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.2009年1月14日10时22分。
doi:10.1186/1471-2164-10-22。

BioMart——简化生物查询

达米安·斯梅德利 1, 赛义德·海德尔, Benoit Ballester公司, 理查德·霍兰德, 达林伦敦, 古德蒙多·托里松, 阿雷克·卡斯普日克
附属公司

BioMart——简化生物查询

达米安·斯梅德利等人。 BMC基因组学. .

摘要

背景：生物学家需要执行复杂的查询，通常需要跨各种数据库进行查询。通常，每个数据资源都提供一个高级查询接口，生物学家在开始查询之前必须学习每个接口。通常，需要多个数据源，为了进行高通量分析，在网站之间剪切和粘贴结果当然非常耗时。因此，许多团体依赖本地生物信息学支持，通过访问资源的编程接口（如果存在）来处理查询。就成本和时间而言，这不是一个有效的解决方案。相反，如果生物学家只需要学习一个通用接口，那就更好了。BioMart提供了这样的解决方案。

结果：BioMart使科学家能够通过单个web界面执行生物数据源的高级查询。该系统的强大功能来自于对数据源的综合查询，而不考虑其地理位置。一旦定义了这些查询，它们就可以通过其“点击按钮时编写脚本”功能实现自动化。BioMart的功能通过与几个广泛使用的软件包集成而得到扩展，这些软件包包括BioConductor、DAS、Galaxy、Cytoscape、Taverna。在本文中，我们从用户的角度描述了BioMart的各个方面，并演示了如何使用它来解决实际的生物用例，例如SNP选择用于候选基因筛选或微阵列结果注释。

结论：BioMart是一个易于使用、通用和可扩展的系统，因此已成为大型数据资源的一个组成部分，包括Ensembl、UniProt、HapMap、Wormbase、Gramene、Dictybase、PRIDE、MSD和Reactome。BioMart可在以下位置免费使用http://www.biorart.org。

PubMed免责声明

数字

图1
图1
BioMart查询显示，St18基因是1号染色体前10 Mb中唯一一个被国际小鼠突变联盟注释为“靶向完全”的小鼠基因这包括：（A）选择乐团小家鼠基因数据集，（B）设置过滤器，（C）设置属性，（D）查看结果，以及（E）添加基因靶向数据集，以仅获取已达到“靶向完成”状态的基因。
图2
图2
（A） 序列输出选项和（B）在使用Affymetrix HG-U95Av2探针的微阵列实验中发现上调的所有基因的FASTA输出这里选择了第一外显子上游1000 bp，以及集合基因Id和FASTA头部基因的染色体位置。
图3
图3
使用BioMart进行候选基因鉴定（A）致心律失常性右心室发育不良（ARVD）基因定位于14q24。BioMart确定了该区域的172个基因，这些基因可能会缩小到67个，并在心脏中表达。（B） 根据GO，通过寻找与器官形态发生有关的基因，这可能进一步细化为两个候选基因ZFP36L1和TGFB3，因为已知这种情况会导致广泛的结构异常。现在已知后一种基因与这种疾病有关。（C） BioMart还可用于提取已识别基因的SNP，包括其在基因中的位置，无论是上游、下游、内含子还是编码基因，以及后者是否导致氨基酸替换。
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    1. 生物城http://www.biorart.org网站
    1. BioMart MartView网站http://www.biomert.org/biomart/martview
    1. Gentleman RC、Carey VJ、Bates DM、Bolstad B、Dettling M、Dudoit S、Ellis B、Gautier L、Ge Y、Gentry J、Hornik K、Hothorn T、Huber W、Iacus S、Irizarry R、Leisch F、Li C、Maechler M、Rossini AJ、Sawitzki G、Smith C、Smyth G、Tierney L、Yang JY、Zhang J.生物导体：计算生物学和生物信息学的开放软件开发。基因组生物学。2004;5:R80。doi:10.1186/gb-2004-5-10-r80。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学
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