Absolute metabolite concentrations and implied enzyme active site occupancy in Escherichia coli

doi:10.1038/nchembio.186

.2009年8月；5(8):593-9.

doi:10.1038/nchembio.186。 Epub 2009年6月28日。

大肠杆菌中的绝对代谢物浓度和隐含酶活性位点占有率

布莱森·D·贝内特¹, 伊丽莎白·金鲍尔, 梅丽莎·高, 罗宾·奥斯特豪特, 斯蒂芬·范迪恩, 约书亚·D·拉比诺维茨

附属公司

PMID： 19561621
预防性维修识别码：项目经理2754216
DOI（操作界面）： 10.1038/nchembio.186号

大肠杆菌中的绝对代谢物浓度和隐含酶活性位点占有率

布莱森·D·贝内特等。自然化学生物. 2009年8月.

.2009年8月；5(8):593-9.

doi:10.1038/nchembio.186。 Epub 2009年6月28日。

作者

布莱森·D·贝内特¹, 伊丽莎白·金鲍尔, 梅丽莎·高, 罗宾·奥斯特豪特, 斯蒂芬·范迪恩, 约书亚·D·拉宾诺维茨

附属

¹美国新泽西州普林斯顿大学化学系和路易斯·西格勒综合基因组研究所。

PMID： 19561621
预防性维修识别码：项目经理2754216
DOI（操作界面）： 10.1038/英寸186

摘要

绝对代谢物浓度对定量了解细胞代谢至关重要，因为浓度会影响自由能和代谢反应速率。在这里，我们使用LC-MS/MS来量化以葡萄糖、甘油或醋酸盐为碳源的需氧、指数增长的大肠杆菌中100多个代谢物浓度。观察到的细胞内代谢物总量约为300 mM。少量代谢物以摩尔为基础支配代谢组，谷氨酸含量最高。大多数底物酶对的代谢物浓度超过K（m）。一个例外是较低的糖酵解，其中中间产物的浓度接近其消耗酶的K（m），并且所有反应都接近平衡。考虑到热力学和渗透约束，这可能有助于实现有效的通量可逆性。这里提供的数据和分析突出了从系统级绝对代谢物浓度数据中识别组织代谢原理的能力。

PubMed免责声明

数字

**图1。被测代谢组的组成**
饼图显示了葡萄糖喂养细胞中不同代谢物的摩尔丰度。氨基酸显示为深蓝色，核苷酸显示为铁锈色，NAD（P）（H）显示为黄色，谷胱甘肽显示为粉红色，中心碳代谢物显示为深绿色，所有其他代谢物均显示为浅蓝色。标记了丰富的代谢物。使用的研磨剂：ATP、腺苷-5’-三磷酸；UTP，尿苷-5’-三磷酸；GTP，鸟苷5'-三磷酸；dTTP，胸腺嘧啶5'-三磷酸；CTP，胞苷-5’-三磷酸；北美⁺烟酰胺腺嘌呤二核苷酸；FBP，果糖-1,6-二磷酸；6-对葡萄糖酸盐、6-磷酸葡萄糖酸盐；己糖-P，葡萄糖-6-磷酸、葡萄糖-1-磷酸和果糖-6-磷酸的组合池；UDP-N-Ac-葡萄糖胺，尿苷-5'-二磷酸N-乙酰-葡萄糖胺；UDPG，尿苷-5’-二磷酸葡萄糖。

**图2。隐含酶活性位点饱和度**
代谢物浓度与钾的关系_米葡萄糖中的消耗酶*大肠杆菌*.纳德⁺显示为绿色方块，ATP显示为黄色方块，NADPH显示为粉红色方块，降解反应显示为蓝色圆圈，中央碳代谢反应（糖酵解、磷酸戊酯途径和TCA循环）显示为橙色圆圈。所有其他数据均显示为灰色钻石。暗线是统一线（其中浓度=K_米)并且细线表示与单位线的10倍偏差。

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中的注释

以绝对值描述的代谢网络。
朔姆堡D。朔姆堡D。自然化学生物。2009年8月；5(8):535-6. doi:10.1038/nchembio0809-535。自然化学生物。2009 PMID：19620991 没有可用的摘要。

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[1] Bajad SU等。通过亲水作用色谱-串联质谱法分离和定量水溶性细胞代谢物。《色谱杂志》A.2006；1125:76–88.-公共医学

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[9] Brauer MJ等。两种不同微生物对饥饿的代谢组学反应的保存。美国国家科学院院刊2006；103:19302–19307.-项目管理咨询公司-公共医学

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