MEDME: an experimental and analytical methodology for the estimation of DNA methylation levels based on microarray derived MeDIP-enrichment

doi:10.1101/gr.080721.108

.2008年10月；18(10):1652-9.

doi:10.1101/gr.080721.108。 Epub 2008年9月2日。

MEDME：一种基于微阵列衍生的MeDIP富集来估计DNA甲基化水平的实验和分析方法

马蒂亚·佩利佐拉¹, Yasuo Koga公司, 亚历山大·埃克哈特·乌尔本, 迈克尔·克劳萨默尔, 谢尔曼·魏斯曼, 鲁斯·哈拉班, 安妮特·莫利纳罗

附属公司

PMID： 18765822
预防性维修识别码： PMC2556264型
内政部： 10.1101/gr.080721.108

MEDME：一种基于微阵列衍生MeDIP富集的DNA甲基化水平估计的实验和分析方法

马蒂亚·佩利佐拉等。基因组研究. 2008年10月.

.2008年10月；18(10):1652-9.

doi:10.1101/gr.080721.108。 Epub 2008年9月2日。

作者

马蒂亚·佩利佐拉¹, Yasuo Koga公司, 亚历山大·埃克哈特·乌尔本, 迈克尔·克劳萨默尔, 谢尔曼·魏斯曼, 鲁斯·哈拉班, 安妮特·莫利纳罗

附属

¹耶鲁大学医学院流行病学和公共卫生系，美国康涅狄格州纽黑文，06520。

PMID： 18765822
预防性维修识别码： PMC2556264型
内政部： 10.1101/gr.080721.108

摘要

DNA甲基化是影响转录机制的表观遗传修饰的重要组成部分，在许多人类疾病中是异常的。已经开发了几种方法来绘制有限区域或全基因组的DNA甲基化。特别是，甲基化CpG特异性抗体已成功应用于全基因组研究。然而，尽管所得结果具有相关性，但对抗体富集的解释并不简单。最重要的是，富含抗体的甲基化片段与微阵列的偶联产生了与真实甲基化水平不线性相关的DNA甲基化估计。在这里，我们提出了一种实验和分析方法，即MEDME（用MeDIP富集模拟实验数据），以获得更好地描述整个基因组DNA甲基化水平真实值的增强估计值。我们提出了一个在高通量环境中评估真实关系的实验方案，以及一个基于模型的分析来预测绝对和相对DNA甲基化水平。我们成功地将该模型应用于评估正常人类黑色素细胞与黑色素瘤细胞株相比的DNA甲基化状态。尽管基于免疫沉淀的方法具有低分辨率的典型特征，但我们表明，DNA甲基化的模型推导估计值与测量的绝对和相对水平具有相对较高的相关性，正如亚硫酸氢盐基因组DNA测序所证实的那样。重要的是，模型衍生的DNA甲基化估计简化了对单基因座和染色体宽水平结果的解释。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
MeDIP logR是对数甲基化水平的逻辑函数。(A类)逻辑模型（蓝线）描述了MeDIP日志之间的关联₂R和日志₂观察到甲基化水平。使用完全甲基化的基因组DNA，我们基于每个探针中心1 kb窗口中mCpG的加权计数来确定甲基化水平（mCpGw，使用染色体X平铺阵列）。红点表示整个mCpGw动态范围内每个箱子内的中值MeDIP logR。(B类)X染色体的绝对甲基化得分（AMS）和预期DNA甲基化水平。根据第一次杂交估算的模型参数已应用于从第二次杂交（黑线）导出的MeDIP logR，以确定对数₂（AMS）（红线）。日志₂（mCpGw）对应于预期的甲基化水平（蓝线）。对数相对甲基化得分（RMS）用金线表示。所有估计值都是用三次样条函数进行染色体宽度平滑的。

