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比较研究
.2009年2月；19(2):327-35.
doi:10.1101/gr.073585.107。 Epub 2008年11月24日。

EnsembCompara GeneTrees:脊椎动物的完整、重复软件系统发育树

阿尔伯特·J·维莱拉 1, 杰西卡·塞韦林, 阿贝尔膀胱输尿管, 李恒, 德宾, 伊万·伯尼
附属公司
比较研究

EnsembCompara GeneTrees:脊椎动物的完整、重复软件系统发育树

阿尔伯特·J·维莱拉等人。 基因组研究. 2009年2月.

摘要

我们开发了一个全面的面向基因的系统发育资源EnsembCompara GeneTrees，它基于一个计算管道来处理聚类、多重比对和树生成，包括处理大基因家族。我们开发了两种新的基于非序列的基因树正确性度量，并对许多树方法进行了基准测试。TreeFam的TreeBeST方法显示了我们手中的最佳性能。我们还将这种系统发育方法与用于直系预测的聚类方法进行了比较，结果表明，使用系统发育方法，覆盖范围大大增加。所有数据均以多种格式提供，并将与Ensembl项目保持同步。

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数字

图1。
图1。
EnsembCompara进程的计算管道。
图2。
图2。
示例树上的复制一致性得分图，显示了后续沿袭上不太可能的协调删除。直方图显示了PhyML/RAP和TreeBeST方法的一致性得分分布。PhyML/RAP在低一致性值下具有更高的绝对重复数和更多的重复数。
图3。
图3。
重复一致性得分散点图(x个-axis）与复制节点的引导值进行比较(年-轴）。由于值的数量很大，因此在R中使用基于smoothScatter核的密度函数来显示点的密度。
图4。
图4。
显示人类基因覆盖率不同方法的图(x个-轴）与共时关系中的基因数量(年-轴）。
图5。
图5。
Ensembl的基因树页面的屏幕截图INS（惯性导航系统）（胰岛素肽）基因。这表明啮齿动物中存在两种独立的复制（导致在1中和2英寸基因）和硬骨鱼类。复制节点显示为红色方块，而物种形成节点显示为蓝色。绿色条指向正确的提供多重比对的图形视图，显示仓鼠的部分基因结构(Cavia p公司.），猫(费利斯·c.）和兔子(奥里托拉古斯c.），因为其覆盖率低。
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