Efficient mapping of Applied Biosystems SOLiD sequence data to a reference genome for functional genomic applications

doi:10.1093/bioinformatics/btn512

.2008年12月1日；24(23):2776-7.

doi:10.1093/bioinformatics/btn512。 Epub 2008年10月7日。

应用生物系统SOLiD序列数据到功能基因组应用参考基因组的有效映射

布赖恩·奥多夫¹, 安贾娜·瓦拉达拉扬, 卡拉·德·帕萨拉夸, 尼古拉斯·H·伯格曼

附属公司

PMID： 18842598
预防性维修识别码：下午2639273
内政部： 10.1093/生物信息学/btn512

应用生物系统SOLiD序列数据到功能基因组应用参考基因组的有效映射

布赖恩·奥多夫等。生物信息学. 2008.

.2008年12月1日；24(23):2776-7.

doi:10.1093/bioinformatics/btn512。 Epub 2008年10月7日。

作者

布赖恩·奥多夫¹, 安贾娜·瓦拉达拉扬, 卡拉·德·帕萨拉夸, 尼古拉斯·H·伯格曼

附属

¹佐治亚理工学院生物学院，310 Ferst Dr.，美国佐治亚州亚特兰大30332-0230。

PMID： 18842598
预防性维修识别码：项目经理2639273
内政部： 10.1093/生物信息学/btn512

摘要

在此，我们报告了SOCS（短寡核苷酸颜色空间）的开发，该程序旨在将应用生物系统SOLiD序列数据高效灵活地映射到参考基因组。SOCS在“颜色空间”上下文中执行映射，并通过允许用户指定数量的不匹配来最大化可用数据。序列普查功能促进了多种功能基因组学应用，包括转录组绘图和分析以及ChIP-Seq。

可利用性：可执行文件、源代码和示例数据位于http://socs.biology.gatech.edu/

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