跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2008年9月26日；4（9）：e1000204。
doi:10.1371/journal.pgen.1000204。

内含子Alus影响选择性剪接

加利特·列夫·莫尔 1, 奥伦·拉姆, 埃多·金, 诺亚·塞拉, 阿米尔·戈伦, 埃雷兹·Y·莱瓦农, 吉尔·阿斯特
附属公司

内含Alus影响选择性剪接

加利特·列夫·莫尔等。 公共科学图书馆-基因. .

摘要

对人类转录组的检查显示，RNA编辑水平高于迄今为止测试的任何其他生物体。这表明人类转录组中广泛的双链RNA（dsRNA）形成。大多数编辑站点位于灵长类特有的逆转录转座子Alu中。大部分Alu存在于内含子序列中，这意味着在mRNA前体中广泛形成Alu-Alu-dsRNA。然而，这些内含子Alus对侧翼外显子剪接的影响基本上是未知的。在这里，我们发现更多的Alus侧翼交替剪接外显子，而不是组成剪接的外显子；这对于那些在人类进化过程中从构成剪接模式转变为选择性剪接模式的外显子来说尤其值得注意。这意味着Alu插入可能改变侧翼外显子的剪接方式。事实上，我们通过实验证明，以相反方向插入内含子的两个Alu元件经历了碱基排列，如RNA编辑所示，并影响下游外显子的剪接模式，将其从构成型转变为替代型。我们的结果表明内含子Alus在影响侧翼外显子剪接方面的重要性，进一步强调了Alus在人类转录组形成中的作用。

PubMed免责声明

利益冲突声明

提交人声明，不存在相互竞争的利益。

数字

图1
图1。生物信息学分析铝插入侧翼内含子。
对保守的组成剪接外显子进行反义和义的位置差异分析Alu公司s位于上游和下游内含子内（分别为左面板和右面板）。x轴是碱基对到外显子的距离；y轴是铝在这个距离内发现。反义铝s用蓝色和理性标记Alu公司s用红色标记。
图2
图2。内含子的作用铝在侧翼外显子的剪接上。
（A） 的示意图RABL5型minigene包含三个外显子和两个内含子。内向型铝s（1到5）由方框标记，方框中有一个点指示铝相对于前mRNA。铝4是一个铝Sx插入铝Jo.（B）将指示的野生型（wt）和突变质粒转染到293T细胞中，提取总RNA，并在RT-PCR分析后在2%琼脂糖凝胶上分离剪接产物。车道1，wt拼接产品RABL5型迷你基因。通道2–26，所示突变体的拼接产物。使用了以下缩写：Δ表示删除指定的Alu公司元素，X 1w3表示更换铝1和铝3（即铝插入了3，而不是铝1，方向与铝3） ，和1int指定替换铝1序列与非序列-铝内含子片段。这两种mRNA亚型如右图所示。凝胶顶部的数字表示使用ImageJ软件测定的外显子内含物百分比。PCR产物测序。
图3
图3。在intronic中编辑站点铝第条。
（A） 基因外显子2至3的示意图RABL5型基因。外显子被描绘成黑盒子；内含子阿勒斯，派生自铝Jo和铝正反义方向的Sx分别显示在中间的灰色框中。内含子，反义铝顺序(Alu公司Sx）是感觉下游的102个核苷酸铝Jo和铝Sx是外显子3连接上游的24个核苷酸。正反义铝s有望形成双链二级结构，从而允许RNA编辑。（B） 从5个cDNA（登录号BC050531、BC038668、BI547904、BI548328和DB495755）与人类基因组DNA的比对中推断出编辑位点。RNA编辑发生在反义序列中的八个位置铝Sx和在意义内的11个位置铝基于这些编辑网站，正反义的配对铝推断出序列（分别为上下行）。编辑区域从右臂的中间开始（AluSx公司共识），结束于铝2（中的位置101AluSx公司共识）。面板B仅显示此对应区域，而整个铝-铝潜在dsRNA如图S3所示。（C） 为了进一步证实编辑活性，从神经母细胞瘤（SH-SY5Y）细胞系中提取总RNA并用DNaseI处理，然后使用引物对外显子2和外显子3、内含子2和内显子3进行RT-PCR分析（分别为第1和第2道；另见材料和方法）。对PCR产物进行测序。（D） 克隆并测序了面板C第2栏中显示的上部PCR产物。Chromas序列与编辑站点一起显示，参见Alu公司Sx，用方框标记。（E） 在中编辑铝2需要铝1.野生型RABL5小基因（WT）和其中铝删除了1（Δ铝Jo）转染293T细胞。提取RNA，用DNase I处理，并使用一组侧翼引物进行扩增铝2和设计用于仅扩增外源转录物。显示了AluSx中四个核苷酸的序列色谱图（该编辑位置在面板B中也标记为绿色）。
图4
图4。距离效应铝替代拼接图案上的元素。
（A） 基因外显子2和3之间的基因组区域示意图RABL5型基因。标有A和B的箭头表示插入内含子序列的两个位置。（B） 在B位点插入一个800-核苷酸内含子序列。800-核苷酸序列逐渐缩短到每条通道上方所示的大小。将显示的wt和嵌合质粒转染到人293T细胞中，收集总RNA并通过RT-PCR分析进行检测（1-9道）。第10–12行显示了不同序列的插入，其中包含25个核苷酸，但没有任何已知的剪接调控序列。将该序列重复并进行三倍复制，以生成50和75个核苷酸插入物。如上所述，对这些突变的RABL5小基因进行了检测。（C） 与面板B中的分析类似，除了800-核苷酸序列和较短的序列插入到A位点。剪接产物显示在右侧，每个PCR产物都通过测序确认。拼接产品在2%琼脂糖凝胶上分离。凝胶顶部的数字表示使用ImageJ软件测定的外显子内含物百分比。
图5
图5。影响铝第二外显子。
（A） 反义序列Alu公司2.突变的假定5′ss以红色显示。删除的24个核苷酸序列下划线。三个假定的3′ss是用粗体和下划线表示的。黄色是删除了下游AG的左右PPT区域。绿色序列是由18个核苷酸组成的干环区，如图C所示（称为“a”区）。该区域下划线为两个重叠的SC35潜在结合位点（中间的灰色表示重叠区域）。（B） 将指示的wt和突变质粒转染293T细胞，提取总RNA，并在2%琼脂糖凝胶上分离剪接产物，然后进行RT-PCR分析。车道1，wt拼接产品RABL5型小基因。通道2-13，所示突变体的拼接产物。这两种mRNA亚型如右图所示。凝胶顶部的数字表示外显子内含物的百分比，使用ImageJ软件进行测定。（C） 上部说明了由铝Jo和铝Sx，使用维也纳二级结构网站预测(http://www.tbi.univie.ac.at/RNA). 右侧面板中的绿色箭头表示阀杆和回路结构的开始和结束位置，标记为“A”。下半部分显示了所分析的wt和突变质粒的影响，如面板B巷1，枯萎型。通道2，通过突变重叠序列消除两个SC35推定结合位点（AA突变为CC）。通道3，删除整个干环“A”序列。通道4，用缺乏假定剪接结合位点的随机序列替换“A”序列。车道5，用一个完美的互补序列替换回路序列，使“a”元素完全位于杆结构中。车道6，破坏“A”的茎部，使“A”完全处于环形结构中。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

