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.2009年8月4日;106(31):12855-60.
doi:10.1073/pnas.0901282106。 Epub 2009年7月22日。

牛基因组中反转录转座子和简单重复序列的特征和分布

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牛基因组中反转录转座子和简单重复序列的特征和分布

大卫·L·阿德尔森等。 美国国家科学院程序. .

摘要

哺乳动物中的交错重复序列组成和分布在人类和小鼠基因组中最具特征。牛基因组包含典型的安氏哺乳动物重复序列,但也有大量的长散布的核元素RTE(BovB)元素被认为是从鳞片水平转移过来的。我们对BovB重复序列的分析表明,目前只有少数重复序列可能在牛中发生逆转录转座子。然而,牛L1重复序列(L1-BT)有许多可能的活性拷贝。对BovB和L1 BT的替代率进行比较表明,L1-BT是一个比BovB年轻的重复家庭。与小鼠和人类相比,L1的出现与G+C含量没有负相关。然而,BovB、Bov A2、ART2A和Bov-tA与G+C呈负相关,尽管Bov-tAs相关性较弱。此外,通过对散布和简单序列重复进行全基因组相关性分析,我们通过重复内容确定了基因组区域,这些重复内容似乎定义了祖先和反刍动物的特定基因组区域。这些祖先区域富含L2和MIR重复序列,在牛和人之间基本上是保守的。

PubMed免责声明

利益冲突声明

作者声明没有利益冲突。

数字

图1。
图1。
完整的行道树。从所有完整/全长LINE序列的全局比对中导出的最大似然树。红色三角形表示基于完整ORF内容的潜在活动LINE。
图2。
图2。
重复组的相关性分析。重复组之间以及重复组与片段重复(S列)、基因密度(D列)和G+C含量(C列)之间的成对相关性。根据重复组的所有相关性对其进行聚类。黄色单元格具有非显著相关性(Bonferroni校正后的95%双尾检验)。蓝色细胞表示显著正相关,橙色/红色细胞表示显著负相关。
图3。
图3。
祖先和近代LINE/SINE对的等级相关性。(左侧)每个1.5-Mbp垃圾桶的祖先LINE L2和SINE MIR排名(赖特)最近LINE RTE(BovB)和SINE ART2A对每个1.5-Mbp垃圾箱进行了排名。右上角和左下角的行分别表示高密度垃圾箱和低密度垃圾箱的截止值,并基于排名总和随机分布的预期5%尾部。
图4。
图4。
祖先和新重复群定义了不同的基因组区域。(A类)Btau4组件上显示了具有极端(高和低)祖先(L2/MIR)和最近RTE/ART2A重复密度的1.5-Mbp仓的位置。片段重复的位置用黑色标出。祖先重复往往发生在块中,而最近的重复通常不会发生。高密度祖先重复块和具有高密度最近重复块的箱子之间没有重叠。节段性重复似乎与重复类的高密度或低密度区域没有共同定位。(B类)牛组件上显示了牛和人的祖先(L2/MIR)高密度箱,以及Cow-Net(-25)的整体排列。请注意,染色体的“顶部”对应于靠近x个我们的绘图轴。这个轴对应于牛组件Btau4中以兆碱基对(Mbp)表示的核苷酸坐标。

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引用人

工具书类

    1. Smit AF.人类基因组中散布重复序列的起源。当前操作基因开发1996;6:743–748.-公共医学
    1. Lander ES等人,人类基因组的初步测序和分析。自然。2001;409:860–921.-公共医学
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