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.2009年6月;6(6):423-30.
doi:10.1038/nmeth.1333。

HUPO测试样本研究揭示了基于质谱的蛋白质组学的常见问题

合作者,附属公司

HUPO测试样本研究揭示了基于质谱的蛋白质组学的常见问题

亚历山大·贝尔等。 Nat方法. 2009年6月.

摘要

我们进行了一项测试样本研究,试图确定液相色谱-质谱蛋白质组学中导致不可重复性的错误,包括肽取样的不完整性。我们向27个实验室分发了一份等摩尔测试样品,其中包含20种高纯度重组人类蛋白。每个蛋白质都包含一个或多个1250 Da的独特胰蛋白酶肽,用于在质谱仪中进行离子选择和取样测试。在这27个实验室中,只有7个实验室的成员最初正确地报告了所有20种蛋白质,只有1个实验室的人员报告了所有1250 Da的胰蛋白酶肽。然而,对原始数据的集中分析表明,所有27个实验室都检测到了所有20个蛋白质和大多数1250Da肽。我们的集中分析确定漏检(假阴性)、环境污染、数据库匹配和蛋白质鉴定的管理是问题的根源。基于质谱的蛋白质组学需要改进搜索引擎和数据库。

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数字

图1
图1。胰蛋白酶肽的串联质谱数
()在去除单个实验室污染物(包括角蛋白和胰蛋白酶)后,通过对27个实验室(左侧)和(右侧)收集的原始数据进行集中分析,比较蛋白质丰度(总多余肽%)。(b条)对来自所有27个实验室的原始数据进行集中分析,得到20个蛋白质中每个蛋白质(基因符号)的肽热图表示,揭示了给定肽的观察频率及其在蛋白质序列中的位置。蓝色,1250 Da肽;红色,所有其他胰蛋白酶肽。。排除了实验室24的原始数据(参见联机方法). 比例尺表示多余肽的数量。比例尺从1到500肽呈线性。
图2
图2。报告数据和集中分析之间的差异可识别错误报告
针对所有27个实验室(Total)编制的集中分析的肽热图比较,以及以下所选单个实验室的蛋白质数据()ATPAF2(b条)SETD3和(c(c))第二层。蓝色,1250 Da肽;红色,所有其他胰蛋白酶肽。比例尺表示多余肽的数量。缺失的裂解解释了质量为1250 Da的肽的不同遮蔽程度。

中的注释

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引用人

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    1. de Godoy LM等。基于质谱的单倍体与二倍体酵母蛋白质组综合定量。自然。2008;455:1251–4.-公共医学
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