查看所有类似文章

引用人

  • 人类和猿类无尾进化的遗传基础。
    夏B、张W、赵G、张X、白J、布罗什R、吴敬斯卡A、黄E、阿什H、埃利斯G、波尔M、赵Y、科埃略C、朱Y、米勒A、达森JS、莫拉诺MT、金SY、博克JD、亚奈I。 夏B等。 自然。2024年2月；626(8001):1042-1048. doi:10.1038/s41586-024-07095-8。Epub 2024年2月28日。 自然。2024. PMID：38418917 免费PMC文章。
  • 针对癌症治疗中的转座因子。
    梁毅、曲X、沙恩美、王涛。 梁毅等。 Nat Rev癌症。2024年2月；24(2):123-140. doi:10.1038/s41568-023-00653-8。Epub 2024年1月16日。 Nat Rev癌症。2024. PMID：38228901 审查。
  • 逆转录因子插入在共济失调毛细血管扩张症中的作用和治疗意义。
    Zhao B、Nguyen MA、Woo S、Kim J、Yu TW、Lee EA。 Zhao B等。 美国人类遗传学杂志。2023年11月2日；110(11):1976-1982. doi:10.1016/j.ajhg.2023.09.008。Epub 2023年10月5日。 美国人类遗传学杂志。2023 PMID：37802069 免费PMC文章。
  • 转座元件是控制基因表达的基本元件。
    盖布里A。 盖布里A。 暴徒DNA。2023年8月18日；14(1):9. doi:10.1186/s13100-023-00297-3。 暴徒DNA。2023 PMID：37596675 免费PMC文章。 审查。
  • 内源性逆转录因子的转录景观描述了食管腺癌亚型。
    Kazachenka A、Loong JH、Attig J、Young GR、Ganguli P、Devonshire G、Grehan N；OCCAMS联盟；Ciccareli FD、Fitzgerald RC、Kassiotis G。 Kazachenka A等人。 NAR癌症。2023年7月26日；5（3）：zcad040。doi:10.1093/narcan/zcad040。eCollection 2023年9月。 NAR癌症。2023 PMID：37502711 免费PMC文章。
查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. Graveley BR。选择性剪接：增加蛋白质组世界的多样性。趋势Genet。2001;17:100–107.-公共医学
    1. Mendes Soares LM，Valcarcel J.扩大转录组：基因组为“沙之书”。Embo J.2006；25:923–931.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Ast G.选择性剪接是如何演变的？Nat Rev基因。2004;5:773–782.-公共医学
    1. Kim E，Magen A，Ast G.真核生物间不同水平的选择性剪接。核酸研究2007；35:125–131.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Sugnet CW、Kent WJ、Ares M，Jr.、Haussler D.人类和小鼠选择性剪接事件的转录组和基因组保护。太平洋交响乐生物计算机。2004:66–77.-公共医学

出版物类型