The evolving transcriptome of head and neck squamous cell carcinoma: a systematic review

doi:10.1371/journal.pone.0003215

荟萃分析

。2008年9月15日；3（9）：e3215。

doi:10.1371/journal.pone.0003215。

头颈部鳞状细胞癌进化转录组的系统评价

油花鱼¹, 徐国国, 郭伟昌

附属公司

PMID： 18791647
预防性维修识别码： PMC2533097型
内政部： 10.1371/journal.pone.0003215

荟萃分析

头颈部鳞状细胞癌进化转录组的系统评价

油花鱼等。公共科学图书馆一号。 2008。

。2008年9月15日；3（9）：e3215。

doi:10.1371/journal.pone.0003215。

作者

油花鱼¹, 徐国国, 郭伟昌

附属

¹国立杨明大学牙科学院，台北，台湾。yauhuayu@gmail.com

PMID： 18791647
预防性维修识别码： PMC2533097型
内政部： 10.1371/journal.pone.0003215

摘要

背景：进行了大量研究，从头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的基因表达谱中阐明了肿瘤发生和转移的机制。本综述的目的是进行基于网络的meta分析，以确定HNSCC转录组的潜在生物学特征。

方法和结果：我们将63项HNSCC转录组研究纳入三个特定类别的比较：癌前病变与正常病变；TvN，原发肿瘤vs.s.正常；转移性或侵袭性肿瘤与原发性肿瘤相比。对从文献中提取的报告基因进行了系统分析。跨三个进展阶段的差异基因活动的参与解释了HNSCC的进化本质。总共验证了1442个基因，即至少报告了两次，ECM1、EMP1、CXCL10和POSTN在所有三个阶段都得到了高度报告。构建了基于知识的HNSCC转录组网络，证明整合素信号和抗原提呈途径高度富集。值得注意的是，根据整合素信号网络的拓扑特征得出的功能估计确定了ITGA3和ITGA5等重要基因，这得到了体外侵袭性研究结果的支持。此外，我们分别计算了Pre、TvN和Meta阶段报告差异基因活性的全基因组概率。结果突出显示了6p21、19p13和19q13的染色体区域，其中基因组改变被证明与HNSCC的淋巴结状态相关。

结论：通过基于网络的meta分析的系统生物学方法，我们对HNSCC转录组的进化性质提供了更深入的见解。丰富的经典信号通路、整个基因组转录谱的热点，以及来自网络分析的拓扑意义重大的基因，分别针对Pre、TvN和Meta这三个进展阶段中的每一个进行了强调。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争利益：提交人声明，不存在相互竞争的利益。

数字

**图1。系统回顾和荟萃分析的QUOROM流程图。**
图表总结了搜索策略。为了纳入研究，研究必须通过基于微阵列的基因表达谱检测HNSCC肿瘤样本。

**图2。丰富的典型路径的排名。**
在IPA中共发现八条典型路径，以完整的基因列表（all）或经验证的基因列表作为输入。嵌入式表格显示了不同分析中典型路径的排名。抗原提呈、钙信号和整合素信号通路在三个进展阶段高度富集。对于HNSCC转录组的每个阶段，图形面板显示了按−log（p值）（右y轴）排序的丰富的典型路径，即带有方形数据点的橙色线。彩色条表示每个经典途径中上调或下调基因的百分比（左y轴）。彩色条顶部的数字是典型路径中的总基因数。

**图3。HNSCC转录组各阶段比较中丰富的抗原提呈和整合素信号通路。**
基因以节点表示，功能关联以边缘表示。节点着色按有界折叠变化缩放–红色：上调；绿色：下调。节点大小与HNSCC转录组中报告该基因的论文数量成正比。边缘根据HNSCC转录组的阶段着色–红色：元; 蓝色：*TvN（传输网络）*; 和绿色：之前.a–c。抗原提呈通路的合并网络，节点根据有界折叠变化着色之前,*TvN（传输网络）*、和元分别是。d–f。整合素信号网络的合并网络，节点根据有界折叠变化着色之前,*TvN（传输网络）*、和元，分别是。g–i。整合素信号通路的子网络之前,*TvN（传输网络）*和元HNSCC转录组的阶段。（详见图S1、S2、S3、S4和S5）。

**图4。进化中的HNSCC转录组的全基因组概率。**
a.我们计算了沿着染色体坐标在每个细胞带内报告差异表达基因的累积概率。重点介绍了差异基因活性的热点，即1p21、6p21、19p13和19q13。每个细胞带的标准化累积概率绘制在基因组上。颜色方案代表HNSCC转录组的三个进展阶段——红圈：元; 蓝色方块：*TvN（传输网络）*; 和绿色三角形：之前b.韦伯等人（Weber et al。c–d。沿着染色体坐标绘制了6p21中167个基因和19q13中189个基因的差异基因表达谱（有界折叠变化）之前,*TvN（传输网络）*和元阶段。

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1. Gaggioli C、Hooper S、Hidalgo-Carcedo C、Grosse R、Marshall JF等。成纤维细胞导致的癌细胞集体侵袭，RhoGTPase在主导细胞和后续细胞中的作用不同。自然细胞生物学。2007;9:1392–1400。-公共医学
1. Weber F，Xu Y，Zhang L，Patocs A，Shen L，等。头颈部鳞癌的微环境基因组改变和临床病理行为。贾马。2007;297:187–195.-公共医学
1. Parkin DM、Bray F、Ferlay J、Pisani P，2002年全球癌症统计。CA癌症临床杂志。2005;55:74–108.-公共医学
1. Seiwert TY，Salama JK，Vokes EE。头颈癌的放化疗范式。Nat Clin Pract肿瘤。2007;4:156–171.-公共医学
1. Choi P，Chen C.头颈部鳞状细胞癌的基因表达谱和生物途径改变。癌症。2005;104:1113–1128.-公共医学

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[3] Weber F，Xu Y，Zhang L，Patocs A，Shen L，等。头颈部鳞癌的微环境基因组改变和临床病理行为。贾马。2007;297:187–195.-公共医学

[4] Weber F，Xu Y，Zhang L，Patocs A，Shen L，等。头颈部鳞癌的微环境基因组改变和临床病理行为。贾马。2007;297:187–195.-公共医学

[5] Parkin DM、Bray F、Ferlay J、Pisani P，2002年全球癌症统计。CA癌症临床杂志。2005;55:74–108.-公共医学

[6] Parkin DM、Bray F、Ferlay J、Pisani P，2002年全球癌症统计。CA癌症临床杂志。2005;55:74–108.-公共医学

[7] Seiwert TY，Salama JK，Vokes EE。头颈癌的放化疗范式。Nat Clin Pract肿瘤。2007;4:156–171.-公共医学

[8] Seiwert TY，Salama JK，Vokes EE。头颈癌的放化疗范式。Nat Clin Pract肿瘤。2007;4:156–171.-公共医学

[9] Choi P，Chen C.头颈部鳞状细胞癌的基因表达谱和生物途径改变。癌症。2005;104:1113–1128.-公共医学

[10] Choi P，Chen C.头颈部鳞状细胞癌的基因表达谱和生物途径改变。癌症。2005;104:1113–1128.-公共医学

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