A helix scaffold for the assembly of active protein kinases

doi:10.1073/pnas.0807988105

.2008年9月23日；105(38):14377-82.

doi:10.1073/pnas.0807988105。 Epub 2008年9月11日。

组装活性蛋白激酶的螺旋支架

亚历山大·科尔内夫¹, 苏珊·S·泰勒, 林恩·F·滕·艾克

附属公司

PMID： 18787129
预防性维修识别码：项目经理2533684
内政部： 10.1073/第0807988105页

组装活性蛋白激酶的螺旋支架

亚历山大·科尔内夫等。美国国家科学院程序. 2008.

.2008年9月23日；105(38):14377-82.

doi:10.1073/pnas.0807988105。 Epub 2008年9月11日。

作者

亚历山大·科尔内夫¹, 苏珊·S·泰勒, 林恩·F·滕·艾克

附属

¹美国加州大学圣地亚哥分校霍华德·休斯医学院，地址：9500 Gilman Drive，La Jolla，CA 92093。

PMID： 18787129
预防性维修识别码：项目经理2533684
内政部： 10.1073/pnas.0807988105

摘要

利用最近开发的生物信息学工具局部空间模式（LSP）比对研究了丝氨酸-三氢嘌呤和酪氨酸激酶组的结构。我们报告了一组主要由疏水残基组成的保守基序。这些残基散布在整个蛋白质序列中，因此以前没有通过传统方法检测到。这些基序穿过保守的蛋白激酶核心并发挥整合和调节作用。它们固定在F螺旋上，作为一个组织“中心”，为关键催化和监管元素提供精确定位。考虑这些发现的结构有助于解释以前无法解释的结果。

PubMed免责声明

利益冲突声明

作者声明没有利益冲突。

数字

**图1。**
PKA活性构象与其他激酶活性构象的LSP比对。比较中使用了四个不同的家族：AGC激酶（PKC和ROCK1）、CMGC激酶（CDK2和SKY1）、钙/钙调蛋白激酶（PHK和DAPK）和酪氨酸激酶（SRC和IRK）。构成两个保守棘的残基沿着激酶序列分布：R棘残基标记为红点；黄色圆点标记C脊椎残留物。得分高的αF-螺旋用红色方块标记。

**图2。**
R和C棘位于F螺旋的侧面，跨越蛋白激酶核心。PKA结构显示为原型。(一个和B类)R脊椎的疏水部分显示为红色分子表面。C轴为黄色。ATP的腺嘌呤环完成了C脊。(C类)在来自六个不同组的22个活性激酶中构成C棘的八个疏水残基（参见表S2有关激酶列表）。

**图3。**
PKA中的αH螺旋锚固结构。高分残基的分子表面显示为：橄榄，来自αF-螺旋，tan，来自αH-螺旋。L（左）²⁷³将其作为“旋钮”放入由保守W形成的“孔”中²²²，G²²⁵、和Y²²⁹.

**图4。**
PKA中的催化和活化环锚定。(一个)催化回路的N端和C端部分由脊椎固定。中间部分对接到A²²³和L²²⁴从αF-螺旋。显示了三种催化活性残基：D¹⁶⁶，K¹⁶⁸、和N¹⁷¹. (B类和C类)激活环锚定。其N末端与β结合₈-使极性和疏水性结合到β的链₇-从C脊椎股。β₈-链还通过与保守I的疏水相互作用与αF-螺旋结合¹⁵⁰这将定位催化活性D184的N末端，而其C末端由R脊柱固定。

**图5。**
PKA中子网绑定网络的组织。(一个)V（V）²²⁶稳定Y²⁰⁴，固定激活段（亮红色）并定向K的侧链¹⁶⁸.E型²³⁰与底物精氨酸相互作用。(B类)W公司²²²作为APE主题的对接平台，为*P（P）*+1个回路。(C类)APE基序相互作用特写。R（右）²⁸⁰与αF螺旋、APE基序和αH-αI环形成多个氢键。(D类)介导αF-螺旋、底物结合和对接位点之间相互作用的YLAPEL基序总图。

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