Post-transcriptional processing generates a diversity of 5'-modified long and short RNAs

doi:10.1038/nature07759

.2009年2月19日；457(7232):1028-32.

doi:10.1038/nature07759。 Epub 2009年1月25日。

转录后处理产生多种5'修饰的长RNA和短RNA

Affymetrix ENCODE转录组项目; 冷泉港实验室ENCODE转录组项目

合作者

Katalin Fejes-Toth公司, 维赫拉·索蒂洛娃, 拉维·萨奇达南丹, 戈登·阿萨夫, 格雷戈里·汉农, 菲利普·卡普兰诺夫, 西尔万·福萨克, Aarron T Willingham公司, 拉德哈·杜塔古普塔, 埃里卡·杜梅斯, 托马斯·金戈拉斯

PMID： 19169241
预防性维修识别码：项目经理2719882
DOI（操作界面）： 10.1038/性质07759

转录后处理产生多种5'修饰的长RNA和短RNA

Affymetrix ENCODE转录组项目等人。自然. 2009.

.2009年2月19日；457(7232):1028-32.

doi:10.1038/nature07759。 Epub 2009年1月25日。

作者

Affymetrix ENCODE转录组项目; 冷泉港实验室ENCODE转录组项目

合作者

Katalin Fejes-Toth公司, 维赫拉·索蒂洛娃, 拉维·萨奇达南丹, 戈登·阿萨夫, 格雷戈里·汉农, 菲利普·卡普兰诺夫, 西尔万·福萨克, Aarron T Willingham公司, 拉德哈·杜塔古普塔, 埃里卡·杜梅斯, 托马斯·金戈拉斯

PMID： 19169241
预防性维修识别码：项目经理2719882
DOI（操作界面）： 10.1038/性质07759

摘要

真核细胞的转录体极其复杂。单个非编码RNA使蛋白质编码基因的数量相形见绌，包括人们熟知的类别，以及性质、范围和功能作用不明的类别。人类HeLa和HepG2细胞的小RNA（<200核苷酸）的深度测序显示了物种的显著广度。这些基因来自注释基因内和未注释基因间区域。总的来说，小RNA倾向于与CAGE（基因表达的cap分析）标签对齐，CAGE标签标记长RNA转录物的5’末端。许多小RNA，包括之前描述的启动子相关的小RNA，似乎具有帽结构。一类广泛的小RNA和CAGE标签的成员分布在注释蛋白编码和非编码基因的内部外显子上，有时跨越外显子-外显子连接。这里我们表明，成熟mRNA通过一种尚不清楚的机制进行处理，可能会产生复杂的长RNA和短RNA群体，其明显的5’末端重叠。提供与c-MYC转录起始位点相对应的合成启动子相关的小RNA减少了MYC信使RNA的丰度。本文的研究扩展了细胞小RNA的目录，并证明了至少一类非规范小RNA的生物学影响。

PubMed免责声明

数字

**图1。小RNA的基因组分布**
**a、，**来自测序的sRNAs注释。”Rest’代表未标记的sRNA，过滤线粒体、Y染色体、重复序列和已知sRNA。miRNA，microRNA；ncRNA，非编码RNA。（显示了折叠数据。）**b、，**将未注释的序列映射到注释的基因组标志。as，对应转录物的反义；s、感觉。（折叠数据。）阴影内部部分表示PASR分数。**c、，**sRNAs在TSS上的分布。方向是关于长的成绩单。反义sRNA用不同的年-轴下方。（未折叠的数据。）**日期：，**PASR 5′端的表征。不详。，未经处理。提取U4、5S rRNA和mir-21的5′端序列作为对照。（未折叠数据。）

**图2。sRNA与CAGE标签的相关性**
**a、，**CAGE标签在带注释的TSS上的分布。方向是关于长的成绩单。反义sRNA用不同的年-轴下方。（未折叠数据。）**b、，**PASR（顶部）和非PASR sRNA（底部）在CAGE标记5′周围的分布结束。绘制每个CAGE标记到最近短RNA5′端的距离。（折叠的数据。）

