Probe signal correction for differential methylation hybridization experiments

doi:10.1186/1471-2105-9-453

.2008年10月23日9:453。

doi:10.1186/1471-2105-9-453。

差异甲基化杂交实验的探针信号校正

达斯汀·波特¹, 珍珠颜, 蒂姆·H·M·黄, 林世丽

附属机构

PMID： 18947421
预防性维修识别码： PMC2603337型
DOI（操作界面）： 10.1186/1471-2105-9-453

差异甲基化杂交实验的探针信号校正

达斯汀·波特等。 BMC生物信息学. 2008.

.2008年10月23日9:453。

doi:10.1186/1471-2105-9-453。

作者

达斯汀·波特¹, 珍珠颜, 蒂姆·H·M·黄, 林世丽

附属

¹美国俄亥俄州哥伦布俄亥俄州立大学OSU综合癌症中心人类癌症遗传学项目。potterdp@gmail.com

PMID： 18947421
预防性维修识别码： PMC2603337型
DOI（操作界面）： 10.1186/1471-2105-9-453

摘要

背景：非生物信号（或噪声）一直是微阵列分析的祸根。差异甲基化杂交（DMH）微阵列实验中观察到与探针序列组成和DNA与染料相互作用相关的杂交效应，以及DMH协议固有的其他效应。

结果：我们建议使用两种模型来校正非生物相关探针信号，并将重点放在探针序列组成上。在DMH分析的背景下，评估了估计的影响，并考虑了模型的优势。

结论：在所有考虑的模型中，大多数估计参数都具有统计学意义。信号校正的模型选择基于对估计值及其生物学意义的解释。

PubMed免责声明

数字

图1
**Pval参数估计完整模型ESS.eps**。热图描述了当适合LBNL-DM’9数据时，全模型参数的统计显著性。前3个区块，每个区块45列，分别代表与腺嘌呤（A）、胞嘧啶（C）和鸟嘌呤的作用相关的参数，沿着序列从左向右移动。最后两列分别表示与切面密度和染料偏差相关的参数。日志₁₀的第页-9个样本的估计值由绿色、黄色或蓝色阴影表示第页-值。

图2
**序列关系2内容.eps**A（红色）、C（黄色）、G（绿色）和T（蓝色）在每个45米探针核苷酸位置对六个样本的探针强度的预期影响。绘制的是在给定位置具有相同核苷酸的探针的边际平均探针强度（仅Cy5通道）。印刷的第页-值与4种不同核苷酸的方差分析相关。

图3
**Pval参数估计简化模型ESS.eps**。热图描述了当适合LBNL-DMH'9数据时二次模型参数的统计显著性。前3个区块，每个区块有3列，分别代表与腺嘌呤（A）、胞嘧啶（C）和鸟嘌呤的二次拟合系数有关的参数，与探针序列中的位置有关。最后两列分别表示与切面密度和染料偏差相关的参数。日志₁₀的第页-9个样本的估计值由绿色、黄色或蓝色阴影表示第页-值。

图4
**直方图.eps**使用不同的信号校正方法后，9个阵列的Cy3信号分布：平均值调整、黄土、MA2C、二次模型和全模型。

图5
**MDAMBVSHCC.eps公司**通过二次模型（A）和MA2C（B）对来自与MDAMB175和HCC202杂交的阵列的Cy3信号进行校正，并相互绘制。二次模型数据和MA2C数据的皮尔逊相关系数分别为.98和.49。

图6
**方框图系数完整模型.eps**.估计核苷酸跨位置效应的方框和胡须图。对于9个样本中的每个样本，分别考虑值的范围。

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