跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2007年8月1日；40（第4部分）：658-674。
doi:10.1107/S0021889807021206。 Epub 2007年7月13日。

相位晶体学软件

艾莉·麦考伊, 拉尔夫·格罗斯·昆斯特里夫, 保罗·D·亚当斯, 马丁·德温, 劳伦特·斯托罗尼, 兰迪·J·里德

相位晶体学软件

艾莉·麦考伊等。 应用结晶仪. .

摘要

Phaser是一个通过分子替换和实验定相方法对大分子晶体结构进行定相的程序。使用最大似然法和多元统计法开发了在Phaser中实现的新型相位算法。对于分子替换，新算法在区分正确解和噪声方面明显优于传统方法，对于单波长反常色散实验相位，新算法考虑了F（+）和F（-）之间的相关性，与使用平均F和异常差值DeltaF的相位相比，相位更好（相对于精细结构给出的相位，平均相位误差更低）。Phaser的设计理念之一是能够实现高度自动化。为此，可以直接从Python调用Phaser（用C++编写），尽管也可以使用传统的CCP4关键字类型输入调用它。相位器是一个平台，用于改进相位方法的未来开发及其向晶体学界发布的版本（包括源代码）。

PubMed免责声明

数字

图1
图1
自动分子替换流程图相位器.
图2
图2
自动化实验阶段化流程图相位器.
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

  • 相位：晶体相位的有向无环图。
    McCoy AJ、Stockwell DH、Sammito MD、Oeffner RD、Hatti KS、Croll TI、Read RJ。 McCoy AJ等人。 晶体学报D结构生物学。2021年1月1日；77（第1部分）：1-10。doi:10.1107/S2059798320014746。Epub 2021年1月1日。 晶体学报D结构生物学。2021 PMID：33404520 免费PMC文章。
  • 序列幻灯片：使用多个侧链假设扩展聚丙氨酸片段以进行相位调整。
    Borges RJ、Meindl K、Triviño J、Sammito M、Medina A、Milán C、Alcorlo M、Hermoso JA、Fontes MRM、Usón I。 Borges RJ等人。 晶体学报D结构生物学。2020年3月1日；76（第3部分）：221-237。doi:10.1107/S2059798320000339。Epub 2020年2月25日。 晶体学报D结构生物学。2020 PMID：32133987 免费PMC文章。
  • 承认错误：用Phaser替换高级分子。
    麦考伊AJ。 麦考伊AJ。 方法分子生物学。2017;1607:421-453. doi:10.1007/978-1-4939-7000-118。 方法分子生物学。2017 PMID：28573584 审查。
  • 实验阶段化：在SHELX中实现的子结构解决方案和密度修改。
    索恩A。 索恩A。 方法分子生物学。2017;1607:357-376. doi:10.1007/978-1-4939-7000-115。 方法分子生物学。2017 PMID：28573581 审查。
  • 在Phaser中使用SAD数据。
    阅读RJ，McCoy AJ。 阅读RJ等人。 晶体学报D生物晶体。2011年4月；67（第4部分）：338-44。doi:10.1107/S0907444910051371。Epub 2011年3月5日。 晶体学报D生物晶体。2011 PMID：21460452 免费PMC文章。
查看所有类似文章

引用人

  • 时钟基因同源物lin-42和kin-20调节秀丽隐杆线虫的昼夜节律。
    Lamberti ML、Spangler RK、Cerdeira V、Ares M、Rivollet L、Ashley GE、Coronado AR、Tripathi S、Spiousas I、Ward JD、Partch CL、Bénard CY、Goya ME、Golombek DA。 Lamberti ML等人。 科学报告2024年6月5日；14(1):12936. doi:10.1038/s41598-024-62303-9。 科学报告2024。 PMID：38839826 免费PMC文章。
  • 毒素-抗毒素模块中和toxSAS的机制。
    Dominguez-Molina L、Kurata T、Cepauskas A、Echemendia-Blanco D、Zedek S、Talavera-Perez A、Atkinson GC、Hauryliuk V、Garcia-Pino A。 Dominguez-Molina L等人。 自然化学生物。2024年6月4日。doi:10.1038/s41589-024-01630-4。打印前在线。 自然化学生物。2024 PMID：38834893
  • 包含激子耦合叶绿素特殊对的蛋白质的从头设计。
    Ennist NM、Wang S、Kennedy MA、Curti M、Sutherland GA、Vasilev C、Redler RL、Maffeis V、Shareef S、Sica AV、Hua AS、Deshmukh AP、Moyer AP、Hicks DR、Swartz AZ、Cacho RA、Novy N、Bera AK、Kang A、Sankaran B、Johnson MP、Phadkule A、Reppert M、Ekiert D、Bhabha G、Stewart L、Caram JR、Stoddard BL、Romero E、Hunter CN、Baker D。 Ennist NM等人。 自然化学生物。2024年6月3日。doi:10.1038/s41589-024-01626-0。打印前在线。 自然化学生物。2024 PMID：38831036
  • 活性位点环构象的变化与向新酶活性的转变有关。
    Jacquet P、Billot R、Shimon A、Hoekstra N、Bergonzi C、Jenks A、Chabrière E、DaudéD、Elias MH。 Jacquet P等人。 JACS Au.2024年4月25日；4(5):1941-1953. doi:10.1021/jacsau.4c00179。eCollection 2024年5月27日。 JACS Au.2024年。 PMID：38818068 免费PMC文章。
  • 具有较大斯托克斯位移的小单体君子兰荧光RNA的结构基础。
    黄坤、宋Q、方M、姚D、沈X、徐X、陈X、朱莉、杨毅、任A。 Huang K等人。 自然化学生物。2024年5月30日。doi:10.1038/s41589-024-01633-1。打印前在线。 自然化学生物。2024 PMID：38816645
查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. Adams，P.D.、Gopal，K.、Grosse-Kunstleve，R.W.、Hung，L.-W.、Ioerger，T.R.、McCoy，A.J.、Moriarty，N.W.、Pai，R.K.、Read，R.J.、Romo，T.D.、Sacchettini，J.C.、Sauter，N.K.、Storoni，L.C.和Terwilliger，T.C.（2004）。J.同步加速器Rad.11，53–55。-公共医学
    1. Adams，P.D.、Grosse-Kunstleve，R.W.、Hung，L.-W.、Ioerger，T.R.、McCoy，A.J.、Moriarty，N.W.，Read，R.J.、Sacchettini，J.C.、Sauter，N.K.和Terwilliger，T.C.（2002年）。《水晶学报》。1948年至1954年第58页。-公共医学
    1. Bahar，I.、Atilgan，A.R.和Erman，B.（1997）。折叠图2173-181。-公共医学
    1. Bricogne，G.和Irwin，J.（1996年）。《高分子精炼：CCP4研究周末会议录》，由E.Dodson、M.Moore、A.Ralph&S.Bailey编辑，第85-92页。沃灵顿：达斯伯里实验室。
    1. Brünger，A.T.（1993）。X-Plor 3.1版。《X射线晶体学和核磁共振系统》耶鲁大学出版社。

LinkOut-更多资源