**图3。CAGE标签、sRNAs和注释转录本内显子的相关性**
**a、，**左：映射的CAGE标签5′端跨内部外显子分布。外显子长度标准化为100个片段。右：CAGE标签的分布没有映射到基因组，而是映射到内部外显子的外显子-外显子连接（EEJ）。**b、，**内部CAGE标签的患病率。黑线代表随机抽样中预期的最大外显子（见方法）。颜色对应于每个数据点表示的抄本数量。**c、，**CAGE标签和sRNA覆盖率*载脂蛋白*基因。来自cap-immunopreciption（IP）的sRNAs分别显示。组蛋白H3乙酰化（H3AC）模式如下所示。两个内部外显子被放大。**日期：，**抗cap-免疫沉淀RNA文库的特征。顶部面板：sRNA在总库和IP文库中的表示（未折叠数据）。对于除U4分数外的所有分数，考虑了唯一映射序列。底部面板：内部外显子CAGE 5′端到最近sRNA 5′端的距离（塌陷数据）。

**图4。PASR对基因表达的调节**
**a、，**MYC基因座的表达谱。Affymetrix拼接阵列上HeLa细胞的长短RNA图谱。红色矩形表示设计的合成PASR（MYC_1–5用数字表示，序列信息见补充表2），对应于sRNA阵列轮廓中的峰值。**b、，**逆转录定量PCR检测HeLa细胞MYC mRNA表达水平(n个= 3,*P（P）*值<0.01）。**c、，**PASR转染对HeLa细胞中MYC应答荧光素酶转录报告子的影响以相对光单位（RLU）测量(n个= 2, **P（P）*<0.01, ***P（P）*<0.001). 作为参考，显示了针对荧光素酶（siGL3）的对照33-mer和siRNA。

**图5。基因转录物代谢为长RNA和短RNA多样性的拟议模型**
基因区域的转录产生包含5′帽结构的前体长RNA，如星号所示。在加工成剪接RNA后，蛋白质编码RNA要么被翻译，要么被进一步加工。这种进一步加工需要解理，在某些情况下，还需要添加5′修饰，可能是帽状结构。这些中间产物的额外裂解可以产生一类短RNA，一些还具有帽结构。lRNAs，长RNAs。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

中的注释

分子生物学：RNA的长短。
卡尼奇P。卡尼奇P。自然。2009年2月19日；457(7232):974-5. doi:10.1038/457974b。自然。2009 PMID：19225515 没有可用的摘要。

类似文章

植物线粒体RNA 5'端成熟。
粘合剂S、Stoll K、Stoll B。粘合剂S等。物理植物。2016年7月；157(3):280-8. doi:10.1111/pl.12423。Epub 2016年3月23日。物理植物。2016 PMID：26833432 审查。
通过测序探索长非编码RNA。
Atkinson SR、Marguerat S、Bähler J。 Atkinson SR等人。精液细胞开发生物学。2012年4月；23（2）：200-5。doi:10.1016/j.semcdb2011.12.003。Epub 2011年12月20日。精液细胞开发生物学。2012 PMID：22202731 审查。
将代表性不足的基因组DNA模式与tiRNAs联系起来：观察背后的规则和超越。
Cserzo M、Turu G、Varnai P、Hunyady L。 Cserzo M等人。生物直接。2010年9月22日；5:56. doi:10.1186/1745-6150-5-56。生物直接。2010 PMID：20860791 免费PMC文章。
分子生物学：RNA的长短。
卡尼奇P。卡尼奇P。自然。2009年2月19日；457(7232):974-5. doi:10.1038/457974b。自然。2009 PMID：19225515 没有可用的摘要。
梨形四膜虫线粒体蛋白编码基因的表达。
Edqvist J、Burger G、Gray MW。 Edqvist J等人。分子生物学杂志。2000年3月24日；297(2):381-93. doi:10.1006/jmbi.2000.3530。分子生物学杂志。2000 PMID：10715208

