Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome

doi:10.1186/gb-2009-10-3-r25

.2009;10（3）：R25。

doi:10.1186/gb-2009-10-3-r25。 Epub 2009年3月4日。

短DNA序列与人类基因组的超快和高效记忆比对

本·兰美德¹, 科尔·特拉内尔, Mihai流行音乐, 史蒂文·萨尔茨伯格

附属公司

PMID： 19261174
预防性维修识别码： PMC2690996型
内政部： 10.1186/gb-2009-10-3-r25

超快速和记忆有效的短DNA序列与人类基因组的比对

本·兰美德等。基因组生物学. 2009.

.2009;10（3）：R25。

doi:10.1186/gb-2009-10-3-r25。 Epub 2009年3月4日。

作者

本·兰美德¹, 科尔·特拉内尔, Mihai流行音乐, 史蒂文·L·萨尔茨伯格

附属

¹美国马里兰州帕克学院马里兰大学高级计算机研究所生物信息学和计算生物学中心，邮编：20742。langmead@cs.umd.edu

PMID： 19261174
预防性维修识别码： PMC2690996型
内政部： 10.1186/gb-2009-10-3-r25

摘要

Bowtie是一个超快速、节省内存的比对程序，用于将短DNA序列读取与大基因组对齐。对于人类基因组，Burrows-Wheeler索引允许Bowtie将每CPU小时超过2500万次的读取与大约1.3 GB的内存占用对齐。Bowtie扩展了之前的Burrows-Wheeler技术，使用了一种新的质量感知回溯算法，允许不匹配。可以同时使用多个处理器内核以实现更高的对齐速度。Bowtie是开源的(http://bowtie.cbb.umd.edu).

PubMed免责声明

数字

图1
Burrows-Wheeler变换。**（a）**“acaacg”的Burrows-Wheeler矩阵和变换。**（b）**EXACTMATCH采取的步骤，以标识行的范围，从而标识前缀为“aac”的引用后缀集。**（c）**UNPERMUTE重复应用最后一个第一个（LF）映射，以从Burrows-Wheeler变换（最右边的列为黑色）恢复原始文本（顶行为红色）。

图3
Maq类策略的Bowtie算法的三个阶段。三阶段方法可以在最小化回溯的同时，为两种不匹配情况1到4找到对齐。阶段1使用镜像索引并调用对齐器来查找案例1和案例2的对齐。第2阶段和第3阶段合作寻找案例3的对齐：第2阶段仅在hi-half中发现不匹配的部分对齐，第3阶段尝试将这些部分对齐扩展为完全对齐。最后，阶段3调用对齐器来查找案例4的对齐。

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中的注释

对速度的需求。
弗利克P。弗利克P。基因组生物学。2009;10(3):212. doi:10.1186/gb-2009-10-3-122。Epub 2009年3月27日。基因组生物学。2009 PMID：19344490 免费PMC文章。

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