**图2。**
不同基因组区域的探针水平甲基化。该图显示了NBMEL不同基因组区域中probelevel RMS的分布(A类)和YUSAC2(B类). 两个样本的启动子RMS比较见C类.MeDIP logR在NBMEL不同基因组区域的分布(D类)和YUSAC2(E类). 两个样本启动子MeDIP logR的比较如所示如果所有的分布已经通过每个基因组区域中的探针数量进行了归一化。启动子区域识别TSS上游1 kb内的探针；TSS上游1–4kb范围内的基因间上游识别探针。

**图3。**
平均NBMEL启动子RMS与基因表达水平的相关性。对于每个RMS箱，报告基因表达盒和胡须图（识别对数的第一、第二和第三四分位的框₂平均基因表达）。该线表示中位数的趋势。(插入)显示与MeDIP logR相同的分析*X（X）*-轴。

**图4。**
亚硫酸氢盐基因组DNA测序验证。通过亚硫酸氢盐测序确定14个基因的启动子甲基化状态，并与AMS进行比较(A类,*Y（Y）*-轴）和RMS(B类,*Y（Y）*-轴）。AMS和RMS是指用于亚硫酸氢盐基因组DNA测序的扩增子内探针的平均值。甲基化水平的加权MeDIP logR（MeDIPw）、绝对（AMS）和相对（RMS）测量*ARMCX2系列*促进剂(C类)和*ZIC3公司*促进剂(D类)如图所示。灰色线表示通过亚硫酸氢盐基因组DNA测序分析的区域。CpGr表示每个探针的CpG比率（有关详细信息，请参阅方法）。差异甲基化亚硫酸氢盐测序*ARMCX2系列*促进剂(E类)和*ZIC3公司*促进剂(如果)如图所示。每一行表示单个克隆的序列。CpG表示为开放点（如果未甲基化）或填充点（如果甲基化）。每个扩增子显示CpG甲基化的百分比。

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1. Ballestar E.、Paz M.F、Valle L.、Wei S.、Fraga M.F.、Espada J.、Cigudosa J.C.、Huang T.H.、Esteller M.、Paz MF、Valle L、Wei S、Fraga MF、Esbada J.C.、Chigudosa J.C.、黄T.H。，Fraga M.F.、Espada J.、Cigudosa J.C.、Huang T.H.、Esteller M.、Espada J.，Cigudosa J.C.、黄T.H.，Esteller M、Cigudosa J.C.，Huang T.H.、酯ler M.和Esteller M.甲基-CpG结合蛋白确定了人类癌症中表观遗传失活的新位点。EMBO J.2003；22:6335–6345.-项目管理咨询公司-公共医学
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[1] Allison D.B.、Cui X.、Page G.P.、Sabripour M.、Cui X、Page General P.、Samripour M、Page Global P.和Sabripoour M.微阵列数据分析：从混乱到巩固和共识。Nat.Rev.基因。2006;7:55–65.-公共医学

[2] Allison D.B.、Cui X.、Page G.P.、Sabripour M.、Cui X、Page General P.、Samripour M、Page Global P.和Sabripoour M.微阵列数据分析：从混乱到巩固和共识。Nat.Rev.基因。2006;7:55–65.-公共医学

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[8] Cokus S.J.、Feng S.、Zhang X.、Chen Z.、Merriman B.、Haudenschild C.D.、Pradhan S.、Nelson S.F.、Pellegrini M.、Jacobsen S.E.、Feng S、Zhan X.、陈Z.、梅里曼B.、豪登柴尔德C.D.、普拉丹S.、纳尔逊S.F.和Nelson M.、尼尔森S.F。，Chen Z.、Merriman B.、Haudenschild C.D.、Pradhan S.、Nelson S.F.、Pellegrini M.、Jacobsen S.E.、Merrima B.、Haugenschild C.D.、Prdhan S.、纳尔逊S.F.，Pellegrinit M.，Jacobsens S.E.、Haudeschild C.D.PradhanS.、尼尔森S.F.和Pellegroni M。，拟南芥基因组的雅各布森S.E.、佩莱格里尼M.、雅各布森S.E.、雅各布森S.E.Shotgun亚硫酸氢盐测序揭示了DNA甲基化模式。自然。2008;452:215–219.-项目管理咨询公司-公共医学

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