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.2009年4月1日;25(7):964-6.
doi:10.1093/bioinformatics/btp021。 Epub 2009年2月4日。

QVALITY:q值和后验误差概率的非参数估计

附属公司

QVALITY:q值和后验误差概率的非参数估计

卢卡斯·卡尔等。 生物信息学. .

摘要

Qvality是一个C++程序,用于估计两种类型的标准统计置信度:q值,它是包含多次测试校正的p值的模拟,以及后验错误概率(PEP,也称为局部错误发现率),对应于给定观测值从零分布中得出的概率。在计算q值时,qvality使用标准的bootstrap过程来估计分数来自零分布的先验概率;对于PEP估计,qvality依赖于非参数logistic回归。与其他估计统计置信度的工具相比,qvality的独特之处在于它能够直接从零分布估计两种类型的分数,而无需用户计算p值。

可利用性:web服务器、C++源代码和二进制文件在麻省理工学院许可证下提供,网址为http://noble.gs.washington.edu/proj/qvality。

补充信息:补充数据可在生物信息学网站上获得。

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数字

图1。
图1。
应用质量到三个不同的数据集。顶行中的每个面板绘制了观察到的分数分布和(在两种情况下)相应的经验零分布。这三种应用是鸟枪蛋白质组学、数字基因组足迹和DNA模体扫描。第二行面板说明了推断的准确性q个-值,绘制q个-直接从经验零点估计的值和间接通过政治公众人物估计的值。在底部的三个面板中,虚线与线条相对应=2x个=0.5x个.

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