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.2008年12月19日；322(5909):1845-8.
doi:10.1126/science.1162228。 Epub 2008年12月4日。

新的RNA测序揭示了人类启动子的广泛暂停和发散启动

Leighton J Core公司 1, Joshua J瀑布, 约翰·特里斯
附属机构

新的RNA测序揭示了人类启动子的广泛暂停和发散启动

Leighton J Core公司等。 科学. .

摘要

RNA聚合酶是高度调控的分子机器。我们提出了一种绘制全基因组转录参与RNA聚合酶的位置、数量和方向的方法（全球连续测序，GRO-seq）。在这种方法中，核糖核酸分子经过大规模并行测序并映射到基因组。我们发现，启动子近端聚合酶的峰值位于大约30%的人类基因上，转录延伸到信使前RNA 3’裂解之外，反义转录普遍存在。此外，大多数启动子上游都有一个结合的聚合酶，其方向与注释基因相反。这种发散的聚合酶与活性基因相关，但不能有效地延长到启动子之外。这些结果表明，聚合酶和调节因子在广泛的启动子区域上的相互作用决定了生产性转录的方向和效率。

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数字

图1
图1
加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）基因组浏览器上的GRO-seq数据视图示例。第5号染色体上的一个2.5-Mb区域显示GRO-seq读码以1-bp的分辨率与基因组对齐，然后是关于NPM1型基因。Pol II ChIP结果（3）以绿色显示；可映射区域，黑色；GRO-seq读取正链（从左到右），红色；GRO-seq读取负链（从右到左），浅蓝色；RefSeq基因注释，深蓝色。
图2
图2
将GRO-seq读数与TSS和3′端对齐。(A类)相对于基因转录方向，GRO-seq在10-bp窗口中的读码与Ref-seq TSS在正（红）和反（蓝）方向上对齐。(B类)GRO-seq读取基因3′端的侧翼。尖峰与在poly-A位点解理后产生的新5′端重合。终止前，聚合酶密度在下游延伸很大。
图3
图3
暂停与基因活性的比较。通过微阵列或基因下游部分的GRO-seq密度比较聚合酶和转录活性暂停的基因时，发现了四类基因。图中显示了每个类别的示例，UCSC基因组浏览器中显示的轨迹如图1所示。基因名称、暂停索引和P（P）值从上到下分别如下：三人组, 1.1, 0.62;保险丝, 41, 2.8 × 10−43;IZUMO1号机组, 410, 7.6 × 10−3; 和GALP公司（没有读取，因此没有暂停索引）。右边显示了每个类别中代表的基因数量。
图4
图4
启动子近端转录模式与基因活性的相关性。(A类到D类)方框图（每个显示第五、第25、第50、第75和第95个百分位数）显示了启动子近端（PP）有义峰（红色）、发散峰（DP）（蓝色）、暂停指数（绿色）和PP/DP比率（橙色）与基因活性的顶部、中间和底部十分位数的关系。所有十分位数都有显著差异：P（P）<10−9用于所有比较，（D）中最低和中间十分位之间的比较除外(P（P）<10−3). (E类)Pol II和GRO-seq正义（S）和反义（AS）链的ChIP剖面与TSS对齐。(F类)H3ac、H3K4me2和GRO-seq的ChIP剖面与TSS一致。
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中的注释

  • 转录。基因表达——从哪里开始？
    布拉托夫斯基S。 布拉托夫斯基S。 科学。2008年12月19日；322(5909):1804-5. doi:10.1126/science.1168805。 科学。2008 PMID：19095933 免费PMC文章。 没有可用的摘要。

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