋亡因子和蛋白质易位成分。这些蛋白质不能遵循SRP依赖的共翻译途径，这是大多数完整膜蛋白的典型特征；相反，在翻译后，这些蛋白质被Get3识别并结合，然后在ATP依赖的Get途径中传递到ER。为了阐明Get3结合TA蛋白的分子机制，我们测定了酿酒酵母（ScGet3-apo）和烟曲霉（AfGet3-apo-ADP）中apo和ADP形式的三种晶体结构。利用结构信息，我们生成突变体以确定重要的界面和必需残基。这些结果指向了Get3如何将ATP水解与TA-蛋白的结合和释放耦合的模型。

PubMed免责声明

利益冲突声明

作者声明没有利益冲突。

数字

图1。
图1。
Get3的结构。(A类)安阿富汗Get3-ADP单体，二级结构元件编号如所示图S1. (B类)NHD二聚体阿富汗Get3-ADP六聚体。一个单体的颜色从N-（蓝色）渐变到C-（红色），另一个单体色与文本中描述的图案相关：P-loop（绿色）、Switch I（洋红色）、Swit II（蓝色）、A-loop（红色）、SB1（紫色）和SB2（棕色）。(C类)阿富汗Get3-ADP六聚体的不对称单元被单体着色。标注二聚体接口和子单元。三次折叠用三角形表示，二次折叠用椭圆形表示。每个单体SB1的模拟残留物是透明的。核苷酸和桥联二硫化物显示为球体。(D类)臂二聚体阿富汗Get3-ADP六聚体。一个单体颜色渐变，如A类另一种是彩色鲑鱼。(E类)Sc公司Get3模型颜色为紫色，覆盖有阿富汗Get3-ADP单体着色和定向如B类。
图2。
图2。
核苷酸结合囊以及Get3与其他水解酶的比较。(A类)核苷结合囊阿富汗Get3-ADP，残留物显示为木棍。密度是以1.5σ等高线表示的2Fo-Fc省略映射。(B类)ADP形式的带状图Ec公司ArsA（1f48）与ADP、Mg2+（绿色）和配位锑（紫色）作为球体。(C类)以Fe/S团簇（橙色/黄色）为球体的NifH（2nip）的apo形式的带状图。在中的右侧B类和C类单体覆盖层阿富汗Get3 ADP单体（灰色）位于相应的左侧亚基上。标记重要的残基和图案。核苷酸结合基序中的所有残基均按1所示着色B类。
图3。
图3。
保护和疏水表面。(A类)前视图和后视图将一个单体显示为色带，如1所示A类另一个是可接近的表面，显示出保护色，从100%（紫色）到50%的保护色（灰色）。保护基于Get3路线图S1(B类)类似于A类根据Kyte和Doolittle刻度显示疏水性，最疏水的为深黄色。(C类)从顶部看的保护表面。(D类)从顶部观察疏水表面。
图4。
图4。
各种Get3突变体的表型拯救。(A类)在30℃和40℃的SC-Ura平板上筛选野生型启动子并添加2 mM CuSO的质粒上对各种酵母突变体进行斑点平板分析430C和37C温度下。Δ获取3是用只含有启动子的质粒转化的敲除子。基于酵母编号的突变体相对于其表型显示为有色：强（红色）、中等（橙色）、弱（黄色）和无（青色）。(B类)两个视图，一个单体作为可接近表面，另一个根据表型呈带状着色，如A类。
图5。
图5。
类NifH模型。(A类)覆盖阿富汗在开放二聚体和封闭NifH（1m34）样模型中获取3-ADP。这个阿富汗Get3-ADP二聚体，类似于图1B类，按特征用右侧单体着色，左侧用紫色着色。模型化的旋转单体呈浅蓝色。阿富汗K34和桥接的半胱氨酸显示为球体。箭头表示运动方向。(B类)NifH-like模型的守恒曲面向左A类. (C类)NifH-like模型的疏水表面向右A类。
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