查看所有类似文章

引用人

转录组测序表明，前mRNA剪接抵消了广泛存在的内含子分裂和多聚腺苷化。
Vlasenok M、Margasyuk S、Pervouchine DD。 Vlasenok M等人。 NAR Genom Bioninform公司。2023年5月30日；5（2）：lqad051。doi:10.1093/nargab/lqad051。eCollection 2023年6月。 NAR Genom Bioninform公司。2023 PMID：37260513 免费PMC文章。
长的非编码RNA是细胞质封盖酶的底物。
Mukherjee A、Islam S、Kieser RE、Kiss DL、Mukherjie C。 Mukherjee A等人。 FEBS信函。2023年4月；597(7):947-961. doi:10.1002/1873-3468.14603。Epub 2023年3月15日。 FEBS信函。2023 PMID：36856012 免费PMC文章。
来自蛋白编码基因转录产物的多功能人类小RNA存在的证据。
高峰、王峰、曹H、陈毅、刁毅、卡普兰诺夫P。 Gao F等。国际分子科学杂志。2023年2月19日；24(4):4163. doi:10.3390/ijms24044163。国际分子科学杂志。2023 PMID：36835575 免费PMC文章。
长非编码RNA：定义、功能、挑战和建议。
Mattick JS、Amaral PP、Carninci P、Carpenter S、Chang HY、Chen LL、Chen R、Dean C、Dinger ME、Fitzgerald KA、Gingeras TR、Guttman M、Hirose T、Huarte M、Johnson R、Kanduri C、Kapranov P、Lawrence JB、Lee JT、Mendell JT、Mercer TR、Moore KJ、Nakagawa S、Rinn JL、Spector DL、Ulitsky I、Wan Y、Wilusz JE、Wu M。 Mattick JS等人。 Nat Rev摩尔细胞生物学。2023年6月；24(6):430-447. doi:10.1038/s41580-022-00566-8。Epub 2023年1月3日。 Nat Rev摩尔细胞生物学。2023 PMID：36596869 免费PMC文章。审查。
非编码RNA介导的长调控网络分析小菜蛾作为对的回应绿僵菌感染。
Zafar J、Huang J、Xu X、Jin F。 Zafar J等人。昆虫。2022年10月9日；13(10):916. doi:10.3390/昆虫13100916。昆虫。2022 PMID：36292864 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Birney E等人。通过ENCODE试点项目鉴定和分析人类基因组中1%的功能元件。自然。2007;447:799–816.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Shiraki T等。用于高通量分析转录起点和识别启动子用法的Cap分析基因表达。美国国家科学院院刊，2003年；100:15776–15781.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Kapranov P、Willingham AT、Gingeras TR。基因组全转录及其对基因组组织的影响。《遗传学自然评论》。2007;8:413–423.-公共医学
1. Kapranov P等人。RNA图谱揭示了新的RNA类别和普遍转录的可能功能。科学。2007;316:1484–1488.-公共医学
1. 下一代测序技术对遗传学的影响。趋势Genet。2008;24:133–141.-公共医学

出版物类型

行动
行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动
行动
行动
行动

关联数据

行动
- 在PubMed中搜索
- 在GEO中搜索

赠款和资金

LinkOut-更多资源

[1] Birney E等人。通过ENCODE试点项目鉴定和分析人类基因组中1%的功能元件。自然。2007;447:799–816.-项目管理咨询公司-公共医学

[2] Birney E等人。通过ENCODE试点项目鉴定和分析人类基因组中1%的功能元件。自然。2007;447:799–816.-项目管理咨询公司-公共医学

[3] Shiraki T等。用于高通量分析转录起点和识别启动子用法的Cap分析基因表达。美国国家科学院院刊，2003年；100:15776–15781.-项目管理咨询公司-公共医学

[4] Shiraki T等。用于高通量分析转录起点和识别启动子用法的Cap分析基因表达。美国国家科学院院刊，2003年；100:15776–15781.-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Kapranov P、Willingham AT、Gingeras TR。基因组全转录及其对基因组组织的影响。《遗传学自然评论》。2007;8:413–423.-公共医学

[6] Kapranov P、Willingham AT、Gingeras TR。基因组全转录及其对基因组组织的影响。《遗传学自然评论》。2007;8:413–423.-公共医学

[7] Kapranov P等人。RNA图谱揭示了新的RNA类别和普遍转录的可能功能。科学。2007;316:1484–1488.-公共医学

[8] Kapranov P等人。RNA图谱揭示了新的RNA类别和普遍转录的可能功能。科学。2007;316:1484–1488.-公共医学

[9] 下一代测序技术对遗传学的影响。趋势Genet。2008;24:133–141.-公共医学

[10] 下一代测序技术对遗传学的影响。趋势Genet。2008;24:133–141.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

转录后处理产生多种5'修饰的长RNA和短RNA

合作者

转录后处理产生多种5'修饰的长RNA和短RNA

作者

合作者

摘要

数字

中的注释

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

关联数据

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

其他

摘要

数字

中的注释

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

关联数据

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

其他