CNV-seq, a new method to detect copy number variation using high-throughput sequencing

doi:10.1186/1471-2105-10-80

.2009年3月6日10:80。

doi:10.1186/1471-2105-10-80。

CNV-seq，一种利用高通量测序检测拷贝数变化的新方法

赵燮¹, 马尔蒂·塔米

附属公司

PMID： 19267900
预防性维修识别码：项目经理2667514
内政部： 10.1186/1471-2105-10-80

CNV-seq，一种利用高通量测序检测拷贝数变化的新方法

赵燮等。 BMC生物信息学. 2009.

.2009年3月6日10:80。

doi:10.1186/1471-2105-10-80。

作者

赵燮¹, 马尔蒂·塔米

附属

¹新加坡国立大学生物科学系。xie@nus.edu.sg

PMID： 19267900
预防性维修识别码：下午667514
内政部： 10.1186/1471-2105-10-80

摘要

背景：DNA拷贝数变异（CNV）被认为是遗传变异的重要来源。阵列比较基因组杂交（aCGH）通常用于CNV检测，但微阵列平台有一些固有的局限性。

结果：在这里，我们描述了一种使用鸟枪测序（CNV-seq）检测拷贝数变化的方法。该方法基于一个稳健的统计模型，该模型描述了完整的分析过程，并允许计算CNV检测的基本置信值。我们的结果表明，读取次数而不是读取长度是决定检测分辨率的关键因素。这有利于快速产生大量短读的下一代测序方法。

结论：对覆盖率在0.1x~8x之间的各种测序方法的模拟显示，总体特异性在91.7~99.9%之间，敏感性在72.2~96.5%之间。我们还展示了两个人类基因组之间CNV的评估结果。

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数字

图1
**aCGH和CNV seq方法中概念步骤的比较**. 1. 这两种情况的起始材料都是来自两个基因组的基因组片段。2.在CNV-seq中，片段是样品并进行了测序。3.将基因组片段直接杂交到阵列上。在CNV-seq中，通过序列比对进行映射。4.在微阵列中，光强度反映杂交片段的数量。在CNV-seq中，直接计算映射读取数。5.数据分析，包括拷贝数比率、置信值等的估计。结果的输出。

图2
**的依赖项第页在CNV-seq中**.的关系第页滑动窗口大小显示为0.1×至8×对数序列覆盖率₂(r’)=0.6，平均读取长度为250个基点。使用方程式（5）计算这些值。窗口长度增加导致概率降低，第页观测比率的r’或更高的欢呼机会。可以通过增加窗口大小来弥补覆盖不足，但这会导致分辨率降低。

图3
**CNV-seq的性能**CNV-seq在模拟454、Sanger和Solexa方法的数据上的性能。结果显示为0.1×–8×覆盖范围（右）和第页-值范围为10^-5个-10^-2（顶部）。每个点代表平均100个模拟，点的大小代表窗口（log₁₀)大小，即使用的分辨率。使用等式（5）来计算窗口大小。

图4
**特异性与窗口大小**为了增加特异性，可以通过牺牲分辨率来使用大于理论最小窗口大小的窗口。显示了理论最小窗口大小的1×、1.5×、2×、3×、4×和5×在8×覆盖率下模拟Solexa测序数据的特异性。

图5
**两个人之间的拷贝数变化**CNV-seq使用来自两个人（Venter和Watson）的猎枪序列数据检测到拷贝数变化。顶部面板显示基因组水平日志2比率图。中间的面板显示了10号染色体的图。底部面板显示了10号染色体上CNV区域的详细视图。中间和底部的红色渐变表示对数₁₀第页根据每个比率进行计算。

图6
**CNV呼叫的置换测试**进行排列测试，以测试CNV呼叫的重要性。直方图显示了与DGV中CNV重叠的CNV调用数。X轴显示与DGV重叠的呼叫数。Y轴显示5000组置换CNV调用中重叠数字的频率。

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